More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3988 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3988  ribosome recycling factor  100 
 
 		 185 aa  369  1e-101  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556234  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09920  ribosome recycling factor  70.27 
 
 		 185 aa  278  2e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.95344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2004  ribosome recycling factor  73.51 
 
 		 185 aa  276  9e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1985  ribosome recycling factor  73.51 
 
 		 185 aa  276  9e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2050  ribosome recycling factor  73.51 
 
 		 185 aa  276  9e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.774761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2221  ribosome recycling factor  72.43 
 
 		 185 aa  275  2e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0750591  normal  0.159368 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4123  ribosome recycling factor  71.89 
 
 		 185 aa  272  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3110  ribosome recycling factor  68.65 
 
 		 185 aa  269  1e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000000000193761  hitchhiker  0.00426294 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5908  ribosome recycling factor  67.03 
 
 		 185 aa  269  2e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.107758  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1866  ribosome recycling factor  67.57 
 
 		 185 aa  267  5.9999999999999995e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0861324 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2111  ribosome recycling factor  69.19 
 
 		 185 aa  266  1e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1532  ribosome recycling factor  67.57 
 
 		 185 aa  266  1e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0437112 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1674  ribosome recycling factor  67.57 
 
 		 185 aa  263  8.999999999999999e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1325  ribosome recycling factor  65.95 
 
 		 185 aa  263  1e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12896  ribosome recycling factor  67.03 
 
 		 185 aa  259  2e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.460587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1233  ribosome recycling factor  64.32 
 
 		 185 aa  258  3e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.408531  hitchhiker  0.00510503 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1418  ribosome recycling factor  66.49 
 
 		 185 aa  258  3e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.441102 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0997  ribosome recycling factor  63.24 
 
 		 185 aa  256  2e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.168842  normal  0.480698 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1539  ribosome recycling factor  66.49 
 
 		 185 aa  255  3e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.34519 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3579  ribosome recycling factor  63.78 
 
 		 185 aa  251  5.000000000000001e-66  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1164  ribosome recycling factor  62.16 
 
 		 185 aa  249  1e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.221517 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2504  ribosome recycling factor  64.32 
 
 		 185 aa  248  5e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.599102  normal  0.470707 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1183  ribosome recycling factor  61.08 
 
 		 185 aa  246  1e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2201  ribosome recycling factor  60.54 
 
 		 185 aa  246  1e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.29734 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1387  ribosome recycling factor  60 
 
 		 185 aa  239  2e-62  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000002033 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1487  ribosome recycling factor  64.86 
 
 		 185 aa  238  2.9999999999999997e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.632003 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0241  ribosome recycling factor  58.38 
 
 		 185 aa  235  3e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0679  ribosome recycling factor  60 
 
 		 185 aa  233  1.0000000000000001e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.445733  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1370  ribosome recycling factor  58.38 
 
 		 185 aa  233  1.0000000000000001e-60  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.102814  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3240  ribosome recycling factor  58.38 
 
 		 185 aa  231  3e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11220  ribosome recycling factor  57.61 
 
 		 186 aa  230  1e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0977787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1007  ribosome recycling factor  58.92 
 
 		 185 aa  229  1e-59  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3407  ribosome recycling factor  60 
 
 		 185 aa  223  1e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0276302  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23580  ribosome recycling factor  55.68 
 
 		 185 aa  219  1.9999999999999999e-56  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.275445 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06770  ribosome recycling factor  52.97 
 
 		 185 aa  212  2.9999999999999995e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.000531316  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1813  ribosome recycling factor  53.11 
 
 		 184 aa  206  1e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000182094  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0806  ribosome recycling factor  51.41 
 
 		 184 aa  195  3e-49  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2472  ribosome recycling factor  52.43 
 
 		 185 aa  194  4.0000000000000005e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0885  ribosome recycling factor  50.81 
 
 		 185 aa  194  9e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000127588  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2476  ribosome recycling factor  53.71 
 
 		 185 aa  193  1e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000697706  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10150  ribosome recycling factor  53.04 
 
 		 188 aa  193  1e-48  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.775897  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1321  ribosome recycling factor  50.81 
 
 		 185 aa  191  4e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.198825  hitchhiker  0.00000000000000123018 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3865  ribosome recycling factor  51.35 
 
 		 185 aa  191  5e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00928808  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3565  ribosome recycling factor  50.81 
 
 		 185 aa  191  5e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.603259  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3836  ribosome recycling factor  50.81 
 
 		 185 aa  191  5e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  3.64109e-62 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3583  ribosome recycling factor  50.81 
 
 		 185 aa  191  5e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3871  ribosome recycling factor  51.35 
 
 		 185 aa  191  5e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0168076  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3675  ribosome recycling factor  51.98 
 
 		 185 aa  191  8e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.979275  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1144  ribosome recycling factor  49.73 
 
 		 185 aa  190  8e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000279866  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3962  ribosome recycling factor  51.98 
 
 		 185 aa  191  8e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.60954  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3647  ribosome recycling factor  50.27 
 
 		 185 aa  190  8e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0174734  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3922  ribosome recycling factor  50.81 
 
 		 185 aa  190  1e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0969461  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1003  ribosome recycling factor  50 
 
 		 183 aa  188  2.9999999999999997e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000111257  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4958  ribosome recycling factor  48.37 
 
 		 192 aa  188  4e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.759908  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0581  ribosome recycling factor  47.83 
 
 		 184 aa  187  5e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2036  ribosome recycling factor  49.19 
 
 		 186 aa  186  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3514  ribosome recycling factor  49.19 
 
 		 185 aa  186  1e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.763665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3706  ribosome recycling factor  47.57 
 
 		 185 aa  186  1e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0497206  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2112  ribosome recycling factor  48.91 
 
 		 186 aa  186  2e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10920  ribosome recycling factor  47.28 
 
 		 186 aa  184  4e-46  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0728725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2919  ribosome recycling factor  49.46 
 
 		 186 aa  185  4e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.174611 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0445  ribosome recycling factor  46.02 
 
 		 185 aa  185  4e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00199228  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0407  ribosome recycling factor  48.35 
 
 		 183 aa  184  5e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00332415  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1422  ribosome recycling factor  48.11 
 
 		 187 aa  184  5e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0768793  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1035  ribosome recycling factor  48.11 
 
 		 185 aa  184  9e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000462528  unclonable  0.0000000105333 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3210  ribosome recycling factor  49.73 
 
 		 185 aa  183  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238814  hitchhiker  0.0000000602253 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1658  ribosome recycling factor  46.74 
 
 		 184 aa  182  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.375108  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1843  ribosome recycling factor  48.31 
 
 		 185 aa  181  8.000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.773787 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1517  ribosome recycling factor  47.57 
 
 		 185 aa  180  9.000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1128  ribosome recycling factor  46.74 
 
 		 184 aa  180  9.000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.440044  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07680  ribosome recycling factor  45.95 
 
 		 185 aa  180  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.029169  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0519  ribosome recycling factor  47.83 
 
 		 186 aa  179  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2753  ribosome recycling factor  45.41 
 
 		 185 aa  177  4.999999999999999e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.63878  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3730  ribosome recycling factor  45.41 
 
 		 185 aa  177  8e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000151569  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1401  ribosome recycling factor  49.44 
 
 		 186 aa  177  9e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.100309  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1512  ribosome recycling factor  47.03 
 
 		 185 aa  176  1e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00300903  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1975  ribosome recycling factor  44.86 
 
 		 184 aa  176  2e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.552095  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1918  ribosome recycling factor  44.32 
 
 		 185 aa  175  3e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.36169e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1351  hypothetical protein  46.2 
 
 		 186 aa  175  4e-43  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23610  ribosome recycling factor  45.65 
 
 		 184 aa  174  7e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.093506 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1488  ribosome recycling factor  43.78 
 
 		 185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0169142 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1278  ribosome recycling factor  44.86 
 
 		 185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3928  ribosome recycling factor  44.86 
 
 		 185 aa  172  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.887062  normal  0.119713 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0510  ribosome recycling factor  47.19 
 
 		 186 aa  172  2.9999999999999996e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0317856  normal  0.376064 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1142  ribosome recycling factor  46.49 
 
 		 185 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000869669  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0077  ribosome recycling factor  45.41 
 
 		 185 aa  171  3.9999999999999995e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.010398  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0578  ribosome recycling factor (ribosome releasing factor)  46.2 
 
 		 186 aa  171  3.9999999999999995e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0826  ribosome recycling factor  45.11 
 
 		 184 aa  171  6.999999999999999e-42  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000458151  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1494  ribosome recycling factor  45.41 
 
 		 185 aa  171  6.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2632  ribosome recycling factor  44.86 
 
 		 185 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000751677  normal  0.363086 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1918  ribosome recycling factor  43.24 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0629  ribosome recycling factor  46.74 
 
 		 190 aa  170  1e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.701086  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2016  ribosome recycling factor  43.78 
 
 		 185 aa  170  1e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00367889 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1944  ribosome recycling factor  44.02 
 
 		 184 aa  170  1e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.757618 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1430  ribosome recycling factor  49.17 
 
 		 184 aa  169  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121871  normal  0.0745134 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1196  ribosome recycling factor  47.78 
 
 		 181 aa  169  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00000300081  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2882  ribosome recycling factor  45.11 
 
 		 185 aa  168  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000396733  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0609  ribosome recycling factor  47.13 
 
 		 174 aa  169  3e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000570491  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1162  ribosome recycling factor  44.86 
 
 		 185 aa  168  5e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1046  ribosome recycling factor  47.16 
 
 		 183 aa  167  6e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.197511  normal  0.0713595 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>