More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1119 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1119  UDP-glucose 4-epimerase  100 
 
 		 336 aa  697    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.368347 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1836  UDP-glucose 4-epimerase  85.46 
 
 		 337 aa  578  1e-164  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.0000102298  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33990  UDP-galactose 4-epimerase  60.31 
 
 		 323 aa  399  9.999999999999999e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.107891  normal  0.629756 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2268  UDP-glucose 4-epimerase  57.45 
 
 		 328 aa  373  1e-102  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.802009 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3871  UDP-glucose 4-epimerase  56.7 
 
 		 320 aa  362  7.0000000000000005e-99  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00454433 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09200  UDP-galactose 4-epimerase  55.14 
 
 		 332 aa  339  4e-92  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0431  UDP-glucose 4-epimerase  49.54 
 
 		 325 aa  292  6e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1401  UDP-glucose 4-epimerase  46.27 
 
 		 325 aa  282  6.000000000000001e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.622872 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8174  UDP-glucose 4-epimerase  48.14 
 
 		 319 aa  281  1e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5175  UDP-galactose 4-epimerase  45.25 
 
 		 329 aa  271  2e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0757112  normal  0.0801744 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4789  UDP-galactose 4-epimerase  45.25 
 
 		 329 aa  269  4e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4875  UDP-galactose 4-epimerase  45.25 
 
 		 329 aa  269  4e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.346608  normal  0.071217 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05730  UDP-galactose 4-epimerase  45.28 
 
 		 333 aa  266  5e-70  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.805791  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1957  UDP-galactose 4-epimerase  46.44 
 
 		 332 aa  265  5.999999999999999e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.880811  normal  0.626313 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20680  UDP-glucose 4-epimerase  46.27 
 
 		 328 aa  264  1e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5389  UDP-glucose 4-epimerase  46.08 
 
 		 326 aa  263  3e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.925901  hitchhiker  0.00813598 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0186  UDP-galactose 4-epimerase  44.01 
 
 		 354 aa  262  4.999999999999999e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.347724  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1402  UDP-galactose 4-epimerase  45.21 
 
 		 332 aa  259  5.0000000000000005e-68  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.232119  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4242  UDP-glucose 4-epimerase  46.6 
 
 		 332 aa  257  2e-67  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1198  UDP-glucose 4-epimerase  45.14 
 
 		 318 aa  256  3e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.221308 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4306  UDP-glucose 4-epimerase  44.21 
 
 		 324 aa  256  5e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0064009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2187  UDP-galactose 4-epimerase  45.43 
 
 		 327 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0339  UDP-galactose 4-epimerase  43.49 
 
 		 331 aa  254  1.0000000000000001e-66  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1088  UDP-glucose 4-epimerase  45.26 
 
 		 329 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2895  UDP-glucose 4-epimerase  43.33 
 
 		 326 aa  253  3e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0901789 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1324  UDP-glucose 4-epimerase  42.51 
 
 		 330 aa  253  4.0000000000000004e-66  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1555  UDP-glucose 4-epimerase  42.51 
 
 		 330 aa  253  4.0000000000000004e-66  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3237  UDP-glucose 4-epimerase  43.64 
 
 		 328 aa  253  5.000000000000001e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.218159  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0418  UDP-glucose 4-epimerase  42.68 
 
 		 326 aa  252  8.000000000000001e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2084  UDP-glucose 4-epimerase  45.12 
 
 		 328 aa  250  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0212461  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1950  UDP-glucose 4-epimerase  45.57 
 
 		 328 aa  250  3e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00010158  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4279  UDP-galactose 4-epimerase  43.61 
 
 		 333 aa  248  1e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.277879  normal  0.0248708 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0940  UDP-glucose 4-epimerase  41.82 
 
 		 327 aa  247  2e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4827  UDP-glucose 4-epimerase  44.58 
 
 		 329 aa  247  2e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.321852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0673  UDP-galactose 4-epimerase  46.58 
 
 		 337 aa  246  3e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000299597 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1573  UDP-galactose 4-epimerase  40.67 
 
 		 328 aa  246  4e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.52654e-16 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2340  UDP-glucose 4-epimerase  46.01 
 
 		 328 aa  246  4e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.169139  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0282  UDP-glucose 4-epimerase  42.55 
 
 		 328 aa  246  4e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3495  UDP-glucose 4-epimerase  41.72 
 
 		 322 aa  246  6e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0537  UDP-glucose 4-epimerase  44.95 
 
 		 328 aa  245  6e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2240  UDP-glucose 4-epimerase  45.65 
 
 		 326 aa  245  6.999999999999999e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0273  UDP-glucose 4-epimerase  42.55 
 
 		 328 aa  245  6.999999999999999e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1081  UDP-glucose 4-epimerase  41.72 
 
 		 321 aa  245  9e-64  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000142619  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1807  UDP-glucose 4-epimerase  42.24 
 
 		 324 aa  244  9.999999999999999e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  43.29 
 
 		 329 aa  244  9.999999999999999e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3171  UDP-glucose 4-epimerase  43.3 
 
 		 327 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2299  UDP-glucose 4-epimerase  43.48 
 
 		 332 aa  243  3e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2339  UDP-glucose 4-epimerase  42.55 
 
 		 338 aa  243  3e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000378791  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0608  UDP-glucose 4-epimerase  40.74 
 
 		 324 aa  243  3.9999999999999997e-63  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000293819  hitchhiker  0.00261597 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0576  UDP-glucose 4-epimerase  39.46 
 
 		 325 aa  242  5e-63  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1369  UDP-glucose 4-epimerase  42.99 
 
 		 333 aa  243  5e-63  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2973  UDP-glucose 4-epimerase  43.56 
 
 		 331 aa  242  7.999999999999999e-63  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0320  UDP-galactose 4-epimerase  42.68 
 
 		 332 aa  241  1e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0284  UDP-galactose 4-epimerase  42.38 
 
 		 330 aa  241  1e-62  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.555091  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1068  UDP-galactose 4-epimerase  42.42 
 
 		 334 aa  241  1e-62  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.715245  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4181  UDP-glucose 4-epimerase  40 
 
 		 332 aa  241  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1249  UDP-glucose 4-epimerase  39.76 
 
 		 328 aa  240  2e-62  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1657  UDP-glucose 4-epimerase  45 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.408778  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1125  UDP-glucose 4-epimerase  44.82 
 
 		 329 aa  240  2e-62  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.333219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2411  UDP-galactose 4-epimerase  42.72 
 
 		 333 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.016358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2242  UDP-galactose 4-epimerase  40.84 
 
 		 326 aa  239  2.9999999999999997e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4464  UDP-glucose 4-epimerase  41.8 
 
 		 324 aa  239  4e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.442858 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5114  UDP-glucose 4-epimerase  42.99 
 
 		 330 aa  238  9e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.526288  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5505  UDP-glucose 4-epimerase  42.99 
 
 		 330 aa  238  9e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.678064  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3215  UDP-glucose 4-epimerase  42.5 
 
 		 329 aa  238  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00104083  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1048  UDP-glucose 4-epimerase  42.5 
 
 		 329 aa  238  1e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034868 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5056  UDP-glucose 4-epimerase  43.47 
 
 		 330 aa  238  1e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4141  UDP-glucose 4-epimerase  39.69 
 
 		 332 aa  237  2e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0322  UDP-glucose 4-epimerase  40.91 
 
 		 326 aa  238  2e-61  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1830  UDP-glucose 4-epimerase  42.59 
 
 		 327 aa  237  2e-61  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.352077  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1923  UDP-glucose 4-epimerase  41.84 
 
 		 331 aa  237  3e-61  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4945  UDP-glucose 4-epimerase  42.68 
 
 		 330 aa  236  3e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4960  UDP-glucose 4-epimerase  42.68 
 
 		 330 aa  236  3e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00145973  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5354  UDP-glucose 4-epimerase  42.68 
 
 		 330 aa  236  3e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5434  UDP-glucose 4-epimerase  42.68 
 
 		 330 aa  236  3e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5380  UDP-glucose 4-epimerase  42.68 
 
 		 330 aa  236  4e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1662  UDP-glucose 4-epimerase  42.86 
 
 		 330 aa  236  5.0000000000000005e-61  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1708  UDP-glucose 4-epimerase  41.52 
 
 		 331 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.380668  normal  0.432414 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2493  UDP-glucose 4-epimerase  42.28 
 
 		 350 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3289  UDP-glucose 4-epimerase  41.95 
 
 		 330 aa  233  3e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0040  UDP-glucose 4-epimerase  42.3 
 
 		 330 aa  233  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4455  UDP-glucose 4-epimerase  43.67 
 
 		 330 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000044018  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0590  UDP-glucose 4-epimerase  40.36 
 
 		 328 aa  233  5e-60  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0043  UDP-glucose 4-epimerase  39.06 
 
 		 337 aa  232  8.000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4205  UDP-glucose 4-epimerase  43.61 
 
 		 318 aa  231  1e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1465  UDP-glucose 4-epimerase  42.64 
 
 		 323 aa  231  1e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000880176  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4409  UDP-glucose 4-epimerase  42.9 
 
 		 316 aa  230  3e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0041  UDP-glucose 4-epimerase  38.75 
 
 		 337 aa  230  3e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1866  UDP-glucose 4-epimerase  41.3 
 
 		 330 aa  229  4e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1148  UDP-glucose 4-epimerase  40.06 
 
 		 328 aa  229  4e-59  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.602539  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1047  UDP-galactose 4-epimerase  39.88 
 
 		 336 aa  229  4e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00240501 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0668  UDP-glucose 4-epimerase  44.89 
 
 		 319 aa  229  6e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0718222 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1273  UDP-glucose 4-epimerase  39.76 
 
 		 328 aa  229  7e-59  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.138557  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1342  UDP-glucose 4-epimerase  43.33 
 
 		 332 aa  228  8e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1806  UDP-glucose 4-epimerase  42.68 
 
 		 330 aa  228  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.217645 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1352  UDP-glucose 4-epimerase  40.85 
 
 		 329 aa  228  1e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4249  UDP-galactose 4-epimerase  39.94 
 
 		 327 aa  228  1e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.444052 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1261  UDP-glucose 4-epimerase  43.41 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.992711 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0768  UDP-galactose 4-epimerase  40.25 
 
 		 337 aa  228  1e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  43.2 
 
 		 328 aa  227  2e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>