More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3366 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_0880  histidine kinase  93.85 
 
 		 374 aa  727    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000216006 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3366  histidine kinase  100 
 
 		 374 aa  770    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3335  histidine kinase  44.27 
 
 		 404 aa  298  9e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.248975  normal  0.715398 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3006  histidine kinase  38.98 
 
 		 394 aa  276  4e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1696  histidine kinase  39.63 
 
 		 380 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0566842  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2189  sensor histidine kinase  37.5 
 
 		 395 aa  250  3e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2970  histidine kinase  36.73 
 
 		 386 aa  238  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1890  histidine kinase  37.73 
 
 		 384 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00251613  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2301  histidine kinase  34.46 
 
 		 386 aa  218  8.999999999999998e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000229596 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2053  histidine kinase  37.3 
 
 		 391 aa  216  5e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.5401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2287  histidine kinase  35.23 
 
 		 387 aa  215  8e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000635078  normal  0.170007 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1375  histidine kinase  35 
 
 		 447 aa  211  2e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2687  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.28 
 
 		 377 aa  207  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2728  histidine kinase  34.34 
 
 		 387 aa  207  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2934  histidine kinase  36.04 
 
 		 390 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.257215 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0902  histidine kinase  34.66 
 
 		 399 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000164355  hitchhiker  0.00000000561176 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1412  histidine kinase  31.28 
 
 		 381 aa  178  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.560761  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0278  histidine kinase  31.9 
 
 		 406 aa  157  4e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.284649  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1794  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.94 
 
 		 589 aa  87.4  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000132214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 745 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  27.23 
 
 		 745 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  27.23 
 
 		 745 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.48 
 
 		 1519 aa  63.9  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0865128  normal  0.147126 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4312  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.8 
 
 		 591 aa  63.5  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4530  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.34 
 
 		 492 aa  62  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0351302  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1912  putative PAS/PAC sensor protein  32.33 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.436176  unclonable  0.00000739148 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2945  histidine kinase  32.73 
 
 		 616 aa  60.1  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.546794  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.11 
 
 		 926 aa  60.1  0.00000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1424  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.72 
 
 		 720 aa  58.9  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.916012  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0796  histidine kinase  27.19 
 
 		 240 aa  59.3  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.553379  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.99 
 
 		 1053 aa  59.3  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.19 
 
 		 589 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0773722  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4448  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.19 
 
 		 589 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1470  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 		 755 aa  58.9  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.797654  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.7 
 
 		 1076 aa  57  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3408  histidine kinase  29.03 
 
 		 573 aa  57  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.0068838  normal  0.336005 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2494  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.47 
 
 		 489 aa  56.6  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.228009 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2272  putative two-component sensor  36.13 
 
 		 433 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3991  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  29.86 
 
 		 553 aa  55.8  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00164194  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0290  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.52 
 
 		 758 aa  55.5  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.312795 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0941  sensor histidine kinase, putative  28.81 
 
 		 248 aa  54.7  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1628  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 		 929 aa  55.5  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0932  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 		 827 aa  55.5  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.202098 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03680  nitrogen regulation protein ntrY  30.33 
 
 		 470 aa  55.5  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.177814  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2454  histidine kinase  37.32 
 
 		 367 aa  54.7  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000691569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3383  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.18 
 
 		 548 aa  55.1  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.918408  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0488  histidine kinase  35.2 
 
 		 250 aa  55.1  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3043  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.51 
 
 		 1122 aa  54.3  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000641159  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3530  histidine kinase  29.73 
 
 		 548 aa  54.7  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1908  histidine kinase  25 
 
 		 772 aa  54.3  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0199543  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5658  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.05 
 
 		 602 aa  54.3  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.525886  normal  0.309242 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1057  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.79 
 
 		 718 aa  54.3  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.108149  normal  0.980645 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1137  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.1 
 
 		 412 aa  54.3  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000397625  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21630  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.91 
 
 		 594 aa  54.7  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000143993  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0336  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.29 
 
 		 612 aa  53.9  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.84228  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0201  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.53 
 
 		 408 aa  53.9  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2632  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.83 
 
 		 906 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0423  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.3 
 
 		 839 aa  53.5  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3466  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.18 
 
 		 548 aa  53.9  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535402  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1753  sensor protein LuxQ  24.58 
 
 		 583 aa  53.5  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.08 
 
 		 695 aa  53.5  0.000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2602  PAS sensor protein  27.83 
 
 		 903 aa  53.5  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2825  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.83 
 
 		 903 aa  53.5  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.198382 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2815  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.18 
 
 		 412 aa  53.5  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  33.93 
 
 		 993 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2460  histidine kinase  27.84 
 
 		 415 aa  52.8  0.000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0538  histidine kinase  24.42 
 
 		 336 aa  52.8  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000789394  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1970  sensory box histidine kinase  26.88 
 
 		 415 aa  52.4  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.645732  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0447  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.13 
 
 		 1527 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0696  histidine kinase  30.3 
 
 		 248 aa  52.8  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0073771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.71 
 
 		 1465 aa  52.4  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5603  hypothetical protein  26.61 
 
 		 756 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0418  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.13 
 
 		 1527 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0446  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.13 
 
 		 1527 aa  52  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01455  sensor histidine kinase  30.69 
 
 		 436 aa  52.4  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.51 
 
 		 1383 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  26.67 
 
 		 1092 aa  52.8  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0687  ATP-binding region ATPase domain protein  35.58 
 
 		 813 aa  52.4  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3740  histidine kinase  25.42 
 
 		 616 aa  52.4  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2194  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 		 452 aa  51.6  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.514859 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  33.93 
 
 		 1003 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1030  histidine kinase  23.53 
 
 		 261 aa  51.6  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.975788  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2573  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.94 
 
 		 733 aa  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1579  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  29.86 
 
 		 277 aa  51.6  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000246185  normal  0.151427 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2351  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.83 
 
 		 991 aa  51.6  0.00002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.248597  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.87 
 
 		 962 aa  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0234  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.76 
 
 		 581 aa  51.6  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2989  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.58 
 
 		 585 aa  51.6  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.461641 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1318  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 		 680 aa  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2789  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  36.19 
 
 		 536 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26810  putative two-component sensor  35.29 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2898  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  33.33 
 
 		 553 aa  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0620  sensor histidine kinase  29.84 
 
 		 536 aa  50.8  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2314  histidine kinase  25.76 
 
 		 487 aa  51.2  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.421015  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2025  two component sensor histidine kinase  24.03 
 
 		 613 aa  51.2  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.199641  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04306  histidine kinase-response regulator hybrid protein  27.15 
 
 		 500 aa  51.2  0.00003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.717782  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6003  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.63 
 
 		 571 aa  51.2  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.151303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2565  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.9 
 
 		 367 aa  51.2  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0470  sensor histidine kinase  29.84 
 
 		 536 aa  50.8  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.974367  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2634  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.74 
 
 		 451 aa  50.4  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0932991  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>