More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0967 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0967  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 325 aa  667    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336861  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0720  transcriptional regulator, LysR family  57.46 
 
 		 319 aa  376  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2748  LysR family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 318 aa  363  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0634  transcription regulator protein  55.7 
 
 		 318 aa  353  2e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30990  Transcriptional regulator LysR family protein  34.13 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0887  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 306 aa  179  4.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  177  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3875  putative transcriptional regulator  32.53 
 
 		 307 aa  176  5e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.656109  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 305 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2072  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 308 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 295 aa  171  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 342 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2286  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 303 aa  170  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  169  5e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 335 aa  169  6e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3487  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.53 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 328 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  34.03 
 
 		 330 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 294 aa  165  8e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 289 aa  165  9e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1754  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 328 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0261  putative transcriptional regulator  33.45 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.403227  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 306 aa  163  5.0000000000000005e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5921  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 294 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4436  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 305 aa  162  7e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 291 aa  161  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 353 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6102  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 324 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 310 aa  160  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5381  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 307 aa  160  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.5816 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 298 aa  160  4e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  29.97 
 
 		 289 aa  160  4e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2016  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  159  7e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1980  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 294 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.321075  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 294 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 303 aa  159  8e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  32.42 
 
 		 288 aa  159  8e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 309 aa  159  8e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 288 aa  158  9e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2423  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 345 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.896405 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 299 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2930  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  31.71 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 293 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02290  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 292 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2405  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 345 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0707  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 294 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.256747  normal  0.378032 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 293 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2614  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1429  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 312 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3280  transcription regulator protein  29.76 
 
 		 303 aa  155  7e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 313 aa  155  8e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 315 aa  155  8e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 309 aa  155  9e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  31.56 
 
 		 290 aa  155  9e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35890  Regulatory protein, LysR family  33.68 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5603  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 359 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.469593 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3287  transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3150  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0692  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.7168 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>