More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_1614 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
272 aa  519  1e-146  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.66 
 
 
269 aa  284  9e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.84 
 
 
269 aa  275  6e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.49 
 
 
276 aa  268  5.9999999999999995e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111419  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  53.26 
 
 
271 aa  264  1e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2308  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.12 
 
 
267 aa  253  3e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13580  rRNA methylase  58.71 
 
 
269 aa  251  7e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  50.35 
 
 
286 aa  247  2e-64  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  49.47 
 
 
284 aa  237  2e-61  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2046  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.51 
 
 
279 aa  234  8e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0570  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.52 
 
 
272 aa  231  7.000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.666959  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.28 
 
 
269 aa  229  5e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15820  rRNA methylase  51.28 
 
 
275 aa  226  3e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.582235  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.29 
 
 
279 aa  225  5.0000000000000005e-58  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.88 
 
 
282 aa  220  1.9999999999999999e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.88 
 
 
283 aa  220  1.9999999999999999e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.869677 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.89 
 
 
307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.97 
 
 
267 aa  218  7e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220558  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.82 
 
 
273 aa  218  8.999999999999998e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3008  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.04 
 
 
321 aa  218  1e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.2 
 
 
292 aa  214  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5673  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.49 
 
 
332 aa  213  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  44.33 
 
 
292 aa  211  9e-54  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0846  tRNA/rRNA methyltransferase  48.45 
 
 
316 aa  210  2e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11630  rRNA methylase  51.25 
 
 
280 aa  209  5e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2671  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  47.97 
 
 
275 aa  207  1e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.535925  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  50.71 
 
 
268 aa  208  1e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.19 
 
 
304 aa  205  6e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4007  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.81 
 
 
275 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.169703  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.66 
 
 
290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  46.89 
 
 
267 aa  191  1e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44 
 
 
275 aa  189  4e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0843  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.43 
 
 
280 aa  187  2e-46  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.105002 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04950  rRNA methylase  42.86 
 
 
303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4467  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.96 
 
 
270 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4554  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.96 
 
 
270 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.235775 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4850  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.6 
 
 
270 aa  182  6e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.0422374 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0496  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.95 
 
 
283 aa  177  1e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.44 
 
 
268 aa  172  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.41968  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.58 
 
 
266 aa  166  5e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10898  rRNA methyltransferase  40.66 
 
 
288 aa  165  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4718  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.14 
 
 
268 aa  162  4.0000000000000004e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.15 
 
 
284 aa  159  3e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3534  RNA methylase  37.37 
 
 
279 aa  138  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.103093  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0826  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.59 
 
 
269 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.55 
 
 
275 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.78 
 
 
268 aa  132  6.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1590  RNA methyltransferase  39.48 
 
 
276 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00137189  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1533  RNA methyltransferase  41.04 
 
 
226 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2208  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.43 
 
 
266 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3360  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.51 
 
 
285 aa  128  8.000000000000001e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3752  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.04 
 
 
269 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0797241  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3443  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.93 
 
 
269 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146237  normal  0.0184697 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5195  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.39 
 
 
269 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5969  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.7 
 
 
272 aa  123  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223084  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1178  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.79 
 
 
268 aa  122  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.95 
 
 
269 aa  116  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0439997 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1579  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.82 
 
 
275 aa  115  8.999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0875411  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.82 
 
 
274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.144012 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.19 
 
 
274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0749589 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  27.86 
 
 
267 aa  110  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1015  RNA methyltransferase  30.37 
 
 
271 aa  108  9.000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219963  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0892  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.52 
 
 
316 aa  107  2e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  27.95 
 
 
389 aa  106  5e-22  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0003  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.32 
 
 
250 aa  103  3e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.77 
 
 
291 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.666902  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  37.55 
 
 
245 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2368  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.09 
 
 
256 aa  93.2  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.900248  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1583  RNA methyltransferase TrmH, group 3  39.09 
 
 
256 aa  92.4  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.780301  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2703  RNA methyltransferase TrmH, group 3  36.63 
 
 
348 aa  92  8e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.224688  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0507  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.5 
 
 
322 aa  92  9e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533536  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  39.09 
 
 
256 aa  92  9e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0313  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  28.09 
 
 
251 aa  91.7  1e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000179001  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0848  RNA methyltransferase  26.11 
 
 
247 aa  91.7  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000264025  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0294  rRNA methyltransferase  28.74 
 
 
245 aa  91.3  1e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000126477  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2125  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.92 
 
 
267 aa  90.9  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00183225 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3084  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29.66 
 
 
234 aa  90.5  3e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0296  SpoU rRNA methylase family protein  30.49 
 
 
265 aa  90.1  4e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00172027 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0334  rRNA methylase  21.11 
 
 
257 aa  89.7  5e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.693845  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2022  RNA methyltransferase TrmH, group 3  34.55 
 
 
246 aa  89.4  6e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0417  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  28.78 
 
 
264 aa  89.4  6e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253805  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1180  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  34.66 
 
 
338 aa  89  8e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000228447  hitchhiker  0.0000274792 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.16 
 
 
286 aa  88.6  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.260618 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1443  RNA methyltransferase  30.34 
 
 
258 aa  88.6  1e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0053  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  31.16 
 
 
286 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.87191  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2060  RNA methyltransferase  26.39 
 
 
277 aa  88.2  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1437  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  25.1 
 
 
269 aa  87.4  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1765  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  37.58 
 
 
271 aa  87.4  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.560778  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1107  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.61 
 
 
260 aa  86.7  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0405  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  30.54 
 
 
254 aa  87  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0083776  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2065  rRNA methylase  28.04 
 
 
242 aa  86.7  4e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0971  rRNA methylase-like protein  40.41 
 
 
322 aa  86.7  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2352  putative tRNA/rRNA methyltransferase YacO  31.11 
 
 
248 aa  86.3  5e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.177652  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1606  RNA methyltransferase  32.64 
 
 
247 aa  85.1  0.000000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.0012787  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1003  RNA methyltransferase TrmH, group 3  30.2 
 
 
261 aa  84.7  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.60779  normal  0.0289199 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0590  RNA methyltransferase, TrmH family, group 3  29 
 
 
247 aa  85.1  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0629521 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21880  rRNA methylase  41.22 
 
 
295 aa  85.1  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0372  RNA methyltransferase  40 
 
 
386 aa  84  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176167  hitchhiker  0.00238073 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1735  SpoU rRNA methylase family protein  27.86 
 
 
265 aa  84.3  0.000000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1196  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.55 
 
 
246 aa  84.3  0.000000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>