217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0550 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0550  transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  654    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6263  transcriptional regulator, DeoR family  38.69 
 
 		 334 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390293 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0643  DeoR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 330 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4003  transcriptional regulator, DeoR family  38.61 
 
 		 319 aa  216  5e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296305  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2858  DeoR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 310 aa  215  9e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.427449 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3585  hypothetical protein  37.74 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0184789  normal  0.871841 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1366  DeoR family transcriptional regulator  37.13 
 
 		 322 aa  176  5e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0812  transcriptional regulator, DeoR family  35.35 
 
 		 320 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.336139 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0255  DeoR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 320 aa  166  5e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.991369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0407  transcriptional regulator, putative  34.19 
 
 		 321 aa  165  8e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2232  DeoR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3438  transcriptional regulator, DeoR family  32.14 
 
 		 325 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3849  transcriptional regulator  32.03 
 
 		 325 aa  152  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3737  transcriptional regulator, DeoR family  32.17 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3043  DeoR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 325 aa  143  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2010  DeoR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 342 aa  139  8.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.389501 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5326  transcriptional regulator, DeoR family  30.99 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.625003 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0050  sorbitol operon transcriptional regulator  30.77 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00407862  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4114  DeoR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 339 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2165  DeoR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 345 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3224  putative transcription regulator  27.44 
 
 		 338 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739516  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3649  DeoR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 331 aa  129  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0686  transcriptional regulator, DeoR family  28.71 
 
 		 317 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000719741  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3519  Crp/Fnr family sugar-binding transcriptional regulatory  32.48 
 
 		 306 aa  129  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2908  DeoR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 316 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2395  transcriptional regulator, putative  29.15 
 
 		 317 aa  125  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.129773  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2565  DeoR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0867  erythritol transcriptional regulator  29.25 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1713  transcriptional repressor LsrR  29.35 
 
 		 317 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2125  transcriptional repressor LsrR  29.35 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2146  DeoR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1594  transcriptional repressor LsrR  29.35 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2134  transcriptional regulator, DeoR family  29.03 
 
 		 317 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.10334  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1660  transcriptional repressor LsrR  29.35 
 
 		 317 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.853311 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1816  putative sugar-binding protein  30.41 
 
 		 339 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.129993  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1790  PTS system, mannitol-specific IIBC component  30.41 
 
 		 339 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0522  transcriptional regulator  29.81 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0814  putative sugar-binding protein  30.41 
 
 		 339 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1105  putative sugar-binding protein  30.41 
 
 		 339 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4404  putative sugar-binding domain-containing protein  29.81 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.25988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2078  putative sugar-binding protein  30.41 
 
 		 339 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2773  DeoR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0783216  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4401  putative sugar-binding domain protein  29.81 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4471  hypothetical protein  29.81 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4289  putative sugar-binding domain protein  29.81 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0453  DNA-binding protein  30.41 
 
 		 339 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0358  putative transcriptional regulator  30.41 
 
 		 339 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.217611  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4319  putative sugar-binding domain protein  29.81 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2702  DeoR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 341 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2262  putative transcriptional regulator  26.65 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2252  transcriptional regulator, DeoR family  28.94 
 
 		 316 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.345657  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2976  putative transcriptional regulator  26.02 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000216017 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3016  transcriptional regulator, putative  26.02 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.241411  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4578  DeoR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.684282  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3018  deoxyribonucleoside regulator  26.02 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2312  sugar-binding domain-containing protein  29.17 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2414  DeoR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 333 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.415693  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4121  DeoR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3776  DeoR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2030  transcriptional regulator, DeoR family  28.85 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0753  transcriptional regulator, DeoR family  29.45 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.245916  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3378  DeoR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2697  deoxyribonucleoside regulator  25.71 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0989  transcriptional regulator, DeoR family  29.63 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3245  sugar-binding domain-containing protein  25.96 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0904  sugar-binding domain-containing protein  25.96 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2767  transcriptional regulator  26.02 
 
 		 362 aa  113  5e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.872952  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2980  putative transcriptional regulator  25.94 
 
 		 310 aa  113  5e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2979  transcriptional regulator  26.02 
 
 		 313 aa  113  5e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0115  DeoR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 310 aa  113  5e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156303  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2717  deoxyribonucleoside regulator  25.71 
 
 		 310 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2685  DeoR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 317 aa  112  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1034  transcriptional regulator, DeoR family  25.48 
 
 		 315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000316866  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0632  DeoR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 318 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.289497  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0090  operon regulator SmoC  28.29 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0568695  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1190  DeoR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1160  citrate lyase regulator, putative  26.84 
 
 		 321 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0152534  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3537  DeoR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.165471 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2217  sugar-binding domain-containing protein  27.81 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0880863 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1990  transcriptional regulator, DeoR family  28.53 
 
 		 319 aa  109  6e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.356638  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1923  DeoR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1813  sugar-binding domain-containing protein  27.81 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1726  DeoR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 317 aa  109  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3753  transcriptional regulator, DeoR family  29.47 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.188827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1720  DeoR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 331 aa  108  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.925466  normal  0.0186791 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2573  putative sugar-binding region  29.32 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4103  transcriptional regulator, DeoR family  25.71 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000227341  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4071  Glycerone kinase  24.77 
 
 		 694 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3131  DeoR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0914  transcriptional regulator  28.85 
 
 		 317 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.881912 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1071  transcriptional regulator, DeoR family  25.71 
 
 		 308 aa  106  4e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0743327  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2156  transcriptional regulator, DeoR family  27.04 
 
 		 320 aa  106  6e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2506  DeoR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 345 aa  105  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.140537  normal  0.33164 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2635  DeoR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 340 aa  105  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1339  DeoR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 363 aa  105  9e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0710  DeoR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0415966  normal  0.409033 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1702  deoxyribonucleoside regulator  27.53 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000147991  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4174  DeoR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1731  deoxyribonucleoside regulator  27.53 
 
 		 315 aa  104  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000228989  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0455  HTH-type transcriptional regulator  28.66 
 
 		 326 aa  104  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>