More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4139 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_4139  sulfonate/nitrate ABC transporter permease  100 
 
 
292 aa  569  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.241741  normal  0.999839 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30900  ABC transporter, permease protein  74.91 
 
 
288 aa  423  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0191  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.74 
 
 
287 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466577  normal  0.686195 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.03 
 
 
287 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0140  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  73.87 
 
 
288 aa  403  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.03 
 
 
287 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.778332  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.09 
 
 
287 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.97734  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.58 
 
 
292 aa  397  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475828  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0339  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  75.09 
 
 
311 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.461583 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5196  ABC transporter, permease protein  75 
 
 
288 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.84 
 
 
292 aa  392  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.25 
 
 
300 aa  388  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.563541  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.07 
 
 
295 aa  387  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.07 
 
 
295 aa  387  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.446699 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2172  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  72.26 
 
 
292 aa  383  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.287546  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34790  putative permease of ABC transporter  77.3 
 
 
288 aa  381  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120138  normal  0.0146992 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.37 
 
 
295 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0156  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  71.23 
 
 
292 aa  379  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.557075  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.66 
 
 
295 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.620042  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.02 
 
 
290 aa  373  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.04 
 
 
295 aa  371  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.684311  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.78 
 
 
288 aa  367  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.43 
 
 
288 aa  364  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.439861  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3451  ABC transporter related  75.09 
 
 
578 aa  361  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.90461  hitchhiker  0.00285782 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1297  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.69 
 
 
288 aa  340  2e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.03 
 
 
308 aa  336  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6691  putative ABC transporter  61.35 
 
 
288 aa  334  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.01 
 
 
292 aa  329  3e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1881  ABC transporter, permease protein  62.93 
 
 
323 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.259597  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1869  ABC transporter, permease protein  63.24 
 
 
323 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1684  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, permease protein  62.93 
 
 
323 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.483892  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.99 
 
 
292 aa  325  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0652457 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2036  permease  72.37 
 
 
323 aa  323  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0821  permease  72.37 
 
 
313 aa  324  1e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00555891  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0340  permease  72.37 
 
 
313 aa  324  1e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.44 
 
 
289 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.608365 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5058  ABC transporter permease protein  60.3 
 
 
289 aa  314  9.999999999999999e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0538  putative ABC transporter (permease protein)  63.7 
 
 
287 aa  312  3.9999999999999997e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109267  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.12 
 
 
298 aa  312  3.9999999999999997e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.281805  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.12 
 
 
298 aa  312  3.9999999999999997e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03033  transmembranee ABC transporter protein  62.6 
 
 
298 aa  306  3e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal  0.0870544 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3153  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter inner membrane protein  60.28 
 
 
303 aa  295  5e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.28 
 
 
303 aa  295  5e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.451363  normal  0.0367857 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.48 
 
 
288 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4966  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  93.38 
 
 
187 aa  281  8.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4890  putative ABC transporter (permease protein)  57.14 
 
 
281 aa  281  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.2612 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.55 
 
 
294 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.348066 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04668  permease  68.88 
 
 
239 aa  270  2e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.74 
 
 
296 aa  264  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.187514  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4507  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.31 
 
 
270 aa  259  3e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.07 
 
 
295 aa  248  7e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0827  ABC aliphatic sulfonate transporter, inner membrane subunit  34.92 
 
 
252 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.819281  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.07 
 
 
269 aa  127  3e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.406887  normal  0.454808 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1283  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  34.38 
 
 
252 aa  122  6e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0507526 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.84 
 
 
254 aa  119  6e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0356148  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
245 aa  115  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0627503  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3998  ABC transporter, inner membrane subunit  36.95 
 
 
253 aa  115  8.999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.451031  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.7 
 
 
263 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4139  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.98 
 
 
274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
264 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0355  putative ABC aliphatic sulfonates transporter, permease subunit  33.33 
 
 
264 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2152  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.17 
 
 
271 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.529987 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0712  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.48 
 
 
302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.900284  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.25 
 
 
263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
289 aa  112  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.77 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.440066  normal  0.144233 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1982  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.4 
 
 
266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.187248  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1776  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.85 
 
 
294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8275  ABC-type transporter, permease protein  33.47 
 
 
272 aa  110  4.0000000000000004e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.144641 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4705  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  34.05 
 
 
270 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5468  ABC transporter membrane spanning protein (aliphatic sulphonate)  35.09 
 
 
284 aa  109  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165676  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1238  aliphatic sulfonate ABC transporter, permease protein  33.6 
 
 
273 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.466833  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1990  aliphatic sulfonates ABC transporter, permease protein  33.6 
 
 
273 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.088895  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0780  aliphatic sulfonate ABC transporter, permease protein  33.6 
 
 
273 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.175921  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1724  aliphatic sulfonate ABC transporter, permease protein  33.6 
 
 
273 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0381  aliphatic sulfonate ABC transporter, permease protein  33.6 
 
 
273 aa  109  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.410212  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
270 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 
270 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0890555  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2566  ABC transporter, membrane subunit  35.19 
 
 
252 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2492  ABC aliphatic sulfonates transporter, innermembrane subunit  31.76 
 
 
280 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.773133 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 
270 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1563  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 
270 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
269 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1848  ABC transporter permease  34.65 
 
 
273 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1453  alkanesulfonate transporter permease subunit  31.67 
 
 
263 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.37 
 
 
270 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0183453  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1837  aliphatic sulfonates ABC transporter, permease protein  33.2 
 
 
269 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.669476  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.65 
 
 
273 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0024  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
264 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
269 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
273 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.5369  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3750  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  36.51 
 
 
269 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1822  aliphatic sulfonates ABC transporter, permease protein  32.79 
 
 
269 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1380  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  36.22 
 
 
277 aa  106  5e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153307 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1031  sulfonate ABC transporter, permease protein  30.74 
 
 
261 aa  105  6e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
319 aa  105  8e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0030  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.98 
 
 
264 aa  105  9e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.050552  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2133  taurine ABC transporter, permease protein  33.68 
 
 
283 aa  104  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.186654  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>