33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3339 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3339  methylation  100 
 
 		 283 aa  577  1e-164  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.510017  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0757  hypothetical protein  40.77 
 
 		 261 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.538658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3104  hypothetical protein  38.03 
 
 		 297 aa  156  3e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0394  type II secretory pathway pseudopilin PulG  36.3 
 
 		 268 aa  150  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3265  type II secretory pathway pseudopilin PulG  35.31 
 
 		 287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.226057  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0886  general secretion pathway protein H  38.36 
 
 		 283 aa  144  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.115142 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0180  prepilin-type cleavage/methylation  25.86 
 
 		 280 aa  87  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3475  methylation site containing protein  28.18 
 
 		 287 aa  86.3  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00218559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0476  methylation site containing protein  28.91 
 
 		 287 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0553768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1144  MSHA biogenesis protein MshO  29.58 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4405  methylation site containing protein  29.76 
 
 		 277 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0400  methylation site containing protein  28.77 
 
 		 265 aa  82  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.642203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3651  methylation site containing protein  27.59 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4102  MSHA biogenesis protein MshO  29.35 
 
 		 282 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0763  hypothetical protein  29.93 
 
 		 261 aa  77.8  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0696342  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0571  MSHA biogenesis protein MshO  26.8 
 
 		 281 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0555  methylation site containing protein  26.67 
 
 		 269 aa  72  0.000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0166475  normal  0.583012 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0494  MSHA biogenesis protein MshO  26.91 
 
 		 282 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0709841  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3825  MSHA biogenesis protein MshO  26.91 
 
 		 282 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0143391  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0519  MSHA biogenesis protein MshO  27.18 
 
 		 282 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3337  MSHA biogenesis protein MshO precursor  28.23 
 
 		 278 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.131781  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0515  MSHA biogenesis protein MshO  25.93 
 
 		 290 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.141751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00261  Tfp pilus assembly protein PilW  28.77 
 
 		 251 aa  68.9  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0464  MSHA biogenesis protein MshO precursor  26.6 
 
 		 282 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.467537  normal  0.968118 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3757  methylation site containing protein  24.66 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0511874  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002380  MSHA biogenesis protein MshO  38.54 
 
 		 253 aa  61.2  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.197407  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4566  putative MSHA biogenesis protein MshO  26.9 
 
 		 292 aa  60.5  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.842341  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2830  hypothetical protein  31.11 
 
 		 192 aa  58.9  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.496531  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03688  hypothetical protein  24.37 
 
 		 237 aa  57.8  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3741  methylation site containing protein  25.87 
 
 		 275 aa  54.3  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.772407  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2831  hypothetical protein  39.58 
 
 		 48 aa  43.5  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.201367  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0017  hypothetical protein  35.48 
 
 		 343 aa  42.7  0.007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0480  exported protein MshO  28.83 
 
 		 251 aa  42  0.01  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>