56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2850 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_3010  AAA ATPase  76.79 
 
 		 563 aa  761    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0959  ATPase  75.64 
 
 		 566 aa  759    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.975549  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2619  AAA ATPase  75.44 
 
 		 566 aa  758    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0847  ATPase  72.78 
 
 		 515 aa  725    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3625  AAA ATPase  73.19 
 
 		 511 aa  736    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2850  putative ATPase  100 
 
 		 511 aa  1015    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.935903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3101  ATPase  75.2 
 
 		 517 aa  737    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.422259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  28.22 
 
 		 376 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  28.73 
 
 		 375 aa  97.1  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  28.28 
 
 		 375 aa  95.5  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  28.51 
 
 		 373 aa  94.7  3e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  27.83 
 
 		 375 aa  94  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  27.73 
 
 		 363 aa  94.4  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  27.9 
 
 		 375 aa  92.8  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  28.28 
 
 		 373 aa  92.4  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  28.28 
 
 		 373 aa  92  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  29.71 
 
 		 372 aa  91.7  3e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  28.12 
 
 		 367 aa  90.5  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  27.2 
 
 		 369 aa  90.1  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  27.58 
 
 		 369 aa  89.4  1e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  28.22 
 
 		 373 aa  87.8  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  28.22 
 
 		 373 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  28.22 
 
 		 368 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  28 
 
 		 372 aa  87  7e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  28.41 
 
 		 373 aa  87  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  27.84 
 
 		 372 aa  85.9  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  27.34 
 
 		 365 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  28.15 
 
 		 365 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  27.52 
 
 		 365 aa  84  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  27.64 
 
 		 365 aa  84  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  25.78 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  25.44 
 
 		 369 aa  83.2  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  26.34 
 
 		 397 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  25.94 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  26.21 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  26.36 
 
 		 369 aa  79.3  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  25.85 
 
 		 363 aa  77  0.0000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0455  RecD/TraA family helicase  22.43 
 
 		 731 aa  63.5  0.000000009  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.232252  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  29.7 
 
 		 659 aa  60.8  0.00000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  26.31 
 
 		 678 aa  57.4  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  29.35 
 
 		 776 aa  52.8  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  27.99 
 
 		 744 aa  51.6  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  28 
 
 		 754 aa  48.5  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  23.15 
 
 		 792 aa  48.5  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5834  DNA helicase, putative  21.99 
 
 		 462 aa  47.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  34.62 
 
 		 825 aa  46.6  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  24.59 
 
 		 982 aa  46.6  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  25.4 
 
 		 1098 aa  46.2  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  23.51 
 
 		 907 aa  46.2  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  41.38 
 
 		 653 aa  45.4  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2646  exodeoxyribonuclease V  46.67 
 
 		 816 aa  45.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.215439  normal  0.0562763 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  37 
 
 		 726 aa  44.7  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  23.55 
 
 		 1006 aa  44.7  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  24.36 
 
 		 976 aa  43.9  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  24.36 
 
 		 976 aa  43.9  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  22.84 
 
 		 1107 aa  43.5  0.01  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>