More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3955 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_3955  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 364 aa  716    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.337972  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3970  LacI family transcription regulator  48.1 
 
 		 348 aa  265  7e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5761  transcriptional regulator, LacI family  48.08 
 
 		 363 aa  265  1e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.230872  normal  0.079116 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3918  LacI family transcription regulator  47.92 
 
 		 351 aa  258  9e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2545  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.92 
 
 		 341 aa  241  2e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4014  Alanine racemase  44.07 
 
 		 330 aa  236  3e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.251479 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2799  transcriptional regulator, LacI family  42.86 
 
 		 340 aa  236  4e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0627  transcriptional regulator, LacI family  37.18 
 
 		 350 aa  224  2e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.958953 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5149  transcriptional regulator, LacI family  41.76 
 
 		 346 aa  222  6e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0417  LacI family transcription regulator  36.31 
 
 		 354 aa  217  2e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2164  LacI family transcription regulator  44.64 
 
 		 347 aa  216  5.9999999999999996e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0742  LacI family transcription regulator  40.72 
 
 		 342 aa  202  7e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.13843  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01740  transcriptional regulator  40.36 
 
 		 355 aa  197  3e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.42091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0306  LacI family transcription regulator  40.18 
 
 		 342 aa  191  1e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.43 
 
 		 330 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  35.54 
 
 		 336 aa  182  7e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  36.95 
 
 		 352 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  32.94 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  32.94 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  32.94 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  32.64 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  36.87 
 
 		 351 aa  177  4e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  32.94 
 
 		 332 aa  176  4e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  32.64 
 
 		 332 aa  176  7e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  32.64 
 
 		 332 aa  176  7e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  32.64 
 
 		 332 aa  176  8e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  32.64 
 
 		 332 aa  176  8e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  32.64 
 
 		 332 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.75 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  36.99 
 
 		 337 aa  169  8e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  36.69 
 
 		 334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.86 
 
 		 341 aa  166  6.9999999999999995e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  38.81 
 
 		 338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  37.76 
 
 		 359 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.74 
 
 		 335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 336 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  33.82 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  31.95 
 
 		 331 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1532  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.24 
 
 		 317 aa  163  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.167364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 346 aa  162  8.000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.56 
 
 		 341 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.56 
 
 		 341 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  34.65 
 
 		 344 aa  162  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.56 
 
 		 341 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.56 
 
 		 341 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.56 
 
 		 341 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  34.33 
 
 		 334 aa  161  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0163  transcriptional regulator, LacI family  34.24 
 
 		 330 aa  160  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000297035  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.91 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  37.14 
 
 		 349 aa  161  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.63 
 
 		 330 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  36.63 
 
 		 353 aa  160  3e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.06 
 
 		 341 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  36.06 
 
 		 341 aa  160  4e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 343 aa  160  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 330 aa  160  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 341 aa  160  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 341 aa  160  4e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 341 aa  160  4e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.06 
 
 		 343 aa  160  4e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  36.06 
 
 		 341 aa  160  4e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.23 
 
 		 335 aa  160  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  34.53 
 
 		 335 aa  159  9e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  31.86 
 
 		 335 aa  158  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  37.57 
 
 		 358 aa  157  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  37.27 
 
 		 323 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.18 
 
 		 335 aa  157  4e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.22 
 
 		 335 aa  156  5.0000000000000005e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  38.89 
 
 		 339 aa  156  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  34.81 
 
 		 347 aa  155  8e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  31.5 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.93 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.93 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  36.2 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  32.5 
 
 		 386 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  30.72 
 
 		 343 aa  154  2e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1875  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.69 
 
 		 331 aa  154  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.398277  normal  0.10708 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.82 
 
 		 336 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.14 
 
 		 342 aa  153  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.93 
 
 		 339 aa  152  7e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  31.29 
 
 		 332 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1506  LacI family response repressor  30.03 
 
 		 338 aa  151  2e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.27 
 
 		 336 aa  150  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  39.12 
 
 		 344 aa  151  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  35.28 
 
 		 340 aa  150  3e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  35.48 
 
 		 339 aa  150  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1322  LacI family response repressor  35.14 
 
 		 344 aa  149  6e-35  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.465092  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  35.28 
 
 		 335 aa  149  9e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 342 aa  149  9e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  35.19 
 
 		 331 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  36.39 
 
 		 362 aa  146  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  35.88 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  31.38 
 
 		 335 aa  145  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.04 
 
 		 342 aa  145  1e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1318  LacI family response repressor  32.54 
 
 		 336 aa  144  2e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.119217  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.59 
 
 		 341 aa  145  2e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  34.69 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1332  transcriptional regulator, LacI family  35.37 
 
 		 377 aa  144  2e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>