234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1346 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_1346  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 401 aa  797    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000737646 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2235  lipopolysaccharide biosynthesis protein  64.9 
 
 		 396 aa  490  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  53.15 
 
 		 395 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  43.34 
 
 		 409 aa  320  3e-86  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.716445  hitchhiker  0.000227002 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  46.35 
 
 		 422 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  44.53 
 
 		 384 aa  296  4e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1855  capsule polysaccharide export protein, putative  40.46 
 
 		 406 aa  279  6e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0722635  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3402  lipopolysaccharide biosynthesis  39.95 
 
 		 388 aa  259  9e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3061  lipopolysaccharide biosynthesis protein  45.11 
 
 		 416 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3789  lipopolysaccharide biosynthesis protein  38.56 
 
 		 407 aa  239  9e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1234  lipopolysaccharide biosynthesis  36.89 
 
 		 388 aa  218  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.288153  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0789  lipopolysaccharide biosynthesis  34.66 
 
 		 408 aa  216  5.9999999999999996e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2731  lipopolysaccharide biosynthesis  36.51 
 
 		 394 aa  206  5e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.838486  normal  0.60857 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0889  lipopolysaccharide biosynthesis  33.88 
 
 		 428 aa  189  9e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.6181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1888  hypothetical protein  33.42 
 
 		 343 aa  188  1e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.173823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1985  chain length determinant domain-containing protein  33.42 
 
 		 405 aa  178  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0661  chain length determinant protein  34.19 
 
 		 405 aa  172  9e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1960  putative transport-related membrane protein  34.19 
 
 		 405 aa  172  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.954505  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0567  chain length determinant protein  34.19 
 
 		 405 aa  172  9e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0643  lipopolysaccharide biosynthesis protein  33.89 
 
 		 398 aa  171  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  37.07 
 
 		 463 aa  139  7e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2625  lipopolysaccharide biosynthesis protein  30.68 
 
 		 403 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00623391  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1885  hypothetical protein  27.98 
 
 		 370 aa  126  8.000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2272  protein-tyrosine kinase  25.49 
 
 		 741 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.994718  normal  0.103014 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5550  hypothetical protein  26.14 
 
 		 741 aa  90.5  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3727  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.14 
 
 		 741 aa  90.5  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.601241 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4915  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  25.74 
 
 		 741 aa  90.5  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113292 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3700  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  26.61 
 
 		 741 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4539  protein-tyrosine kinase  26.61 
 
 		 741 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.267128  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3824  hypothetical protein  26.61 
 
 		 741 aa  89.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4703  exopolysaccharide transport protein family  23.84 
 
 		 747 aa  88.2  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.15 
 
 		 642 aa  87.8  3e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.57 
 
 		 324 aa  87.8  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0547  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase, putative  25 
 
 		 739 aa  86.3  8e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0914  EpsB  24.32 
 
 		 739 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121592  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2481  chain length determinant protein  24.32 
 
 		 739 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2619  chain length determinant protein  23.99 
 
 		 739 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2472  exopolysaccharide transport protein family  24.36 
 
 		 741 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.342499  normal  0.203654 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2242  protein-tyrosine kinase  24.05 
 
 		 740 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.551274 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1653  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.2 
 
 		 321 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0595159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1959  capsular exopolysaccharide family  24.49 
 
 		 732 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.901256 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4053  exopolysaccharide transport protein family  24.69 
 
 		 740 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1061  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  24.09 
 
 		 730 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  28.33 
 
 		 328 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0507  exopolysaccharide transporter  24.27 
 
 		 740 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00688  hypothetical protein  40.74 
 
 		 320 aa  77.4  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.73 
 
 		 643 aa  77.4  0.0000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2255  protein-tyrosine kinase  24.15 
 
 		 736 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.962919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3694  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  25.66 
 
 		 726 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1376  lipopolysaccharide biosynthesis  27.9 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.648353  hitchhiker  0.00000667322 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6747  exopolysaccharide transport protein family  24.45 
 
 		 740 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.417886  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  27.68 
 
 		 329 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  41.74 
 
 		 324 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.34 
 
 		 653 aa  75.5  0.000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2841  lipopolysaccharide biosynthesis  25.64 
 
 		 326 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.500509  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1689  exopolysaccharide transport protein family  25.09 
 
 		 744 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3034  tyrosine kinase  24.38 
 
 		 723 aa  74.3  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6020  capsular exopolysaccharide family  23.53 
 
 		 736 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.242551 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2891  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.55 
 
 		 325 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.51 
 
 		 328 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3733  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  23.23 
 
 		 780 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.799332 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0845  capsular exopolysaccharide family  23.21 
 
 		 784 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1397  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.72 
 
 		 325 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1940  exopolysaccharide transport protein family  22.71 
 
 		 755 aa  70.5  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3850  protein-tyrosine kinase  23.87 
 
 		 784 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2541  lipopolysaccharide biosynthesis  26.67 
 
 		 329 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0649  putative lipopolysaccharide biosynthesis tyrosine kinase  19.83 
 
 		 753 aa  68.9  0.0000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4408  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.79 
 
 		 761 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.989897  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2865  tyrosine kinase  22.07 
 
 		 723 aa  68.2  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.92 
 
 		 735 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4163  lipopolysaccharide biosynthesis  23.14 
 
 		 748 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.214287  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4203  lipopolysaccharide biosynthesis  23.14 
 
 		 748 aa  68.2  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.263405 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1018  EPS I polysaccharide export transmembrane protein  22.88 
 
 		 751 aa  67.8  0.0000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.646097  normal  0.76334 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.34 
 
 		 320 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  21.78 
 
 		 790 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0621  capsular exopolysaccharide family  24.03 
 
 		 726 aa  66.2  0.0000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.242447  normal  0.136345 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3225  protein-tyrosine kinase  20.77 
 
 		 735 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.119763  normal  0.295148 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1115  capsular exopolysaccharide family  25.91 
 
 		 730 aa  65.5  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.335686  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  23.44 
 
 		 490 aa  64.7  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2533  protein-tyrosine kinase  23.94 
 
 		 802 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.152743 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3190  exopolysaccharide transport protein family  23.97 
 
 		 764 aa  63.9  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.732974  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00984  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  21.43 
 
 		 726 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.616626  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1217  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  21.43 
 
 		 726 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1090  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  21.43 
 
 		 726 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0278  O-antigen length determinant protein  37.84 
 
 		 325 aa  63.9  0.000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00991  hypothetical protein  21.43 
 
 		 726 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.486912  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2191  tyrosine-protein kinase etk  20.5 
 
 		 722 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174737  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29900  Protein-tyrosine kinase wzz family protein  26.32 
 
 		 734 aa  63.5  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.131777  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2615  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  21.43 
 
 		 726 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.662631  normal  0.0600868 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2662  capsular exopolysaccharide family  21.43 
 
 		 726 aa  63.5  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149577  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1097  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  21.43 
 
 		 726 aa  63.5  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0653674  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3844  lipopolysaccharide biosynthesis  24.69 
 
 		 740 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2334  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  20.26 
 
 		 726 aa  63.5  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1713  protein-tyrosine kinase  22.27 
 
 		 731 aa  63.2  0.000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000917303  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2975  chain length determinant family protein  36.19 
 
 		 317 aa  63.2  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.978239 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.77 
 
 		 474 aa  63.2  0.000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3443  tyrosine-protein kinase  20.77 
 
 		 753 aa  62  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2342  tyrosine kinase  23.36 
 
 		 719 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.34409  normal  0.673103 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0795  lipopolysaccharide biosynthesis protein  35.78 
 
 		 315 aa  61.6  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2902  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.43 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>