More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3474 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3474  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  100 
 
 
348 aa  691    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  50.29 
 
 
357 aa  310  2e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.141061  normal  0.72438 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6130  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.14 
 
 
352 aa  285  5.999999999999999e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3729  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.29 
 
 
354 aa  266  5.999999999999999e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7081  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.08 
 
 
348 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2052  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.8 
 
 
354 aa  251  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.493793  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5943  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.2 
 
 
348 aa  245  8e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0234266 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4210  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.93 
 
 
351 aa  229  5e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0647  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.31 
 
 
354 aa  224  1e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.446829  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2685  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  49.8 
 
 
353 aa  223  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.1751 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.87 
 
 
453 aa  173  2.9999999999999996e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3496  fumarate lyase  37.69 
 
 
433 aa  172  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0886994  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  37.1 
 
 
463 aa  166  5.9999999999999996e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  32.1 
 
 
453 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  30.57 
 
 
473 aa  154  2.9999999999999998e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.57 
 
 
454 aa  152  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.33 
 
 
450 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.33 
 
 
450 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  38.1 
 
 
452 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3324  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.99 
 
 
402 aa  146  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  30.97 
 
 
453 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  30.59 
 
 
450 aa  145  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34 
 
 
450 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  31.78 
 
 
455 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  31.01 
 
 
438 aa  142  6e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  30.55 
 
 
456 aa  142  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  29.19 
 
 
446 aa  141  9.999999999999999e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.51 
 
 
451 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  33.52 
 
 
450 aa  140  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  30.93 
 
 
457 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  31.16 
 
 
458 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  30.06 
 
 
476 aa  136  6.0000000000000005e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.61 
 
 
450 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  30.48 
 
 
450 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  32.95 
 
 
450 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.65 
 
 
457 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  29.97 
 
 
449 aa  132  9e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  35.54 
 
 
459 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.23 
 
 
459 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  29.97 
 
 
460 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1855  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  30.28 
 
 
419 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  0.137347 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  29.43 
 
 
449 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  31.29 
 
 
404 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.919998 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  32.76 
 
 
450 aa  130  5.0000000000000004e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.73 
 
 
476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  30.59 
 
 
462 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  29.38 
 
 
450 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3852  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.78 
 
 
384 aa  127  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0767232  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.66 
 
 
457 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  32.94 
 
 
451 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.44 
 
 
452 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.97 
 
 
459 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.34 
 
 
459 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  35.71 
 
 
451 aa  124  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  27.09 
 
 
448 aa  123  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1662  fumarate lyase  33.23 
 
 
438 aa  123  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.26 
 
 
460 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  33.04 
 
 
451 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.92 
 
 
452 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  32.94 
 
 
406 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  31.06 
 
 
483 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.23 
 
 
453 aa  119  7e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  31.73 
 
 
456 aa  119  7.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.25 
 
 
452 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  31.29 
 
 
452 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  31.71 
 
 
490 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.25 
 
 
452 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.25 
 
 
452 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.25 
 
 
452 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.25 
 
 
452 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  27.91 
 
 
445 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  31.7 
 
 
471 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.25 
 
 
452 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  34.25 
 
 
452 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  29.65 
 
 
454 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  29.2 
 
 
454 aa  116  5e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  29.36 
 
 
454 aa  116  6e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  33.93 
 
 
453 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  29.36 
 
 
477 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  32.88 
 
 
452 aa  112  7.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  28.36 
 
 
477 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  24.42 
 
 
451 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  28.65 
 
 
454 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  33.87 
 
 
465 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  31.22 
 
 
452 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  29.57 
 
 
483 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  33.03 
 
 
453 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0759  adenylosuccinate lyase  27.13 
 
 
451 aa  109  9.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5067  fumarate lyase  30.71 
 
 
446 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.185188  normal  0.273207 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  26.35 
 
 
454 aa  104  2e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2464  adenylosuccinate lyase  28.02 
 
 
438 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.495777  hitchhiker  0.00480262 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_744  adenylosuccinate lyase  26.9 
 
 
451 aa  103  3e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0136  adenylosuccinate lyase  26.84 
 
 
431 aa  103  3e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000687142  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0840  adenylosuccinate lyase  26.27 
 
 
451 aa  103  5e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  27.78 
 
 
454 aa  103  6e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  27.21 
 
 
455 aa  102  8e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2324  fumarate lyase  33.76 
 
 
500 aa  102  9e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.387168  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  27.21 
 
 
455 aa  100  3e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3102  adenylosuccinate lyase  28.03 
 
 
436 aa  100  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.611529  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1887  adenylosuccinate lyase  29.47 
 
 
431 aa  100  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>