38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3104 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3104  hypothetical protein  100 
 
 		 297 aa  600  1.0000000000000001e-171  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3339  methylation  38.03 
 
 		 283 aa  155  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.510017  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0757  hypothetical protein  37.62 
 
 		 261 aa  139  6e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.538658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3265  type II secretory pathway pseudopilin PulG  36.03 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.226057  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0394  type II secretory pathway pseudopilin PulG  39.32 
 
 		 268 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0886  general secretion pathway protein H  37.2 
 
 		 283 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.115142 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1144  MSHA biogenesis protein MshO  29.97 
 
 		 282 aa  87.8  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3757  methylation site containing protein  36.05 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0511874  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0400  methylation site containing protein  34.48 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.642203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002380  MSHA biogenesis protein MshO  37.37 
 
 		 253 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.197407  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0555  methylation site containing protein  33.33 
 
 		 269 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0166475  normal  0.583012 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0180  prepilin-type cleavage/methylation  35.71 
 
 		 280 aa  68.6  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03688  hypothetical protein  34.07 
 
 		 237 aa  65.9  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3337  MSHA biogenesis protein MshO precursor  37.89 
 
 		 278 aa  65.1  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.131781  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4102  MSHA biogenesis protein MshO  29.06 
 
 		 282 aa  64.3  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4405  methylation site containing protein  34.62 
 
 		 277 aa  63.9  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3651  methylation site containing protein  36.56 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0476  methylation site containing protein  27.95 
 
 		 287 aa  62.8  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0553768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3825  MSHA biogenesis protein MshO  34.41 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0143391  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0519  MSHA biogenesis protein MshO  34.41 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2830  hypothetical protein  38.3 
 
 		 192 aa  61.6  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.496531  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0494  MSHA biogenesis protein MshO  34.41 
 
 		 282 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0709841  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0571  MSHA biogenesis protein MshO  34.41 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3475  methylation site containing protein  34.78 
 
 		 287 aa  60.5  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00218559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00261  Tfp pilus assembly protein PilW  27.03 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0464  MSHA biogenesis protein MshO precursor  32.98 
 
 		 282 aa  59.3  0.00000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467537  normal  0.968118 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0515  MSHA biogenesis protein MshO  34.07 
 
 		 290 aa  58.9  0.00000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.141751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3741  methylation site containing protein  28 
 
 		 275 aa  50.8  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.772407  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0763  hypothetical protein  31.53 
 
 		 261 aa  50.1  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0696342  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4566  putative MSHA biogenesis protein MshO  37.89 
 
 		 292 aa  48.5  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.842341  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1728  hypothetical protein  28.23 
 
 		 160 aa  47  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.148636  normal  0.0609211 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0480  exported protein MshO  34.48 
 
 		 251 aa  46.2  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1034  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1104 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.881671 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0340  N-terminal methylation motif domain protein  25.86 
 
 		 567 aa  43.9  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0318  general secretion pathway protein G  40.35 
 
 		 163 aa  42.7  0.007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1044  hypothetical protein  28.12 
 
 		 138 aa  42.7  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3384  general secretion pathway protein G  45.45 
 
 		 154 aa  42.7  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0855  hypothetical protein  26.03 
 
 		 317 aa  42.4  0.009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>