More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5286 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5286  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  579  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0180264  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  88.33 
 
 		 301 aa  518  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2152  LysR substrate-binding  75.91 
 
 		 313 aa  411  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0841975  normal  0.836129 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2429  transcriptional regulator, LysR family  76.24 
 
 		 313 aa  413  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0404715 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2112  transcriptional regulator, LysR family  76.57 
 
 		 313 aa  413  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  72.67 
 
 		 322 aa  402  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  61.74 
 
 		 302 aa  358  7e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  58.75 
 
 		 324 aa  355  5e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1284  LysR family transcriptional regulator  63.37 
 
 		 315 aa  354  1e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.821306  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 307 aa  353  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  58.42 
 
 		 307 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 310 aa  348  4e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 310 aa  348  4e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  57.43 
 
 		 310 aa  348  5e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  58.61 
 
 		 325 aa  346  3e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  58.59 
 
 		 302 aa  335  3.9999999999999995e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  56.44 
 
 		 307 aa  332  5e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  58.25 
 
 		 304 aa  328  5.0000000000000004e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  58.25 
 
 		 311 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  58.9 
 
 		 304 aa  328  7e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  59.59 
 
 		 299 aa  326  3e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2812  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 305 aa  322  5e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.110516 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1169  transcriptional regulator, LysR family  54.79 
 
 		 308 aa  321  8e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  57.19 
 
 		 307 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0786  LysR family transcriptional regulator  58.56 
 
 		 301 aa  299  4e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0968  LysR family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 308 aa  295  5e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.564507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  53.49 
 
 		 305 aa  291  9e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  53.49 
 
 		 305 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  53.49 
 
 		 305 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  52.16 
 
 		 305 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  52.16 
 
 		 305 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 305 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  52.49 
 
 		 305 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  52.16 
 
 		 305 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4608  LysR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 305 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.612778 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0434  transcriptional regulator, LysR family  50.83 
 
 		 305 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3233  LysR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 308 aa  270  2e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.277987 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 335 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  45.8 
 
 		 305 aa  239  4e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0562  LysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 311 aa  236  3e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.293612 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 303 aa  232  5e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  43.01 
 
 		 294 aa  225  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  40.91 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 307 aa  222  6e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  45.26 
 
 		 293 aa  222  6e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 309 aa  219  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 306 aa  219  5e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  42.11 
 
 		 301 aa  219  5e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  41.53 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 305 aa  219  6e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  41.28 
 
 		 307 aa  218  7e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 302 aa  218  8.999999999999998e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 298 aa  215  8e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 299 aa  215  9e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 299 aa  215  9e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 295 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.48 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 296 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 322 aa  212  7e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 299 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.78 
 
 		 295 aa  211  9e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.52 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 294 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 306 aa  210  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 298 aa  209  3e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 313 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 303 aa  209  4e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  46.21 
 
 		 305 aa  209  6e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 294 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 305 aa  208  7e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1958  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 298 aa  206  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 304 aa  207  3e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  39.39 
 
 		 351 aa  206  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 310 aa  207  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 301 aa  205  7e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  38.82 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>