213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03670 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03670  putative ribosomal RNA small subunit methyltransferase D  100 
 
 
410 aa  849    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0447  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  51.57 
 
 
384 aa  412  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.389747  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4312  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  43.98 
 
 
379 aa  330  2e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.634211  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0753  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  43.47 
 
 
379 aa  311  2e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.181383  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3506  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  43.34 
 
 
385 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0536  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  42.96 
 
 
379 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4398  methyltransferase family protein  42.64 
 
 
378 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468721  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3551  methyltransferase family protein  42.64 
 
 
378 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.715445  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3376  methyltransferase family protein  42.39 
 
 
378 aa  302  7.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3407  methyltransferase family protein  41.73 
 
 
378 aa  302  7.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02953  predicted methyltransferase small domain protein  42.64 
 
 
378 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.932985  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0617  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  42.64 
 
 
378 aa  301  1e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0616  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  42.64 
 
 
378 aa  301  1e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02903  hypothetical protein  42.64 
 
 
378 aa  301  1e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.781708  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3515  methyltransferase family protein  41.48 
 
 
378 aa  300  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000598825 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3266  methyltransferase family protein  42.64 
 
 
378 aa  301  2e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3481  methyltransferase family protein  41.48 
 
 
378 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3411  methyltransferase family protein  41.48 
 
 
378 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3577  methyltransferase family protein  41.48 
 
 
378 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.227162 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3380  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  42.26 
 
 
380 aa  299  5e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  42.57 
 
 
378 aa  297  2e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.315879 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2296  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  42.58 
 
 
382 aa  295  7e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3520  methyltransferase family protein  41.9 
 
 
378 aa  293  3e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1094  methyltransferase family protein  40.2 
 
 
395 aa  293  4e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0562  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.2 
 
 
395 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0500  methyltransferase family protein  40.2 
 
 
395 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0711  ribosomal RNA small subunit methyltransferase D  42.28 
 
 
392 aa  291  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.850348  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0947  putative methyltransferase  41.3 
 
 
382 aa  288  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002705  ribosomal RNA small subunit methyltransferase C  42.07 
 
 
384 aa  281  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.588026  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03277  16S RNA G1207 methylase RsmC  39.61 
 
 
385 aa  267  2e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1886  hypothetical protein  40.3 
 
 
416 aa  263  4.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.112919  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5261  hypothetical protein  39.12 
 
 
374 aa  256  5e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3436  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.67 
 
 
412 aa  256  6e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61090  hypothetical protein  38.88 
 
 
374 aa  255  8e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2937  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.24 
 
 
383 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4890  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  39.8 
 
 
374 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0930  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.49 
 
 
377 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0934  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.14 
 
 
402 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0751  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  40.2 
 
 
377 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0932  methyltransferase small  39.95 
 
 
377 aa  254  3e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0968  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.1 
 
 
377 aa  252  1e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3372  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.38 
 
 
378 aa  252  1e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.38 
 
 
378 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2886  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  41.01 
 
 
401 aa  251  2e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0918  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.14 
 
 
378 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4645  methyltransferase, putative  38.18 
 
 
374 aa  249  5e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4279  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.01 
 
 
374 aa  249  9e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3444  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.9 
 
 
378 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07730  rRNA (guanine-N(2))-methyltransferase  37.78 
 
 
374 aa  248  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3625  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  40.43 
 
 
419 aa  248  2e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.652019  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5405  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.08 
 
 
391 aa  248  2e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0842744 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1097  hypothetical protein  39.37 
 
 
377 aa  247  3e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4642  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.54 
 
 
374 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.458952  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3107  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  39.57 
 
 
424 aa  246  6.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3489  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  37.25 
 
 
384 aa  244  1.9999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.478822 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0790  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.88 
 
 
374 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.960699  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4648  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.42 
 
 
374 aa  240  4e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4510  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.42 
 
 
374 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2548  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  38.46 
 
 
383 aa  233  6e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3101  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  36.26 
 
 
392 aa  227  4e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2217  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  35.28 
 
 
369 aa  196  4.0000000000000005e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.138938  normal  0.0695773 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1941  methyltransferase small  27.62 
 
 
379 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2508  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.51 
 
 
394 aa  121  1.9999999999999998e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3417  methyltransferase small  26.73 
 
 
378 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.173456  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2380  methyltransferase small  27.27 
 
 
382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120292  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2134  methyltransferase small  24.27 
 
 
418 aa  102  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000886529 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0597  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  30.39 
 
 
341 aa  95.1  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3530  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.63 
 
 
347 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0831  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.63 
 
 
347 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000982153 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0806  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.63 
 
 
347 aa  94  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0838  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.63 
 
 
347 aa  94.4  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3099  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27 
 
 
365 aa  92.4  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0107  methyltransferase small  26.46 
 
 
374 aa  92.8  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0464385  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11150  16S RNA G1207 methylase RsmC  25.76 
 
 
401 aa  92  2e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0569  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.34 
 
 
320 aa  90.9  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.221621 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4140  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.04 
 
 
345 aa  90.9  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.449195 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0828  hypothetical protein  28.25 
 
 
353 aa  87  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3978  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.57 
 
 
343 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3164  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.51 
 
 
347 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.908437  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3447  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  29.2 
 
 
353 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00223061 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3335  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  28.83 
 
 
353 aa  84  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0687  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  28.83 
 
 
353 aa  84  0.000000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2646  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.96 
 
 
440 aa  83.2  0.000000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0540  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  28.15 
 
 
345 aa  82  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3230  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.8 
 
 
342 aa  82  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4914  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.48 
 
 
343 aa  80.9  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000234243  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36300  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  26.2 
 
 
394 aa  80.5  0.00000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.858818  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2977  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  32.26 
 
 
345 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2559  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  29.03 
 
 
333 aa  80.1  0.00000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4605  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.48 
 
 
343 aa  79.7  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000649874  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23400  16S RNA G1207 methylase RsmC  24.31 
 
 
411 aa  79.7  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.498455  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4966  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.48 
 
 
343 aa  79.7  0.00000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431948  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04246  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.88 
 
 
343 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.15683  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3628  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.88 
 
 
343 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0414269  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3686  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.88 
 
 
343 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00016948 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3032  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  27.64 
 
 
349 aa  79.3  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5883  16S ribosomal RNA m2G1207 methyltransferase  26.88 
 
 
343 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.336763  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04212  hypothetical protein  26.88 
 
 
343 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.200167  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0685  16S rRNA m(2)G 1207 methyltransferase  29.95 
 
 
333 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0079  rRNA (guanine-N(2)-)-methyltransferase  26.28 
 
 
343 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>