More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5673 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_5673  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
332 aa  652    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0846  tRNA/rRNA methyltransferase  63.84 
 
 
316 aa  338  9.999999999999999e-92  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2325  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.52 
 
 
269 aa  280  2e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3008  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.8 
 
 
321 aa  271  8.000000000000001e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1160  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.58 
 
 
304 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.542606  normal  0.44269 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3233  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.16 
 
 
307 aa  268  1e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2601  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.83 
 
 
267 aa  257  2e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.220558  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1263  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.86 
 
 
273 aa  250  2e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.143361  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0570  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.15 
 
 
272 aa  248  7e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.666959  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1877  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.1 
 
 
269 aa  248  1e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232601 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2126  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.18 
 
 
269 aa  248  1e-64  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0768131  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2264  putative rRNA methylase  49.49 
 
 
268 aa  242  7e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13580  rRNA methylase  52.14 
 
 
269 aa  240  2e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2308  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.79 
 
 
267 aa  238  6.999999999999999e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  49.65 
 
 
276 aa  236  4e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111419  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21660  rRNA methylase  45.27 
 
 
271 aa  231  1e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2046  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.41 
 
 
279 aa  227  2e-58  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2671  tRNA/rRNA methyltransferase SpoU  46.36 
 
 
275 aa  223  3e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.535925  normal  0.278749 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15820  rRNA methylase  45.33 
 
 
275 aa  219  6e-56  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.582235  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0599  rRNA methylase  42.63 
 
 
292 aa  218  1e-55  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.441965  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01360  rRNA methylase  44.48 
 
 
284 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.591406  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1614  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.16 
 
 
272 aa  213  2.9999999999999995e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.329704  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7648  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.28 
 
 
292 aa  208  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4467  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.64 
 
 
270 aa  208  1e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4554  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.64 
 
 
270 aa  208  1e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.235775 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4850  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.3 
 
 
270 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.495408  normal  0.0422374 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05470  rRNA methylase  41.69 
 
 
286 aa  204  1e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1180  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.66 
 
 
282 aa  200  3e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.452059  decreased coverage  0.000681553 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0211  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.09 
 
 
283 aa  195  9e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.869677 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5036  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.61 
 
 
275 aa  193  3e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.128777 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1715  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.27 
 
 
268 aa  188  1e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.41968  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11630  rRNA methylase  44.37 
 
 
280 aa  187  2e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33920  rRNA methylase  40.07 
 
 
267 aa  184  2.0000000000000003e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4007  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.74 
 
 
275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.169703  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.81 
 
 
279 aa  184  2.0000000000000003e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04950  rRNA methylase  40.2 
 
 
303 aa  179  4e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10898  rRNA methyltransferase  40.56 
 
 
288 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0835  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.66 
 
 
266 aa  174  1.9999999999999998e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.385059  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.57 
 
 
290 aa  167  2e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.604815  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0496  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.93 
 
 
283 aa  164  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.172332  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1254  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.71 
 
 
284 aa  160  3e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3553  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.54 
 
 
268 aa  159  6e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4718  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.86 
 
 
268 aa  157  2e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0826  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.05 
 
 
269 aa  157  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0843  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.4 
 
 
280 aa  156  4e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.105002 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1178  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.45 
 
 
268 aa  149  8e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2208  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.49 
 
 
266 aa  146  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5195  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.91 
 
 
269 aa  140  3e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0548087 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5969  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.46 
 
 
272 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223084  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3534  RNA methylase  35.67 
 
 
279 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.103093  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1590  RNA methyltransferase  33.56 
 
 
276 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00137189  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3443  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.71 
 
 
269 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.146237  normal  0.0184697 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3752  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.67 
 
 
269 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0797241  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2611  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.41 
 
 
275 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.523755  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3641  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.25 
 
 
269 aa  124  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0439997 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.39 
 
 
291 aa  123  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.666902  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0892  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  34.39 
 
 
316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1579  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.9 
 
 
275 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0875411  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3084  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.33 
 
 
274 aa  116  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.144012 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1533  RNA methyltransferase  40.11 
 
 
226 aa  115  6.9999999999999995e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3341  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.78 
 
 
274 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0749589 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1015  RNA methyltransferase  30.17 
 
 
271 aa  108  1e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.219963  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49451  predicted protein  29.28 
 
 
389 aa  104  2e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3360  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.12 
 
 
285 aa  92.8  8e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0221  RNA methyltransferase  32.93 
 
 
226 aa  88.2  2e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01710  rRNA methylase  42.25 
 
 
271 aa  84.3  0.000000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.43805 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4676  RNA methyltransferase, TrmH family  24.92 
 
 
265 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.90567e-34 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1087  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  32.53 
 
 
266 aa  82  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000000199948  normal  0.0146207 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1207  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.3 
 
 
270 aa  82.4  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0784669  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0566  RNA methyltransferase, TrmH family  24.58 
 
 
265 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000331759  hitchhiker  0.0000000100751 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1093  23S rRNA methyltransferase  29.79 
 
 
264 aa  80.5  0.00000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000062165  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4673  RNA methyltransferase, TrmH family  25.25 
 
 
265 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000176675  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4688  RNA methyltransferase, TrmH family  25.09 
 
 
254 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000539995  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2462  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.28 
 
 
237 aa  79.7  0.00000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2993  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.97 
 
 
248 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.246575  normal  0.0568105 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0417  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.56 
 
 
264 aa  77.8  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253805  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4457  RNA methyltransferase  24.05 
 
 
254 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0314134  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4305  23S rRNA methyltransferase  25.09 
 
 
254 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0650881  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4805  RNA methyltransferase  24.05 
 
 
254 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00212295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4295  23S rRNA methyltransferase  24.4 
 
 
254 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2230  RNA methyltransferase  35.02 
 
 
245 aa  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0204347 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3173  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  30.46 
 
 
261 aa  77.4  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0121288  normal  0.209756 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11661  23S rRNA methyltransferase tsnR  38.69 
 
 
260 aa  77  0.0000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0856  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.49 
 
 
296 aa  77  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1374  RNA methyltransferase  24.07 
 
 
274 aa  77  0.0000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3539  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.94 
 
 
252 aa  76.3  0.0000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0474859  normal  0.153655 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5040  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.33 
 
 
260 aa  76.6  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4393  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  23.71 
 
 
254 aa  76.3  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000250925  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4688  RNA methyltransferase  24.05 
 
 
254 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000546426  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0808  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  27.49 
 
 
251 aa  75.1  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2650  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  24.4 
 
 
254 aa  75.5  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00276989  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2978  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.76 
 
 
248 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.27358  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3022  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  35.76 
 
 
248 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.87649 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0296  SpoU rRNA methylase family protein  31.94 
 
 
265 aa  73.2  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00172027 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1222  RNA methyltransferase  22.76 
 
 
267 aa  73.2  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0117794  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_87970  predicted protein  32.53 
 
 
306 aa  73.2  0.000000000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0000586786  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0769  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  29.97 
 
 
267 aa  72.8  0.000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1199  tRNA/rRNA methyltransferase  29.56 
 
 
234 aa  72.8  0.000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.354486  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0683  spoU rRNA methylase family protein  25.09 
 
 
265 aa  72.4  0.00000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.827085  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1436  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  33.57 
 
 
260 aa  72  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0303105  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>