70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3277 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3277  lysM domain-containing protein  100 
 
 		 235 aa  468  1.0000000000000001e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.914808  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3226  peptidoglycan-binding LysM  52.53 
 
 		 230 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.201779 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0367  peptidoglycan-binding LysM  36.21 
 
 		 200 aa  149  3e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.379322  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0695  Peptidoglycan-binding LysM  37.18 
 
 		 200 aa  135  4e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0218579  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0706  Peptidoglycan-binding LysM  35.04 
 
 		 204 aa  123  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0775900000000002e-24 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0582  Peptidoglycan-binding LysM  36.28 
 
 		 193 aa  122  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.628153  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  38.98 
 
 		 651 aa  52.4  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0553  peptidoglycan-binding LysM  41.82 
 
 		 428 aa  52  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2479  lysM domain-containing protein  45.65 
 
 		 520 aa  50.1  0.00003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 		 219 aa  49.7  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0441  LysM domain-containing protein  37.74 
 
 		 404 aa  48.9  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21565  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0448  LysM domain-containing protein  37.74 
 
 		 404 aa  48.9  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  31.43 
 
 		 1051 aa  48.5  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  38.38 
 
 		 435 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0972  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 		 546 aa  47.4  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0721  peptidoglycan-binding LysM  44 
 
 		 572 aa  47  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2497  Curculin domain protein (mannose-binding) lectin  40.82 
 
 		 190 aa  47.8  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2004  LysM domain/BON superfamily protein  46 
 
 		 161 aa  46.6  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  30.23 
 
 		 389 aa  46.6  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  32.26 
 
 		 359 aa  46.2  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 		 440 aa  46.2  0.0004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  44.23 
 
 		 439 aa  46.6  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  32.99 
 
 		 161 aa  45.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1474  hypothetical protein  39.22 
 
 		 663 aa  46.2  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.234073  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  33.7 
 
 		 340 aa  46.2  0.0005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000027016  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  31.46 
 
 		 271 aa  46.2  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  32.99 
 
 		 161 aa  46.2  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2189  lysM domain-containing protein  43.48 
 
 		 520 aa  45.8  0.0006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.14 
 
 		 393 aa  45.8  0.0006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1910  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 		 382 aa  45.4  0.0007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  38.33 
 
 		 440 aa  45.4  0.0008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  38.33 
 
 		 440 aa  45.4  0.0008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  40 
 
 		 405 aa  44.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3586  peptidoglycan-binding LysM  38.89 
 
 		 352 aa  44.7  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0589826  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1169  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 554 aa  45.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000824633  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  40.38 
 
 		 451 aa  45.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  36.14 
 
 		 364 aa  43.9  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  43.18 
 
 		 338 aa  43.5  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  28.71 
 
 		 343 aa  43.5  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  37.33 
 
 		 335 aa  43.5  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1338  protein serine/threonine phosphatase  38.71 
 
 		 474 aa  43.5  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000169814  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  35.16 
 
 		 166 aa  43.5  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  37.7 
 
 		 353 aa  43.1  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2795  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  45.83 
 
 		 233 aa  42.7  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.683971  normal  0.0904413 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  31.25 
 
 		 350 aa  42.7  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1766  hypothetical protein  40.82 
 
 		 531 aa  43.1  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.905557  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  27.68 
 
 		 390 aa  42.7  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  30.3 
 
 		 383 aa  42.7  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2954  peptidoglycan-binding LysM  37.74 
 
 		 312 aa  42.7  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0050  Peptidoglycan-binding LysM  35.71 
 
 		 507 aa  42.4  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  34.69 
 
 		 143 aa  42.4  0.007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  34.94 
 
 		 364 aa  42  0.007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  45.65 
 
 		 391 aa  42.4  0.007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  27.68 
 
 		 364 aa  42.4  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1912  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 		 287 aa  42.4  0.007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10980  peptidase M23B  38.46 
 
 		 274 aa  42  0.007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000310987  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  34.55 
 
 		 349 aa  42  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  34.55 
 
 		 349 aa  42  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2281  LysM domain-containing protein  42.22 
 
 		 357 aa  42  0.007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0169093  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  27.68 
 
 		 395 aa  42.4  0.007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0496  peptidoglycan-binding LysM  39.29 
 
 		 337 aa  42  0.008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0756826 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  43.48 
 
 		 384 aa  42  0.008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  33.33 
 
 		 387 aa  42  0.008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  43.48 
 
 		 384 aa  42  0.008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4742  peptidoglycan-binding LysM  31.82 
 
 		 511 aa  42  0.009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1930  peptidoglycan-binding LysM  34.85 
 
 		 503 aa  42  0.009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  45.65 
 
 		 301 aa  42  0.009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  42.55 
 
 		 163 aa  42  0.009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  35.71 
 
 		 555 aa  41.6  0.01  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  31.82 
 
 		 511 aa  41.6  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.263437 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>