More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3836 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3836  DNA-binding transcriptional regulator BasR  100 
 
 		 222 aa  449  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4016  DNA-binding transcriptional regulator BasR  97.3 
 
 		 222 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.727043  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0310  DNA-binding transcriptional regulator BasR  83.71 
 
 		 232 aa  384  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0214332  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0392  DNA-binding transcriptional regulator BasR  79.64 
 
 		 222 aa  368  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.421328  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3617  DNA-binding transcriptional regulator BasR  66.67 
 
 		 220 aa  300  1e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000270917  normal  0.430126 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3607  DNA-binding transcriptional regulator BasR  65.28 
 
 		 220 aa  297  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000202279  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3741  DNA-binding transcriptional regulator BasR  65.28 
 
 		 220 aa  297  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3980  DNA-binding transcriptional regulator BasR  65.28 
 
 		 220 aa  297  1e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000564215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4687  DNA-binding transcriptional regulator BasR  61.54 
 
 		 222 aa  291  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.20519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4638  DNA-binding transcriptional regulator BasR  61.54 
 
 		 222 aa  291  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4547  DNA-binding transcriptional regulator BasR  61.54 
 
 		 222 aa  291  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4554  DNA-binding transcriptional regulator BasR  61.54 
 
 		 222 aa  291  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4638  DNA-binding transcriptional regulator BasR  61.54 
 
 		 222 aa  291  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514718  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3879  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.63 
 
 		 222 aa  290  1e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BasS  60.63 
 
 		 222 aa  289  3e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4353  DNA-binding transcriptional regulator BasR  60.63 
 
 		 222 aa  289  3e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3914  DNA-binding transcriptional regulator BasR  60.63 
 
 		 222 aa  289  3e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.730701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4578  DNA-binding transcriptional regulator BasR  60.63 
 
 		 222 aa  289  3e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.800667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5626  DNA-binding transcriptional regulator BasR  60.63 
 
 		 222 aa  289  3e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03945  hypothetical protein  60.63 
 
 		 222 aa  289  3e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4667  DNA-binding transcriptional regulator BasR  60.63 
 
 		 222 aa  289  3e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0478  DNA-binding transcriptional regulator BasR  66.2 
 
 		 220 aa  250  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000375321  normal  0.853043 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 		 220 aa  210  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3267  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.17 
 
 		 220 aa  208  6e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.387524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3354  two component transcriptional regulator  49.08 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.44436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003617  DNA-binding response regulator  47.25 
 
 		 218 aa  204  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.831618  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0469  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 		 220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.601273  normal  0.0513669 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0644  two component transcriptional regulator  46.08 
 
 		 222 aa  199  3e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.553024  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2328  two component transcriptional regulator  47.69 
 
 		 227 aa  196  3e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.117296 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3429  DNA-binding transcriptional regulator QseB  47.49 
 
 		 219 aa  195  5.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1228  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  44.5 
 
 		 218 aa  194  7e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3362  DNA-binding transcriptional regulator QseB  44.91 
 
 		 219 aa  194  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3358  DNA-binding transcriptional regulator QseB  44.91 
 
 		 219 aa  194  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3433  DNA-binding transcriptional regulator QseB  44.91 
 
 		 219 aa  194  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3528  DNA-binding transcriptional regulator QseB  44.91 
 
 		 219 aa  194  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3427  DNA-binding transcriptional regulator QseB  44.91 
 
 		 219 aa  194  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  0.844658 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.06 
 
 		 219 aa  194  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0136  two component transcriptional regulator  43.93 
 
 		 220 aa  194  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.259962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  43.06 
 
 		 219 aa  194  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2815  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  45.87 
 
 		 218 aa  194  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.877458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0076  two component transcriptional regulator  46.82 
 
 		 223 aa  194  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.225452 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  43.06 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2713  DNA-binding response regulator  48.15 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.20215  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  43.06 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  43.06 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  43.06 
 
 		 219 aa  193  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  43.06 
 
 		 219 aa  192  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3019  two component transcriptional regulator  47.69 
 
 		 220 aa  192  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.933394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03384  response regulator  44.29 
 
 		 221 aa  192  4e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000742618  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  43.06 
 
 		 219 aa  192  4e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1312  transcriptional regulatory protein  44.55 
 
 		 232 aa  191  5e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0158381  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6335  two component transcriptional regulator  44.04 
 
 		 223 aa  191  9e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.923263 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1372  transcriptional regulatory protein  43.95 
 
 		 223 aa  191  9e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000461157  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0830  DNA-binding response regulator  45.66 
 
 		 220 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0346205  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1255  hypothetical protein  48.02 
 
 		 225 aa  190  1e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1254  hypothetical protein  48.02 
 
 		 225 aa  190  1e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3309  two component transcriptional regulator  47.69 
 
 		 220 aa  190  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0866  DNA-binding response regulator  45.66 
 
 		 220 aa  190  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.775386  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2208  response regulator protein  45.66 
 
 		 220 aa  190  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1940  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.21 
 
 		 219 aa  190  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.359722  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0050  DNA-binding response regulator  45.66 
 
 		 220 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000526726  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1570  DNA-binding response regulator  45.66 
 
 		 220 aa  190  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00189564  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0958  DNA-binding response regulator  45.66 
 
 		 220 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000129968  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1183  two component transcriptional regulator  45.41 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3039  two component transcriptional regulator  47.22 
 
 		 220 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5059  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.04 
 
 		 222 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  44.5 
 
 		 221 aa  188  5e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.84 
 
 		 225 aa  188  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 219 aa  187  8e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3430  transcriptional regulator  41.74 
 
 		 221 aa  187  9e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  45.5 
 
 		 225 aa  187  9e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3075  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 220 aa  187  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0867071  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0498  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313695 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3252  two component transcriptional regulator  43.69 
 
 		 220 aa  187  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5339  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.12 
 
 		 222 aa  186  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3691  two component transcriptional regulator  45.66 
 
 		 220 aa  186  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000843383  normal  0.576087 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6140  two component transcriptional regulator  45.7 
 
 		 221 aa  187  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0752147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0526  two component transcriptional regulator  44.55 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0788787  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1765  DNA-binding response regulator  44.75 
 
 		 255 aa  186  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.003723  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0465  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 229 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4829  DNA-binding response regulator  47.22 
 
 		 235 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00101292  normal  0.0130353 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0680  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 225 aa  186  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.982653 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6233  two component transcriptional regulator  45.87 
 
 		 220 aa  185  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  43.98 
 
 		 227 aa  185  4e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1535  two component transcriptional regulator  42.47 
 
 		 222 aa  185  4e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4873  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 220 aa  185  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00274413  hitchhiker  0.0000000776703 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4356  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 220 aa  185  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00111042  unclonable  0.00000437588 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0308  DNA-binding response regulator  46.79 
 
 		 220 aa  184  7e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0845  DNA-binding response regulator  46.79 
 
 		 220 aa  184  7e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0051  DNA-binding response regulator  46.79 
 
 		 220 aa  184  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2647  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 224 aa  184  7e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2437  DNA-binding response regulator  46.79 
 
 		 220 aa  184  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2665  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 220 aa  184  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0850  DNA-binding response regulator  46.79 
 
 		 220 aa  184  7e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0136  two component transcriptional regulator  43.72 
 
 		 220 aa  184  8e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.235991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0670  two component transcriptional regulator  44.2 
 
 		 266 aa  184  8e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.34 
 
 		 225 aa  184  8e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  42.79 
 
 		 225 aa  184  9e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  42.34 
 
 		 225 aa  184  9e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2618  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 220 aa  184  9e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>