More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0925 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3379  cysteine sulfinate desulfinase  94.01 
 
 
401 aa  772    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0925  cysteine sulfinate desulfinase  100 
 
 
401 aa  820    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.002092  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3807  cysteine sulfinate desulfinase  74.31 
 
 
401 aa  609  1e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000833089  hitchhiker  0.000000586556 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3180  cysteine sulfinate desulfinase  73.07 
 
 
401 aa  592  1e-168  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02661  cysteine sulfinate desulfinase  70.57 
 
 
401 aa  577  1e-164  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0878  cysteine desulfurase, catalytic subunit CsdA  70.57 
 
 
401 aa  577  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.667139  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0902  cysteine sulfinate desulfinase  70.57 
 
 
401 aa  577  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02622  hypothetical protein  70.57 
 
 
401 aa  577  1e-164  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1050  cysteine sulfinate desulfinase  70.32 
 
 
401 aa  579  1e-164  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0998  cysteine sulfinate desulfinase  70.07 
 
 
401 aa  579  1e-164  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000110695  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2951  cysteine sulfinate desulfinase  70.57 
 
 
401 aa  576  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00101745  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2954  cysteine sulfinate desulfinase  70.32 
 
 
401 aa  576  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000519632  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3222  cysteine sulfinate desulfinase  69.58 
 
 
401 aa  572  1.0000000000000001e-162  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000462422  normal  0.220152 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4075  cysteine sulfinate desulfinase  70.07 
 
 
401 aa  574  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.023337  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3060  cysteine sulfinate desulfinase  70.07 
 
 
401 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000299944  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3116  cysteine sulfinate desulfinase  70.07 
 
 
401 aa  573  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000009707  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3256  cysteine sulfinate desulfinase  69.83 
 
 
401 aa  568  1e-161  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2996  cysteine sulfinate desulfinase  67.58 
 
 
401 aa  557  1e-157  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3310  cysteine sulfinate desulfinase  68.83 
 
 
401 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.04923  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3130  cysteine sulfinate desulfinase  68.83 
 
 
401 aa  537  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00396808  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3147  cysteine sulfinate desulfinase  68.58 
 
 
401 aa  535  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.148622  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3195  cysteine sulfinate desulfinase  68.83 
 
 
401 aa  537  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.364366  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3210  cysteine sulfinate desulfinase  68.58 
 
 
401 aa  532  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0520726  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1896  aminotransferase, class V  52.99 
 
 
404 aa  421  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002694  cysteine desulfurase  48.91 
 
 
403 aa  411  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03290  hypothetical protein  50.25 
 
 
403 aa  384  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0690  cysteine desulfurase  45.68 
 
 
405 aa  381  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144442  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0846  SufS subfamily cysteine desulfurase  48.35 
 
 
429 aa  368  1e-101  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.411085  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0892  cysteine desulfurase, SufS subfamily  48.35 
 
 
429 aa  369  1e-101  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  48.09 
 
 
429 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.825531  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4272  SufS subfamily cysteine desulfurase  46.75 
 
 
451 aa  355  5.999999999999999e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0975  aminotransferase class 5 protein; selenocysteine lyase  43.67 
 
 
419 aa  353  2.9999999999999997e-96  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.18075  normal  0.925491 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3281  cysteine desulfurase, SufS subfamily  45.91 
 
 
429 aa  352  8.999999999999999e-96  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.30955  normal  0.0478783 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0989  selenocysteine lyase  44.91 
 
 
414 aa  348  9e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1698  cysteine desulfurase, SufS subfamily  48.24 
 
 
417 aa  348  1e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00263306  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3154  SufS subfamily cysteine desulfurase  46.46 
 
 
417 aa  346  5e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2025  cysteine desulfurase, SufS subfamily  44.09 
 
 
418 aa  345  1e-93  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0582  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.14 
 
 
404 aa  344  2e-93  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1762  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.33 
 
 
572 aa  341  1e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0967  cysteine desulfurase, aminotransferase, class V  45 
 
 
399 aa  340  2e-92  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2487  cysteine desulphurases, SufS  44.69 
 
 
420 aa  340  4e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0644  cysteine desulfurases, SufS subfamily protein  41.48 
 
 
420 aa  339  5e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0906  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.94 
 
 
425 aa  337  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.601083 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1417  cysteine desulfurase  44.23 
 
 
417 aa  336  5e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1608  cysteine desulfurase, SufS subfamily  43.83 
 
 
657 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2748  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  45.59 
 
 
407 aa  333  2e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0488866  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1505  cysteine desulfurases, SufS subfamily protein  42.71 
 
 
425 aa  333  2e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0740826  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1319  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.21 
 
 
413 aa  333  3e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0340803  normal  0.349427 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3227  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.94 
 
 
662 aa  332  8e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.545837  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1778  SufS subfamily cysteine desulfurase  42.93 
 
 
413 aa  332  1e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1445  cysteine desulfurase  40.8 
 
 
405 aa  332  1e-89  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1512  cysteine desulfurase SufS  40.8 
 
 
405 aa  331  2e-89  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2593  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.25 
 
 
408 aa  331  2e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.266337  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2446  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  45.34 
 
 
407 aa  330  3e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0854402  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0735  aminotransferase, class V  40.69 
 
 
404 aa  329  5.0000000000000004e-89  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2915  cysteine desulfurase  45.41 
 
 
404 aa  329  5.0000000000000004e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.297439  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4195  aminotransferase, class V  45.64 
 
 
401 aa  329  6e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.836408  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1529  cysteine sulfinate desulfinase  45.64 
 
 
401 aa  328  8e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126316  normal  0.13044 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5928  cysteine desulfurase  42.47 
 
 
413 aa  328  8e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0728  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.8 
 
 
421 aa  328  1.0000000000000001e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.88575  normal  0.887973 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1427  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.84 
 
 
664 aa  326  3e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000769952 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2394  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  43.07 
 
 
406 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0201879  hitchhiker  0.000057861 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1549  cysteine desulfurase, SufS subfamily  45.09 
 
 
673 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0186902 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0536  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.5 
 
 
416 aa  326  5e-88  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1798  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  44.17 
 
 
406 aa  326  6e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0228411  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1851  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  45.34 
 
 
406 aa  325  7e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00184689  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0813  cysteine desulfurase SufS  39.35 
 
 
414 aa  325  9e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0265605  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0193  cysteine desulfurase, SufS subfamily  41.87 
 
 
408 aa  325  1e-87  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.70976  normal  0.651856 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1092  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  44.72 
 
 
430 aa  325  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1486  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  44.17 
 
 
406 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.199299  hitchhiker  0.000000000797081 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1745  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  45.34 
 
 
406 aa  325  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000031207  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1472  putative pyridoxal-phosphate dependent enzyme  45.48 
 
 
401 aa  324  1e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1505  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  44.17 
 
 
406 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000304018 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3259  SufS subfamily cysteine desulfurase  42.17 
 
 
414 aa  325  1e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.797453  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4450  aminotransferase class V  43.84 
 
 
405 aa  324  2e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.728371  hitchhiker  0.000499767 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1338  cysteine desulfurase, SufS subfamily  45.13 
 
 
674 aa  324  2e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.986463 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1178  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.13 
 
 
672 aa  324  2e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0228689 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1962  cysteine desulfurase, SufS subfamily  42.82 
 
 
406 aa  323  3e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00108569  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0087  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.36 
 
 
420 aa  323  3e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.595541  normal  0.828259 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2183  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.58 
 
 
406 aa  323  3e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000179204  hitchhiker  0.0000283455 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2590  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  45.09 
 
 
406 aa  323  3e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1969  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  43.92 
 
 
406 aa  323  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0908482  hitchhiker  0.0000000737026 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3072  cysteine desulfurase, SufS subfamily  43.53 
 
 
406 aa  322  6e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1516  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  42.57 
 
 
406 aa  322  8e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000472284  hitchhiker  0.000000602764 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1696  cysteine desulfurase, SufS subfamily  41.25 
 
 
417 aa  322  9.000000000000001e-87  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1470  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  43.67 
 
 
406 aa  322  9.000000000000001e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.244975  normal  0.102192 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1335  aminotransferase, class V  44.67 
 
 
413 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.11336 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1138  aminotransferase class V  45.14 
 
 
401 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.787846 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01649  selenocysteine lyase  42.82 
 
 
406 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000238093  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1881  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  42.57 
 
 
406 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000647321  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3060  aminotransferase, class V  45.66 
 
 
407 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.349128  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1761  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  42.82 
 
 
406 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00014755  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16930  putative pyridoxal-phosphate dependent enzyme  45.36 
 
 
401 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00364141  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2921  cysteine desulfurase, SufS subfamily  42.29 
 
 
406 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01639  hypothetical protein  42.82 
 
 
406 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000164024  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0988  cysteine desulfurase, SufS subfamily  43.46 
 
 
410 aa  320  3e-86  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.699231  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3637  SufS subfamily cysteine desulfurase  42.82 
 
 
678 aa  320  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51832  normal  0.140258 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1896  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  42.33 
 
 
406 aa  320  3e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000554851  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1527  cysteine sulfinate desulfinase  44.3 
 
 
401 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.937729  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  46.84 
 
 
427 aa  319  3.9999999999999996e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>