More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00385 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00385  transcriptional regulator  100 
 
 		 214 aa  432  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0238  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  56.25 
 
 		 224 aa  237  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2714  DNA-binding response regulator  53.59 
 
 		 228 aa  234  5.0000000000000005e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.462686  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0800  response regulator receiver  53.4 
 
 		 224 aa  231  7.000000000000001e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.271408  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0354  putative two-component response regulator  51.96 
 
 		 228 aa  228  4e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0481985  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2122  DNA-binding response regulator  37.31 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0528  two component transcriptional regulator, winged helix family  42 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2907  winged helix family two component transcriptional regulator  37.31 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00514074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2876  two component transcriptional regulator  37.31 
 
 		 226 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.5251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2784  two component transcriptional regulator  37.31 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.95 
 
 		 226 aa  149  3e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2950  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.68 
 
 		 258 aa  149  4e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0307025  normal  0.153934 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2409  two component transcriptional regulator  37.31 
 
 		 226 aa  148  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.615174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.82 
 
 		 227 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.767242 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  37 
 
 		 225 aa  145  3e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0776  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.31 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0107208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1969  response regulator receiver domain-containing protein  38.92 
 
 		 219 aa  145  5e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.478098  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4222  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.24 
 
 		 224 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4798  two component transcriptional regulator  37.8 
 
 		 230 aa  144  9e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.358461 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  38.73 
 
 		 228 aa  144  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.75 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3932  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 226 aa  142  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1956  two component transcriptional regulator  37.81 
 
 		 223 aa  142  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000121146  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.59 
 
 		 226 aa  142  5e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3668  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.68 
 
 		 635 aa  141  6e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0086  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.56 
 
 		 223 aa  141  7e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000430601  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1461  two component heavy metal response transcriptional regulator  40 
 
 		 227 aa  141  9e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3447  two component transcriptional regulator  36.95 
 
 		 277 aa  140  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.679069  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1480  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.11 
 
 		 219 aa  140  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000681553  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3617  DNA-binding transcriptional regulator BasR  36.89 
 
 		 220 aa  139  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000270917  normal  0.430126 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0799  two component transcriptional regulator  39.02 
 
 		 225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0274  DNA-binding response regulator  37.75 
 
 		 272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  38.92 
 
 		 221 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.92 
 
 		 224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000226454  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  37.98 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2177  response regulator receiver protein  37.56 
 
 		 223 aa  139  3e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00323539  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2264  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.5 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00910741  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  37.88 
 
 		 226 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0227  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.92 
 
 		 224 aa  138  6e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3722  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.21 
 
 		 635 aa  138  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.940611  normal  0.125775 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0224  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 226 aa  138  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3685  two component transcriptional regulator  35.82 
 
 		 223 aa  138  7e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.25223  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0944  two component transcriptional regulator  33.82 
 
 		 225 aa  138  7e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.091613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13160  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  37.13 
 
 		 228 aa  138  7e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.719024 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4293  two component transcriptional regulator  37.98 
 
 		 224 aa  138  7e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000934276  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  36.14 
 
 		 224 aa  138  7.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5679  two component transcriptional regulator  36.27 
 
 		 248 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.636814 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0451  DNA-binding response regulator  38.92 
 
 		 224 aa  137  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.313098  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3127  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  35.15 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.674952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3519  two component transcriptional regulator  36.63 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683413  normal  0.634912 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  34.48 
 
 		 223 aa  137  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.7 
 
 		 224 aa  137  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2625  two component transcriptional regulator  35.89 
 
 		 231 aa  137  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.983258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4392  two component transcriptional regulator  32.37 
 
 		 225 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0025821  decreased coverage  0.00000564878 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.71 
 
 		 221 aa  136  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4783  two component transcriptional regulator  32.85 
 
 		 225 aa  136  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000784885  unclonable  0.00000000984925 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5688  two component transcriptional regulator  35.82 
 
 		 224 aa  136  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0612982 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2725  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.41 
 
 		 227 aa  136  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  39.09 
 
 		 216 aa  136  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2348  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000162881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2201  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  39.41 
 
 		 227 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3743  two component transcriptional regulator  35.78 
 
 		 248 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3752  two component transcriptional regulator  35.82 
 
 		 224 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0723  transcriptional regulator, response regulator  35.75 
 
 		 225 aa  136  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4616  two component transcriptional regulator  35.82 
 
 		 224 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.055256 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4625  two component transcriptional regulator  35.78 
 
 		 248 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03339  Response regulator consisting of a CheY-like receiver domain and a winged-helix DNA-binding domain  36.41 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  36.41 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3297  DNA-binding heavy metal response regulator, putative  35.15 
 
 		 227 aa  135  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.441835  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0196  two component transcriptional regulator  37.81 
 
 		 226 aa  135  4e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4408  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.85 
 
 		 230 aa  135  4e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2666  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 255 aa  135  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.128945  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0537  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.75 
 
 		 224 aa  135  5e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0716782  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  39.71 
 
 		 221 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3517  two component transcriptional regulator  37.19 
 
 		 238 aa  135  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423488  normal  0.321822 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0692  two component transcriptional regulator  38.12 
 
 		 224 aa  135  5e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.478389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0397  two component transcriptional regulator  32.51 
 
 		 225 aa  135  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4428  DNA-binding response regulator  32.51 
 
 		 225 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0016  two component transcriptional regulator  37.13 
 
 		 262 aa  135  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03384  response regulator  35.38 
 
 		 221 aa  134  7.000000000000001e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000742618  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  39.71 
 
 		 221 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  38.12 
 
 		 223 aa  134  8e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0298  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.51 
 
 		 225 aa  134  9e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.77813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  37.75 
 
 		 225 aa  134  9e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0293  two component transcriptional regulator  32.51 
 
 		 225 aa  134  9e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.973428  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1727  two component transcriptional regulator  34.83 
 
 		 228 aa  134  9e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.284746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0286  two component transcriptional regulator  32.51 
 
 		 225 aa  134  9e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1490  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.41 
 
 		 225 aa  134  9e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2301  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.9 
 
 		 225 aa  134  9e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205811  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4110  two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 225 aa  134  9e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1231  DNA-binding response regulator  43.28 
 
 		 225 aa  134  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0366189  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  35.78 
 
 		 221 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.71 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0057  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.96 
 
 		 225 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0281  two component transcriptional regulator  32.51 
 
 		 225 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000001543 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  37.8 
 
 		 226 aa  134  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3740  two component transcriptional regulator  32.51 
 
 		 225 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.026682 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3337  two component response regulator  36.76 
 
 		 221 aa  134  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.986169  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1047  two component transcriptional regulator  35.58 
 
 		 231 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0282  two component transcriptional regulator  32.51 
 
 		 225 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.919503  hitchhiker  0.00000025705 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>