More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_5038 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_5038  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
316 aa  615  1e-175  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  62.73 
 
 
330 aa  331  9e-90  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  60.88 
 
 
315 aa  330  2e-89  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  58.01 
 
 
311 aa  312  5.999999999999999e-84  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3301  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  57.55 
 
 
317 aa  309  5e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0872906  normal  0.454353 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  57.37 
 
 
311 aa  307  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  57.37 
 
 
311 aa  307  2.0000000000000002e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  49.69 
 
 
332 aa  298  9e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3022  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  56.11 
 
 
319 aa  295  8e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.380289  normal  0.480541 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4423  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  56.65 
 
 
343 aa  277  1e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4106  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  55.84 
 
 
316 aa  249  4e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.14297  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4527  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.84 
 
 
314 aa  247  2e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201756 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2436  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.57 
 
 
319 aa  237  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.014581  normal  0.339712 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4119  threonine dehydratase catabolic  50.5 
 
 
319 aa  236  3e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.270071  normal  0.0644551 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.62 
 
 
304 aa  224  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.3 
 
 
320 aa  218  1e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  39.56 
 
 
402 aa  216  4e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  37.42 
 
 
403 aa  216  5.9999999999999996e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  41.38 
 
 
403 aa  215  9e-55  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  39.25 
 
 
402 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  41.25 
 
 
403 aa  210  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2376  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40 
 
 
317 aa  209  6e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.799861 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.48 
 
 
338 aa  209  7e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  39.81 
 
 
402 aa  208  8e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  43.44 
 
 
415 aa  208  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  46.62 
 
 
321 aa  207  2e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1447  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.9 
 
 
330 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0170532  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  40.45 
 
 
329 aa  206  4e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  42.77 
 
 
324 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  41.16 
 
 
403 aa  206  4e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  44.41 
 
 
402 aa  206  5e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0534  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.34 
 
 
321 aa  206  6e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  37.5 
 
 
403 aa  205  8e-52  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  43.63 
 
 
408 aa  205  9e-52  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4177  serine/threonine dehydratase  42.81 
 
 
326 aa  204  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  41.8 
 
 
324 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  41.8 
 
 
324 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  36.36 
 
 
404 aa  202  4e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.88 
 
 
320 aa  202  7e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  39.5 
 
 
405 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  37.27 
 
 
403 aa  200  1.9999999999999998e-50  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  41.8 
 
 
324 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.95 
 
 
324 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1999  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.13 
 
 
327 aa  199  5e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.232127  normal  0.0256185 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  41.8 
 
 
324 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  41.8 
 
 
324 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  42.44 
 
 
304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.23 
 
 
325 aa  198  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.03 
 
 
318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  41.78 
 
 
329 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.85 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  42.9 
 
 
402 aa  196  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  39.47 
 
 
395 aa  196  4.0000000000000005e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  41.88 
 
 
403 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5756  serine/threonine dehydratase  40.87 
 
 
320 aa  196  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000717119  hitchhiker  0.000000000000616455 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3783  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.57 
 
 
323 aa  195  7e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.930239  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.78 
 
 
323 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  35.94 
 
 
403 aa  194  1e-48  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.61 
 
 
339 aa  195  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4825  serine/threonine dehydratase  38.32 
 
 
322 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00349984  normal  0.301328 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29410  serine/threonine dehydratase  41.47 
 
 
320 aa  193  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  41.25 
 
 
403 aa  192  5e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.07 
 
 
333 aa  192  5e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  43.91 
 
 
332 aa  192  6e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1632  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.16 
 
 
328 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.451091  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  35.31 
 
 
403 aa  192  9e-48  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1698  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.49 
 
 
328 aa  191  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1623  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  42.44 
 
 
328 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  39.06 
 
 
327 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  35.31 
 
 
403 aa  190  2e-47  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  39.06 
 
 
327 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2636  threonine dehydratase  41.82 
 
 
402 aa  191  2e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  39.06 
 
 
327 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  39.06 
 
 
327 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  39.06 
 
 
327 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  39.06 
 
 
327 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  39.06 
 
 
327 aa  191  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.69 
 
 
320 aa  189  5e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  37.54 
 
 
511 aa  189  5e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  39.31 
 
 
322 aa  189  7e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1807  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.98 
 
 
322 aa  188  8e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  41.18 
 
 
403 aa  188  1e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  38.2 
 
 
327 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1010  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  39.43 
 
 
315 aa  188  1e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.929985 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  38.22 
 
 
400 aa  187  2e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3568  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  41.9 
 
 
325 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0781846  normal  0.0456931 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4430  threonine dehydratase  44.1 
 
 
330 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773933 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.04 
 
 
324 aa  187  3e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.48 
 
 
320 aa  186  4e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.78 
 
 
321 aa  186  4e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  44.33 
 
 
403 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  43.79 
 
 
401 aa  186  5e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  43.79 
 
 
401 aa  186  5e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  40.87 
 
 
324 aa  186  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.26 
 
 
315 aa  186  7e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1894  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.26 
 
 
324 aa  185  7e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0510457  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0935  threonine dehydratase  45.94 
 
 
412 aa  185  9e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.801427  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  37.42 
 
 
507 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  42.36 
 
 
330 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.96 
 
 
319 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>