More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1397 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
288 aa  569  1e-161  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.439861  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  96.88 
 
 
288 aa  488  1e-137  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30900  ABC transporter, permease protein  70.83 
 
 
288 aa  410  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.86 
 
 
288 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.5 
 
 
287 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5196  ABC transporter, permease protein  71.18 
 
 
288 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0339  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  71.18 
 
 
311 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.5 
 
 
287 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.778332  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.85 
 
 
287 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466577  normal  0.686195 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.56 
 
 
287 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.97734  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0140  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  72.22 
 
 
288 aa  381  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.85 
 
 
292 aa  382  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475828  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.73 
 
 
292 aa  380  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4139  sulfonate/nitrate ABC transporter permease  71.43 
 
 
292 aa  379  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.241741  normal  0.999839 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.78 
 
 
300 aa  369  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.563541  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.6 
 
 
295 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0156  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  67.7 
 
 
292 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.557075  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.49 
 
 
295 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.49 
 
 
295 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2172  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  66.55 
 
 
292 aa  363  2e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.287546  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34790  putative permease of ABC transporter  71.88 
 
 
288 aa  361  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120138  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.38 
 
 
295 aa  355  5e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.620042  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.2 
 
 
290 aa  350  2e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.35 
 
 
295 aa  349  4e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.684311  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3451  ABC transporter related  66.55 
 
 
578 aa  334  9e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90461  hitchhiker  0.00285782 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.49 
 
 
308 aa  332  5e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6691  putative ABC transporter  57.29 
 
 
288 aa  325  5e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.71 
 
 
298 aa  324  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.71 
 
 
298 aa  324  1e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281805  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03033  transmembranee ABC transporter protein  59.5 
 
 
298 aa  316  3e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal  0.0870544 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.21 
 
 
292 aa  316  3e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.14 
 
 
292 aa  311  1e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5058  ABC transporter permease protein  59.09 
 
 
289 aa  309  2.9999999999999997e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1869  ABC transporter, permease protein  58.1 
 
 
323 aa  305  6e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.71 
 
 
289 aa  304  9.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.608365 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1881  ABC transporter, permease protein  58.1 
 
 
323 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.259597  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1684  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, permease protein  58.1 
 
 
323 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.483892  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2036  permease  66.8 
 
 
323 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0340  permease  66.8 
 
 
313 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0821  permease  66.8 
 
 
313 aa  300  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00555891  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4890  putative ABC transporter (permease protein)  62.8 
 
 
281 aa  292  5e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.2612 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3153  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  59.58 
 
 
303 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.58 
 
 
303 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.451363  normal  0.0367857 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0538  putative ABC transporter (permease protein)  59.61 
 
 
287 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109267  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.01 
 
 
294 aa  282  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.71 
 
 
288 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.04 
 
 
296 aa  267  1e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187514  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4966  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  82.78 
 
 
187 aa  259  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.29 
 
 
270 aa  259  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04668  permease  64.44 
 
 
239 aa  255  6e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.25 
 
 
295 aa  243  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0827  ABC aliphatic sulfonate transporter, inner membrane subunit  33.06 
 
 
252 aa  136  5e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.819281  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
245 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0627503  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4139  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
264 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  34.04 
 
 
264 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
269 aa  123  3e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1283  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  30.28 
 
 
252 aa  121  9.999999999999999e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0507526 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3998  ABC transporter, inner membrane subunit  34.94 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.451031  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
264 aa  119  7e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.83 
 
 
253 aa  116  5e-25  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.53 
 
 
254 aa  115  6e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0356148  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.96 
 
 
302 aa  115  6e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.900284  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
274 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.4 
 
 
263 aa  115  7.999999999999999e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  33.62 
 
 
252 aa  115  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.63 
 
 
263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5146  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.45 
 
 
277 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.67 
 
 
289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.67 
 
 
263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.64 
 
 
263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1453  alkanesulfonate transporter permease subunit  30.83 
 
 
263 aa  114  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.59 
 
 
264 aa  112  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2152  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.27 
 
 
271 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.14 
 
 
264 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.050552  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 
265 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  0.0445843 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.19 
 
 
266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.49 
 
 
277 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.854714  normal  0.909107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.48 
 
 
265 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00756787 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3750  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  36.51 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.48 
 
 
265 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0722896  normal  0.022026 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.91 
 
 
265 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.791848  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19570  ABC transporter permease  32.13 
 
 
262 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1476  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.5 
 
 
253 aa  109  6e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.5 
 
 
253 aa  108  1e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1684  ABC transporter permease  32.13 
 
 
262 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.95 
 
 
253 aa  107  2e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0876322  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.22 
 
 
284 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.27836  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5412  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.7 
 
 
260 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.210037  hitchhiker  0.00191971 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.92 
 
 
273 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1848  ABC transporter permease  34.92 
 
 
273 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
254 aa  107  3e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.09 
 
 
345 aa  106  4e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0917022  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.44 
 
 
294 aa  106  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.15 
 
 
254 aa  106  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0747147  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1380  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  33.47 
 
 
277 aa  106  5e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153307 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.68 
 
 
275 aa  106  5e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2492  ABC aliphatic sulfonates transporter, innermembrane subunit  32.64 
 
 
280 aa  106  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.773133 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>