82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1076 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1076  single-strand binding family protein  100 
 
 		 161 aa  335  9.999999999999999e-92  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0930  single-strand binding protein  35.66 
 
 		 177 aa  97.1  1e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24720  single stranded DNA-binding protein  35.45 
 
 		 211 aa  86.3  1e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.0081931  normal  0.0484863 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2420  single-strand binding protein  32.26 
 
 		 192 aa  82.8  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0230059  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7360  Single-stranded DNA-binding protein-like protein  37.5 
 
 		 233 aa  79.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1351  single-strand binding protein  32.47 
 
 		 187 aa  79.7  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0852946  hitchhiker  0.0000589193 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1368  single-strand binding protein  35.34 
 
 		 185 aa  78.6  0.00000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0510116  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2173  single-strand binding protein  32.14 
 
 		 184 aa  78.2  0.00000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000827333 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19560  single stranded DNA-binding protein  34.81 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0239193  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2558  single-strand binding protein  36.61 
 
 		 190 aa  77  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.752776 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1327  single-strand binding protein  27.52 
 
 		 191 aa  73.9  0.0000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1088  single-strand binding protein  32.54 
 
 		 198 aa  72.4  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.651854  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09740  single stranded DNA-binding protein  26.42 
 
 		 183 aa  69.7  0.00000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1907  single-stranded DNA-binding protein  52.31 
 
 		 191 aa  69.7  0.00000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08890  single stranded DNA-binding protein  44.78 
 
 		 178 aa  68.6  0.00000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.193976  normal  0.0417 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1620  single-strand binding protein  30.52 
 
 		 179 aa  66.6  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.777207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1521  single-strand binding protein  28.91 
 
 		 165 aa  63.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.232258  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4668  single-strand binding protein/Primosomal replication protein n  31.09 
 
 		 118 aa  61.6  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0382232  normal  0.0214705 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3556  single-strand binding protein  34.45 
 
 		 230 aa  62  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1811  single-strand binding protein  25.2 
 
 		 188 aa  57  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0567854  normal  0.0158979 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3930  single-strand binding protein  37.35 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.241306  normal  0.0537084 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5321  single-stranded DNA-binding protein  32.08 
 
 		 305 aa  54.7  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.074261 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0309  single-strand binding family protein  26.15 
 
 		 193 aa  53.5  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0940185 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3020  single-strand binding protein  29.06 
 
 		 174 aa  53.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.666273  normal  0.0842744 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1145  single-stranded DNA-binding protein  30.56 
 
 		 225 aa  53.1  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00600272  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1374  single-strand binding protein/Primosomal replication protein n  29.91 
 
 		 175 aa  52  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  38.14 
 
 		 188 aa  52.4  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2643  single-strand binding protein  30.23 
 
 		 173 aa  52.4  0.000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.554684 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1177  single-stranded DNA-binding protein  25.36 
 
 		 179 aa  52  0.000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7361  single-strand binding protein  30 
 
 		 184 aa  51.2  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.901267  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2025  single-strand binding protein/Primosomal replication protein n  26.92 
 
 		 151 aa  51.2  0.000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26580  single-strand binding protein  26.96 
 
 		 189 aa  48.9  0.00003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.195402 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3689  hypothetical protein  26.05 
 
 		 168 aa  47.8  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3621  hypothetical protein  26.05 
 
 		 168 aa  47.8  0.00007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3616  hypothetical protein  26.05 
 
 		 168 aa  47.8  0.00007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0928  single-strand binding protein  23.23 
 
 		 167 aa  47  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4072  single-strand binding protein  26.13 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5067  single-strand binding protein  26.5 
 
 		 159 aa  47  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.385678  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3890  single-strand binding protein  27.1 
 
 		 193 aa  45.1  0.0004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0415536 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31770  single-strand binding protein  27.59 
 
 		 178 aa  45.1  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4119  single-strand binding protein  27.1 
 
 		 192 aa  45.1  0.0005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9356  single-stranded DNA-binding protein  25 
 
 		 191 aa  45.1  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.819513 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2132  single-strand binding protein  25.62 
 
 		 153 aa  44.7  0.0006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1218  single-stranded DNA-binding protein  25.21 
 
 		 218 aa  44.3  0.0007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5071  single-strand binding protein  31.58 
 
 		 186 aa  44.3  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.836187 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5067  single-strand binding protein  24.72 
 
 		 167 aa  44.3  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000148425 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2567  hypothetical protein  30 
 
 		 162 aa  44.3  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.316058 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4555  single-strand binding protein  21.74 
 
 		 169 aa  44.3  0.0007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.184905  normal  0.802331 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1019  single-strand binding protein  27.34 
 
 		 176 aa  44.3  0.0008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0415033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2703  single-strand binding protein  27.08 
 
 		 175 aa  43.9  0.0009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4370  single-strand binding protein  29.27 
 
 		 119 aa  43.9  0.0009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000199018  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7040  single-strand binding protein  24.79 
 
 		 168 aa  43.9  0.0009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1545  single-strand binding protein  29.27 
 
 		 166 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00898888  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0128  single-strand binding protein  23.28 
 
 		 163 aa  43.9  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0299723 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4739  single-strand binding protein  25.22 
 
 		 173 aa  43.5  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4948  single-strand binding protein  24.79 
 
 		 170 aa  43.5  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4638  single-strand binding protein  25.4 
 
 		 300 aa  43.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0165  single-strand binding protein  34.62 
 
 		 301 aa  43.9  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.0000779972  normal  0.680564 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2223  single-strand binding protein  25.84 
 
 		 164 aa  42.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000351539  normal  0.108037 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5049  single-strand binding protein  25.23 
 
 		 171 aa  42.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.228597 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2262  single-strand binding protein/primosomal replication protein n  32.14 
 
 		 129 aa  43.1  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4663  single-strand binding protein  22.41 
 
 		 188 aa  43.1  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10053  single-stranded DNA-binding protein  24.35 
 
 		 164 aa  42.7  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000020035  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39400  single-strand binding protein  24.35 
 
 		 156 aa  42  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.567165 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3560  single-strand binding protein  24.17 
 
 		 171 aa  42.4  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.861693 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2690  single-strand binding protein  31.71 
 
 		 172 aa  42  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0960941  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5369  single-stranded DNA-binding protein  23.48 
 
 		 172 aa  42.4  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5458  single-stranded DNA-binding protein  23.48 
 
 		 172 aa  42.4  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.268311  normal  0.0145668 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5745  single-stranded DNA-binding protein  23.48 
 
 		 172 aa  42.4  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.26474 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0828  single-strand binding protein  26.67 
 
 		 176 aa  42  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00178667  hitchhiker  0.000998915 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4843  single-strand binding protein  21.55 
 
 		 195 aa  42  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3354  single-strand binding protein  22.41 
 
 		 189 aa  42  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4338  single-strand binding protein  23.28 
 
 		 198 aa  42  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1236  single-stranded DNA-binding protein  31.11 
 
 		 170 aa  41.2  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.213972  normal  0.132188 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4072  hypothetical protein  28.89 
 
 		 162 aa  41.2  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2049  single-strand binding protein  26.51 
 
 		 138 aa  40.8  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0027  single-strand binding protein  25.71 
 
 		 175 aa  40.8  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.664632  normal  0.0441795 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0813  single-strand binding protein  27.73 
 
 		 180 aa  40.8  0.008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.307719 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2388  single-strand binding protein  26.73 
 
 		 138 aa  40.8  0.008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.875154 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1126  single-strand binding protein  25.86 
 
 		 174 aa  40.8  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4180  single-strand binding protein  22.61 
 
 		 182 aa  40.4  0.01  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1124  single-strand binding protein  27.27 
 
 		 156 aa  40.4  0.01  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.228328  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>