More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00229 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00229  putative GalR repressor of contiguous operon, likely to bind a galactoside  100 
 
 		 351 aa  727    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  51.95 
 
 		 334 aa  355  5e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  50.45 
 
 		 342 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2681  LacI family transcription regulator  48.94 
 
 		 335 aa  350  3e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2679  LacI family transcription regulator  49.1 
 
 		 337 aa  342  5e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  46.67 
 
 		 335 aa  325  6e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  48.19 
 
 		 332 aa  318  1e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  47.75 
 
 		 332 aa  317  2e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1078  transcriptional regulator, LacI family  46.97 
 
 		 334 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527595 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3331  regulatory protein LacI  46.97 
 
 		 334 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  45.45 
 
 		 340 aa  300  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  45.65 
 
 		 339 aa  296  2e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  45.76 
 
 		 340 aa  296  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  45.45 
 
 		 340 aa  296  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  45.45 
 
 		 340 aa  296  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  45.45 
 
 		 340 aa  295  8e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.824252 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3278  DNA-binding transcriptional regulator GalR  45.32 
 
 		 338 aa  294  1e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  45.45 
 
 		 340 aa  294  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  43.94 
 
 		 336 aa  293  2e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  44.24 
 
 		 336 aa  291  9e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  45.15 
 
 		 340 aa  291  2e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  45.15 
 
 		 340 aa  291  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  43.64 
 
 		 332 aa  290  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  45.15 
 
 		 340 aa  291  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3342  DNA-binding transcriptional regulator GalR  44.55 
 
 		 342 aa  288  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0205886 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3178  DNA-binding transcriptional regulator GalR  44.55 
 
 		 342 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3241  DNA-binding transcriptional regulator GalR  44.55 
 
 		 342 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000512141 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3226  DNA-binding transcriptional regulator GalR  44.55 
 
 		 342 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000639669 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3160  DNA-binding transcriptional regulator GalR  44.55 
 
 		 342 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706978  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0853  transcriptional regulator, LacI family  44.24 
 
 		 343 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  44.24 
 
 		 343 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2985  DNA-binding transcriptional regulator GalR  44.24 
 
 		 343 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02685  DNA-binding transcriptional repressor  43.94 
 
 		 343 aa  286  4e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  43.94 
 
 		 343 aa  286  4e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3157  DNA-binding transcriptional regulator GalR  43.94 
 
 		 343 aa  286  4e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674454  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0761  DNA-binding transcriptional regulator GalR  45.45 
 
 		 348 aa  286  4e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.533461  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02646  hypothetical protein  43.94 
 
 		 343 aa  286  4e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0878  DNA-binding transcriptional regulator GalR  43.94 
 
 		 343 aa  286  4e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2984  DNA-binding transcriptional regulator GalR  43.94 
 
 		 343 aa  286  4e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02080  DNA-binding transcriptional repressor  44.24 
 
 		 346 aa  286  5e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.451006  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  44.71 
 
 		 346 aa  286  5e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02039  hypothetical protein  44.24 
 
 		 346 aa  286  5e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.361585  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  44.71 
 
 		 346 aa  286  5e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  44.71 
 
 		 346 aa  286  5e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1507  transcriptional regulator, LacI family  44.71 
 
 		 346 aa  285  5.999999999999999e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  44.41 
 
 		 346 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.912253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2446  DNA-binding transcriptional regulator GalS  44.41 
 
 		 346 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1562  DNA-binding transcriptional regulator GalS  44.07 
 
 		 345 aa  280  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  43.94 
 
 		 337 aa  279  4e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  43.5 
 
 		 346 aa  278  1e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  40.61 
 
 		 334 aa  278  1e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3616  LacI family transcription regulator  42.17 
 
 		 345 aa  276  4e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1855  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  42.09 
 
 		 338 aa  274  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1965  LacI family transcription regulator  42.09 
 
 		 338 aa  274  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.31848  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1608  HTH-type transcriptional regulator GalR  40.54 
 
 		 340 aa  263  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.656083  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1788  HTH-type transcriptional regulator GalR  40.91 
 
 		 335 aa  262  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1732  HTH-type transcriptional regulator GalR  40.91 
 
 		 335 aa  262  6e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1669  HTH-type transcriptional regulator GalR  40.91 
 
 		 335 aa  262  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1610  HTH-type transcriptional regulator GalR  40.91 
 
 		 335 aa  262  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.578137  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1667  HTH-type transcriptional regulator GalR  40.91 
 
 		 335 aa  262  6.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  38.14 
 
 		 332 aa  243  3.9999999999999997e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  37.88 
 
 		 333 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  36.06 
 
 		 333 aa  229  6e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  35.84 
 
 		 333 aa  226  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.16 
 
 		 332 aa  226  6e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  35.14 
 
 		 334 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  35.14 
 
 		 334 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  35.14 
 
 		 334 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.24 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  37.38 
 
 		 352 aa  218  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  36.14 
 
 		 333 aa  216  5e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.56 
 
 		 342 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  32.43 
 
 		 334 aa  209  5e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  36.66 
 
 		 333 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.66 
 
 		 333 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  34.73 
 
 		 336 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  32.58 
 
 		 336 aa  186  5e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.93 
 
 		 336 aa  183  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  36.28 
 
 		 350 aa  183  4.0000000000000006e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3187  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  31.63 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 340 aa  180  4e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4592  LacI family transcription regulator  32.74 
 
 		 327 aa  178  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 342 aa  177  2e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1286  LacI family transcription regulator  32.14 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000013505  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  31.78 
 
 		 344 aa  176  4e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  33.94 
 
 		 347 aa  176  8e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002440  transcriptional regulator LacI family  31.02 
 
 		 332 aa  175  9e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0100228  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  33.22 
 
 		 337 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  32.9 
 
 		 336 aa  173  3.9999999999999995e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 		 337 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  32.79 
 
 		 332 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  30.72 
 
 		 340 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  32.84 
 
 		 334 aa  172  7.999999999999999e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  30.72 
 
 		 339 aa  172  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  32.17 
 
 		 354 aa  171  2e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  33.12 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  33.12 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1631  LacI family transcription regulator  33.85 
 
 		 381 aa  171  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.213128  normal  0.697087 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.7 
 
 		 325 aa  171  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>