25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0695 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0695  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 200 aa  410  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0218579  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0706  Peptidoglycan-binding LysM  89.71 
 
 		 204 aa  352  1e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0775900000000002e-24 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0367  peptidoglycan-binding LysM  43.15 
 
 		 200 aa  142  3e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.379322  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3277  lysM domain-containing protein  37.18 
 
 		 235 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.914808  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3226  peptidoglycan-binding LysM  36.36 
 
 		 230 aa  122  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.201779 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0582  Peptidoglycan-binding LysM  34.03 
 
 		 193 aa  103  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.628153  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2267  LysM domain/BON superfamily protein  47.92 
 
 		 161 aa  45.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0461572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1944  LysM domain/BON superfamily protein  47.92 
 
 		 161 aa  45.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.123188  normal  0.0308749 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  38.2 
 
 		 349 aa  45.1  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  38.2 
 
 		 349 aa  45.1  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  43.64 
 
 		 391 aa  44.7  0.0009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1338  protein serine/threonine phosphatase  32.84 
 
 		 474 aa  43.5  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000169814  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  32.61 
 
 		 331 aa  43.9  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2479  lysM domain-containing protein  36.54 
 
 		 520 aa  43.1  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0441  LysM domain-containing protein  34.02 
 
 		 404 aa  42.7  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.21565  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0453  LysM domain/BON superfamily protein  43.75 
 
 		 158 aa  42.4  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  44.68 
 
 		 163 aa  42.4  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  25 
 
 		 356 aa  42.4  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0721  peptidoglycan-binding LysM  37.68 
 
 		 572 aa  42  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.467953 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  43.75 
 
 		 219 aa  42  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2044  LysM domain/BON superfamily protein  34.92 
 
 		 143 aa  42  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0448  LysM domain-containing protein  35.59 
 
 		 404 aa  41.6  0.008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  32.63 
 
 		 353 aa  41.6  0.009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  38.89 
 
 		 405 aa  41.2  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  44.9 
 
 		 387 aa  41.2  0.009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184346 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>