More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6533 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
295 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.684311  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  96.95 
 
 
295 aa  558  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.620042  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90.85 
 
 
295 aa  524  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90.85 
 
 
295 aa  524  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90.85 
 
 
295 aa  521  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.76 
 
 
292 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.6 
 
 
292 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475828  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0156  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  76.84 
 
 
292 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.557075  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2172  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  77.19 
 
 
292 aa  411  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.287546  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30900  ABC transporter, permease protein  64.08 
 
 
288 aa  362  3e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4139  sulfonate/nitrate ABC transporter permease  69.37 
 
 
292 aa  352  5e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.241741  normal  0.999839 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.64 
 
 
300 aa  347  2e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.563541  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1869  ABC transporter, permease protein  75.58 
 
 
323 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2036  permease  72.99 
 
 
323 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0821  permease  75.58 
 
 
313 aa  339  4e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00555891  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0340  permease  75.58 
 
 
313 aa  339  4e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1881  ABC transporter, permease protein  75.58 
 
 
323 aa  339  4e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.259597  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1684  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, permease protein  75.58 
 
 
323 aa  339  4e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.483892  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.72 
 
 
287 aa  335  7e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.97734  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5196  ABC transporter, permease protein  63.03 
 
 
288 aa  332  3e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.02 
 
 
287 aa  332  4e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.02 
 
 
287 aa  332  4e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466577  normal  0.686195 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0140  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  62.32 
 
 
288 aa  332  5e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.02 
 
 
287 aa  331  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.778332  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0339  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  62.68 
 
 
311 aa  331  9e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.73 
 
 
288 aa  319  3e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.73 
 
 
288 aa  318  5e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.439861  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3451  ABC transporter related  64.91 
 
 
578 aa  317  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90461  hitchhiker  0.00285782 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.03 
 
 
288 aa  315  5e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.48 
 
 
290 aa  315  7e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34790  putative permease of ABC transporter  63.83 
 
 
288 aa  311  6.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120138  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.04 
 
 
308 aa  311  6.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6691  putative ABC transporter  53.9 
 
 
288 aa  298  7e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.6 
 
 
298 aa  293  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.6 
 
 
298 aa  293  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281805  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03033  transmembranee ABC transporter protein  52.53 
 
 
298 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal  0.0870544 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.5 
 
 
289 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.608365 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5058  ABC transporter permease protein  56.3 
 
 
289 aa  284  1.0000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.35 
 
 
288 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4890  putative ABC transporter (permease protein)  57.83 
 
 
281 aa  282  5.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.2612 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3153  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  54.11 
 
 
303 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.23 
 
 
292 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.61 
 
 
303 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.451363  normal  0.0367857 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.52 
 
 
292 aa  267  2e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0538  putative ABC transporter (permease protein)  56.63 
 
 
287 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109267  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.08 
 
 
294 aa  263  4e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.09 
 
 
296 aa  252  4.0000000000000004e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187514  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4966  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  80.79 
 
 
187 aa  252  5.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04668  permease  67.63 
 
 
239 aa  247  2e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.47 
 
 
270 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.7 
 
 
295 aa  240  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0827  ABC aliphatic sulfonate transporter, inner membrane subunit  33.2 
 
 
252 aa  129  8.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.819281  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 
263 aa  116  3.9999999999999997e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1283  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  30.52 
 
 
252 aa  114  3e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0507526 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
254 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0356148  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1184  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.63 
 
 
264 aa  107  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0191984  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  33.33 
 
 
252 aa  105  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.92 
 
 
259 aa  103  2e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4372  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.32 
 
 
300 aa  103  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.292938  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.83 
 
 
278 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0649738  hitchhiker  0.00238236 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
245 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0627503  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4139  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.23 
 
 
245 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.95 
 
 
253 aa  102  7e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0876322  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1848  ABC transporter permease  33.17 
 
 
273 aa  101  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.5 
 
 
253 aa  102  1e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.17 
 
 
273 aa  101  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3998  ABC transporter, inner membrane subunit  35.44 
 
 
253 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.451031  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.96 
 
 
254 aa  101  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0747147  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.52 
 
 
253 aa  100  4e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.17 
 
 
269 aa  99.4  6e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  30.8 
 
 
264 aa  99.4  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.8 
 
 
264 aa  99.4  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.43 
 
 
276 aa  99.4  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.63 
 
 
266 aa  98.6  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 
289 aa  98.6  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.59 
 
 
263 aa  97.8  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.75 
 
 
253 aa  97.4  2e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.22 
 
 
264 aa  98.2  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.4 
 
 
275 aa  97.8  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
302 aa  97.1  3e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.900284  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9278  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
291 aa  97.1  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.94 
 
 
263 aa  96.3  5e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1369  ABC transporter membrane protein  30.23 
 
 
272 aa  96.3  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0458182 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4705  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.75 
 
 
270 aa  95.9  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0772  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.08 
 
 
302 aa  95.9  7e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0528102 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2492  ABC aliphatic sulfonates transporter, innermembrane subunit  29.71 
 
 
280 aa  95.5  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.773133 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.2 
 
 
283 aa  95.5  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189471  normal  0.0804385 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.02 
 
 
272 aa  95.1  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.334714  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10010  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  33.82 
 
 
307 aa  95.1  1e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00312857  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  31.85 
 
 
272 aa  95.1  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 
315 aa  94.7  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3478  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.08 
 
 
291 aa  94.7  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.466071  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.18 
 
 
319 aa  94.7  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0233  ABC transporter, permease protein  29.73 
 
 
241 aa  94.7  2e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1900  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.97 
 
 
252 aa  94.7  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.128113  hitchhiker  0.000000000000910228 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1746  putative molybdenum ABC transporter, solute-binding protein  24.8 
 
 
249 aa  94.7  2e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000716411  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.93 
 
 
265 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.791848  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.41 
 
 
294 aa  93.6  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.916295 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2220  taurine ABC transporter, permease protein  32.4 
 
 
283 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.215273  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>