More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_0392 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_0392  Dimethylallyltranstransferase  100 
 
 
319 aa  624  1e-178  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0147729  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1503  Dimethylallyltranstransferase  72.01 
 
 
319 aa  427  1e-118  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.29092 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0496  dimethylallyltransferase  54.63 
 
 
575 aa  283  3.0000000000000004e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.432422  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3477  Trans-hexaprenyltranstransferase  35.87 
 
 
322 aa  186  5e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00654823 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0510  dimethylallyltransferase  40.07 
 
 
330 aa  186  6e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0303508 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40810  Trans-hexaprenyltranstransferase  40.73 
 
 
322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368005  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3415  Polyprenyl synthetase  35.24 
 
 
322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00212563  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0700  trans-hexaprenyltranstransferase  40 
 
 
322 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.286073 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0796  octylprenyl diphosphate synthase  39.81 
 
 
322 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2455  polyprenyl synthetase  34.67 
 
 
322 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000180398  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0211  Polyprenyl synthetase  36.2 
 
 
334 aa  179  8e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.301992 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4498  polyprenyl synthetase  38.74 
 
 
322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.507536  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03052  octaprenyl diphosphate synthase  36.15 
 
 
323 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0077638  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0520  Polyprenyl synthetase  36.15 
 
 
323 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000996752  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3483  octaprenyl diphosphate synthase  36.15 
 
 
323 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000324786  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0863  trans-hexaprenyltranstransferase  37.75 
 
 
343 aa  171  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0603068  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3673  octaprenyl diphosphate synthase  36.15 
 
 
323 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000447788  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3683  polyprenyl synthetase  40.13 
 
 
322 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.719488  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0513  octaprenyl diphosphate synthase  36.15 
 
 
323 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000265793  normal  0.0203333 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3583  octaprenyl diphosphate synthase  36.15 
 
 
323 aa  171  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000015877  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0680  trans-hexaprenyltranstransferase  35.89 
 
 
322 aa  171  1e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000360106  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3380  octaprenyl diphosphate synthase  36.15 
 
 
323 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3954399999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03003  hypothetical protein  36.15 
 
 
323 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00507808  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4861  polyprenyl synthetase  40.07 
 
 
322 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.615334  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0472  octaprenyl diphosphate synthase  35.22 
 
 
323 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000437093  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0719  polyprenyl synthetase  38.21 
 
 
322 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0687  polyprenyl synthetase  38.21 
 
 
322 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.573498  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0718  polyprenyl synthetase  38.21 
 
 
322 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.454253  decreased coverage  0.00754032 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1574  octaprenyl-diphosphate synthase  35.74 
 
 
349 aa  170  3e-41  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.836554 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4509  octaprenyl diphosphate synthase  35.81 
 
 
323 aa  170  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0473  trans-hexaprenyltranstransferase  38.36 
 
 
337 aa  170  3e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.521014  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00798  octaprenyl-diphosphate synthase  34.56 
 
 
323 aa  169  4e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3602  octaprenyl diphosphate synthase  35.14 
 
 
370 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0102331  normal  0.778789 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3497  octaprenyl diphosphate synthase  35.14 
 
 
370 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000502837  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3566  octaprenyl diphosphate synthase  35.14 
 
 
370 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000499434  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3664  octaprenyl diphosphate synthase  35.14 
 
 
370 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000479372  normal  0.0578061 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3495  octaprenyl diphosphate synthase  35.14 
 
 
370 aa  169  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000567296  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4239  polyprenyl synthetase  34.77 
 
 
326 aa  169  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000759134  hitchhiker  0.000000348565 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1814  farnesyltranstransferase  43.12 
 
 
322 aa  169  8e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3613  octaprenyl diphosphate synthase  34.38 
 
 
323 aa  169  8e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000738852  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3758  octaprenyl diphosphate synthase  34.38 
 
 
323 aa  169  8e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000253501  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3973  octaprenyl diphosphate synthase  34.38 
 
 
323 aa  168  9e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000694297  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1317  octaprenyl-diphosphate synthase  34.09 
 
 
322 aa  168  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2653  polyprenyl synthetase  37.54 
 
 
330 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00415418  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3376  polyprenyl synthetase  40.67 
 
 
322 aa  168  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0557  octaprenyl diphosphate synthase  35.14 
 
 
323 aa  167  2e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000813107  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1756  trans-hexaprenyltranstransferase  35.08 
 
 
344 aa  167  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.726809  normal  0.071428 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3090  trans-hexaprenyltranstransferase  33.55 
 
 
323 aa  167  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3623  octaprenyl diphosphate synthase  35.14 
 
 
323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000129591  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0360  octaprenyl-diphosphate synthase  33.33 
 
 
323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00089716  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0409  Polyprenyl synthetase  33.11 
 
 
317 aa  166  5e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000164225  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0792  octaprenyl diphosphate synthase  33.65 
 
 
323 aa  166  5e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000411512  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3278  polyprenyl synthetase  36.95 
 
 
313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000293097 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3918  dimethylallyltranstransferase  38.03 
 
 
342 aa  165  6.9999999999999995e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00996484 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60470  octaprenyl-diphosphate synthase  37.75 
 
 
322 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.456687  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001674  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  33.33 
 
 
323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000010929  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0953  trans-hexaprenyltranstransferase  37.54 
 
 
323 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0940385  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3361  octaprenyl diphosphate synthase  35.1 
 
 
323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000777945  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0193  farnesyltranstransferase  34.66 
 
 
334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000332441  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2852  octaprenyl-diphosphate synthase  33.33 
 
 
348 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000355591  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0506  octylprenyl-diphosphate synthase  38.16 
 
 
330 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.282953  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5209  octaprenyl-diphosphate synthase  37.75 
 
 
322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2709  hypothetical protein  34.87 
 
 
322 aa  163  4.0000000000000004e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2582  hypothetical protein  34.87 
 
 
322 aa  162  5.0000000000000005e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2184  trans-hexaprenyltranstransferase  38.62 
 
 
340 aa  162  6e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0164  Trans-hexaprenyltranstransferase  35.14 
 
 
325 aa  162  7e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0195554  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_332  heptaprenyl diphosphate synthase component II  35.82 
 
 
324 aa  162  8.000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00419568  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2830  trans-hexaprenyltranstransferase  35.83 
 
 
333 aa  162  9e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000446804  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3743  polyprenyl synthetase  32.7 
 
 
322 aa  162  9e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1003  polyprenyl synthetase  36.58 
 
 
323 aa  162  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000127512  decreased coverage  0.00000500836 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3481  octaprenyl diphosphate synthase  33.02 
 
 
323 aa  162  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3068  Polyprenyl synthetase  39.61 
 
 
325 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2928  trans-hexaprenyltranstransferase  36.36 
 
 
323 aa  162  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000191483  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3450  Polyprenyl synthetase  37.5 
 
 
330 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.024256  hitchhiker  0.00543361 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3032  trans-hexaprenyltranstransferase  33.55 
 
 
345 aa  161  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1188  Polyprenyl synthetase  35.2 
 
 
324 aa  160  3e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000116702  normal  0.535135 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0890  polyprenyl synthetase  35.81 
 
 
309 aa  160  3e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0253423 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0054  Polyprenyl synthetase  36.59 
 
 
358 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00942137  normal  0.0473484 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2959  trans-hexaprenyltranstransferase  37.74 
 
 
325 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0367555  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2899  octaprenyl-diphosphate synthase  35.92 
 
 
322 aa  159  4e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1651  Trans-hexaprenyltranstransferase  35.76 
 
 
322 aa  159  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00299697  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2517  Polyprenyl synthetase  35.92 
 
 
322 aa  159  4e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2823  octaprenyl-diphosphate synthase  37.99 
 
 
322 aa  159  5e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000462084  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0966  polyprenyl synthetase  34.64 
 
 
331 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000309131  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1035  polyprenyl synthetase  34.64 
 
 
331 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000587704  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3205  octaprenyl-diphosphate synthase  40 
 
 
322 aa  159  5e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.192377  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1068  polyprenyl synthetase  34.64 
 
 
331 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000253104  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0389  heptaprenyl diphosphate synthase component II  35.11 
 
 
324 aa  159  6e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0293538  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4219  Trans-hexaprenyltranstransferase  39.02 
 
 
345 aa  159  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1007  phage tail region protein  37.8 
 
 
320 aa  159  7e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000193077  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0988  trans-hexaprenyltranstransferase  34.69 
 
 
324 aa  159  8e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.955039  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0752  trans-hexaprenyltranstransferase  37.09 
 
 
327 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0130726 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1373  polyprenyl synthetase  42.13 
 
 
335 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1534  Polyprenyl synthetase  34.38 
 
 
324 aa  158  1e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2803  polyprenyl synthetase  39.6 
 
 
331 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000673013  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0868  trans-hexaprenyltranstransferase  36.13 
 
 
323 aa  157  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000612724  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1350  trans-hexaprenyltranstransferase  38.4 
 
 
318 aa  156  4e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03732  Geranylgeranyl pyrophosphate synthase  34.19 
 
 
324 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.100816  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2658  Polyprenyl synthetase  38.96 
 
 
325 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0590185  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0854  farnesyltranstransferase  34.9 
 
 
322 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>