More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0980 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  606  9.999999999999999e-173  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  81.4 
 
 		 304 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  78.48 
 
 		 302 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  79.4 
 
 		 311 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  80.2 
 
 		 307 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0786  LysR family transcriptional regulator  77.41 
 
 		 301 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  64.55 
 
 		 299 aa  412  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  61.74 
 
 		 322 aa  338  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 305 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  55.37 
 
 		 305 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 305 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  55.37 
 
 		 305 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  55.89 
 
 		 305 aa  333  2e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  55.37 
 
 		 305 aa  332  4e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 305 aa  330  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 305 aa  323  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 305 aa  318  7e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  58.16 
 
 		 301 aa  316  2e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  58.25 
 
 		 302 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  53.36 
 
 		 305 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  60.62 
 
 		 313 aa  308  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  60.27 
 
 		 313 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  58.92 
 
 		 313 aa  306  3e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  52.01 
 
 		 307 aa  305  5.0000000000000004e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 302 aa  304  9.000000000000001e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1284  LysR family transcriptional regulator  52.68 
 
 		 315 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 307 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 324 aa  298  5e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 310 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 310 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 310 aa  296  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  51.17 
 
 		 307 aa  295  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 325 aa  293  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.110516 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 308 aa  282  6.000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1169  transcriptional regulator, LysR family  53.02 
 
 		 308 aa  278  9e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 335 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  40.83 
 
 		 302 aa  227  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 310 aa  226  3e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 295 aa  224  2e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3233  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 311 aa  223  4e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  222  7e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  44.9 
 
 		 293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 306 aa  216  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 313 aa  215  7e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 301 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 301 aa  209  3e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  44.97 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  41.03 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  38.23 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  206  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  38.05 
 
 		 302 aa  205  8e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 302 aa  205  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 301 aa  203  3e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 306 aa  203  4e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 298 aa  202  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 319 aa  202  4e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 305 aa  202  5e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 296 aa  202  6e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  34.71 
 
 		 309 aa  202  7e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 316 aa  201  8e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 304 aa  201  9e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.34 
 
 		 302 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 309 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 309 aa  199  7e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 299 aa  198  7.999999999999999e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 300 aa  198  7.999999999999999e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 315 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 322 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.43 
 
 		 295 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.150488 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 296 aa  195  7e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 300 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  43.79 
 
 		 305 aa  195  9e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>