More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1190 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  617  1e-176  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 318 aa  308  6.999999999999999e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  50.82 
 
 		 318 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  49.5 
 
 		 329 aa  287  2e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0942  transcriptional regulator, LysR family  49.5 
 
 		 329 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0978  LysR substrate-binding  49.5 
 
 		 329 aa  285  7e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0950289 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  47.04 
 
 		 322 aa  285  9e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  43.05 
 
 		 322 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3919  LysR family transcriptional regulator  46.73 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 312 aa  248  1e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 309 aa  246  3e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 322 aa  246  4e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 322 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 321 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1919  LysR family transcriptional regulator  45.15 
 
 		 318 aa  242  5e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.301552  normal  0.616957 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 322 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0444  HTH-type transcriptional regulator cbbR  41.14 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0699694  normal  0.281971 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 316 aa  229  6e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 326 aa  221  9e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 311 aa  219  6e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 318 aa  215  9e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  38.67 
 
 		 318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  37.07 
 
 		 316 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 314 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 327 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 311 aa  206  3e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 315 aa  206  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1694  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 309 aa  205  9e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.726812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 314 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 307 aa  202  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 315 aa  200  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 		 303 aa  199  6e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 312 aa  199  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 		 301 aa  199  7e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 316 aa  198  7.999999999999999e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2215  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.50368 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 315 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 326 aa  196  3e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 316 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 305 aa  194  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 316 aa  192  5e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 308 aa  192  7e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 320 aa  192  7e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  192  9e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2945  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.623955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1286  RuBisCO operon transcriptional regulator, CbbR  38.16 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  37.84 
 
 		 332 aa  190  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  36.9 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  38.87 
 
 		 302 aa  189  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2716  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 312 aa  185  9e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  37.67 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 316 aa  183  3e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 307 aa  181  9.000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  32.03 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 300 aa  181  1e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 300 aa  178  8e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 325 aa  175  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 314 aa  173  2.9999999999999996e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 325 aa  172  6.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  169  4e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 342 aa  168  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  34.47 
 
 		 319 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 328 aa  165  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3757  rubisco operon transcriptional regulator  34.12 
 
 		 330 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3083  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 356 aa  163  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 320 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0866  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 325 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3106  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 325 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0835  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 327 aa  162  6e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 320 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 308 aa  162  7e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0896  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 332 aa  159  6e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 311 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  159  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 314 aa  159  7e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 326 aa  159  7e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0930  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 332 aa  158  9e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.424192 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>