More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1122 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
294 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6691  putative ABC transporter  56.85 
 
 
288 aa  318  5e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5058  ABC transporter permease protein  56.64 
 
 
289 aa  314  9e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.8 
 
 
308 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.48 
 
 
292 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30900  ABC transporter, permease protein  57.53 
 
 
288 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.09 
 
 
289 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.608365 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.55 
 
 
298 aa  305  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281805  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.55 
 
 
298 aa  305  4.0000000000000004e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03033  transmembranee ABC transporter protein  57.89 
 
 
298 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal  0.0870544 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.04 
 
 
292 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0140  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  61.92 
 
 
288 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.46 
 
 
292 aa  300  2e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.53 
 
 
287 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.778332  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.53 
 
 
287 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.48 
 
 
288 aa  296  4e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.53 
 
 
287 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466577  normal  0.686195 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.88 
 
 
295 aa  292  4e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.88 
 
 
295 aa  292  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.53 
 
 
287 aa  291  7e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.97734  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.58 
 
 
295 aa  291  7e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.620042  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3153  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  58.04 
 
 
303 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.52 
 
 
295 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.69 
 
 
303 aa  290  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.451363  normal  0.0367857 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0538  putative ABC transporter (permease protein)  57.78 
 
 
287 aa  290  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109267  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.82 
 
 
292 aa  290  3e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475828  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5196  ABC transporter, permease protein  57.84 
 
 
288 aa  289  4e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0156  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  57.93 
 
 
292 aa  289  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.557075  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.16 
 
 
295 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.684311  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0339  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  57.84 
 
 
311 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2172  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  55.86 
 
 
292 aa  278  7e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.287546  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.34 
 
 
290 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.74 
 
 
300 aa  272  5.000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.563541  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.01 
 
 
288 aa  271  8.000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.439861  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4139  sulfonate/nitrate ABC transporter permease  60.69 
 
 
292 aa  271  8.000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.241741  normal  0.999839 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34790  putative permease of ABC transporter  63.53 
 
 
288 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120138  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.01 
 
 
288 aa  271  8.000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4890  putative ABC transporter (permease protein)  54.91 
 
 
281 aa  270  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.2612 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.05 
 
 
295 aa  256  3e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3451  ABC transporter related  59.4 
 
 
578 aa  255  8e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90461  hitchhiker  0.00285782 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.82 
 
 
270 aa  255  8e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.6 
 
 
288 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.39 
 
 
296 aa  249  4e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187514  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1869  ABC transporter, permease protein  55.25 
 
 
323 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1881  ABC transporter, permease protein  55.25 
 
 
323 aa  240  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.259597  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1684  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, permease protein  55.25 
 
 
323 aa  240  2e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.483892  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0821  permease  55.25 
 
 
313 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00555891  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2036  permease  55.25 
 
 
323 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0340  permease  55.25 
 
 
313 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4966  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  72.85 
 
 
187 aa  225  8e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04668  permease  62.89 
 
 
239 aa  211  1e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0827  ABC aliphatic sulfonate transporter, inner membrane subunit  35.38 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.819281  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1283  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  30.74 
 
 
252 aa  122  5e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0507526 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  36.84 
 
 
252 aa  119  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
245 aa  116  6e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0627503  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4139  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
245 aa  115  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 
254 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0356148  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.49 
 
 
269 aa  114  3e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3998  ABC transporter, inner membrane subunit  40.62 
 
 
253 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.451031  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7382  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.44 
 
 
294 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.916295 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.14 
 
 
263 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3612  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.88 
 
 
276 aa  105  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2553  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.5 
 
 
275 aa  105  6e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2803  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.02 
 
 
259 aa  103  5e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00122675  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.58 
 
 
263 aa  102  6e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.64 
 
 
281 aa  102  9e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000218671  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.29 
 
 
266 aa  102  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
264 aa  100  2e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.05 
 
 
253 aa  100  2e-20  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1184  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.23 
 
 
264 aa  100  3e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0191984  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.74 
 
 
441 aa  100  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0502009  hitchhiker  0.0000630788 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3526  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  31.75 
 
 
280 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.471487 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0233  ABC transporter, permease protein  32.22 
 
 
241 aa  98.6  1e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
345 aa  97.8  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0917022  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
302 aa  97.8  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.900284  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
264 aa  96.7  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  30 
 
 
264 aa  96.7  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.69 
 
 
266 aa  96.3  5e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4458  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.11 
 
 
277 aa  96.3  6e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.698055  normal  0.534513 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4395  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  29.11 
 
 
277 aa  96.3  6e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5412  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.51 
 
 
260 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210037  hitchhiker  0.00191971 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.1 
 
 
319 aa  95.9  7e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1129  taurine transport system permease protein TauC  33.2 
 
 
241 aa  95.5  8e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.774255  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1031  sulfonate ABC transporter, permease protein  28.81 
 
 
261 aa  95.5  9e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  31.17 
 
 
272 aa  95.1  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.22 
 
 
253 aa  94.4  2e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
277 aa  94.4  2e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72654  normal  0.222261 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1848  ABC transporter permease  33.83 
 
 
273 aa  94  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.63 
 
 
254 aa  94  3e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
273 aa  94  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1974  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.99 
 
 
261 aa  94  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000226251  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.51 
 
 
272 aa  93.6  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.334714  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2819  nitrate transport permease protein (nrtB)  30.05 
 
 
304 aa  93.2  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233469  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10010  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, permease component  34.87 
 
 
307 aa  93.2  5e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00312857  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
265 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.0445843 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.71 
 
 
264 aa  92.8  6e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.050552  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.73 
 
 
253 aa  92.8  6e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.44 
 
 
275 aa  92.8  6e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
265 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.791848  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4571  nitrate ABC transporter, inner membrane subunit  28.02 
 
 
280 aa  92.8  7e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>