205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4121 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4121  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 319 aa  655    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1900  transcriptional regulator, DeoR family protein  60.06 
 
 		 320 aa  397  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.481716  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02313  putative transcriptional regulator  56.01 
 
 		 318 aa  367  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00764074  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3776  DeoR family transcriptional regulator  54.4 
 
 		 313 aa  353  2.9999999999999997e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3753  transcriptional regulator, DeoR family  53.48 
 
 		 317 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.188827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3563  hypothetical protein  50.65 
 
 		 317 aa  322  8e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0090  operon regulator SmoC  47.95 
 
 		 317 aa  317  1e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0568695  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1726  DeoR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 317 aa  317  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3451  transcriptional regulator, DeoR family  53.36 
 
 		 316 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.974564 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1680  DeoR family transcriptional regulator  47 
 
 		 317 aa  315  7e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.388051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2359  DeoR family transcriptional regulator  50 
 
 		 317 aa  313  2.9999999999999996e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.711472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0914  transcriptional regulator  46.15 
 
 		 317 aa  308  5e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.881912 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4174  DeoR family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 310 aa  281  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0728  putative transcriptional regulator  42.67 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1720  DeoR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 331 aa  255  8e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.925466  normal  0.0186791 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0632  DeoR family transcriptional regulator  42.48 
 
 		 318 aa  253  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.289497  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1045  putative transcriptional regulator  42.31 
 
 		 315 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0641  putative transcriptional regulator  42.31 
 
 		 315 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.4152  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2476  putative transcriptional regulator  42.31 
 
 		 315 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.528896  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0883  putative transcriptional regulator  42.31 
 
 		 315 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.300696  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0886  putative transcriptional regulator  42.31 
 
 		 315 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.223938  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0089  putative transcriptional regulator  42.31 
 
 		 315 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.156043  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0342  transcriptional regulator, putative  41.99 
 
 		 315 aa  252  6e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0701  transcriptional regulator, putative  42.63 
 
 		 339 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0710  DeoR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 335 aa  251  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0415966  normal  0.409033 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0496  DeoR family transcriptional regulator  41.29 
 
 		 322 aa  251  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.858474  hitchhiker  0.000586642 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2217  sugar-binding domain-containing protein  41.48 
 
 		 318 aa  249  3e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0880863 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1923  DeoR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 318 aa  249  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1813  sugar-binding domain-containing protein  41.48 
 
 		 318 aa  249  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.869679  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3240  transcriptional regulator, DeoR family  42.81 
 
 		 333 aa  248  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2635  DeoR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 340 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2506  DeoR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 345 aa  243  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.140537  normal  0.33164 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5918  DeoR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 337 aa  240  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1977  DeoR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 337 aa  238  9e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2587  DeoR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 337 aa  238  9e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1515  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2611  DeoR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 337 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.682873  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2127  putative transcriptional regulator (repressor) transcription regulator protein  39.23 
 
 		 315 aa  236  3e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5326  transcriptional regulator, DeoR family  35.76 
 
 		 311 aa  205  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.625003 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2165  DeoR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 345 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2908  DeoR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 316 aa  184  3e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0867  erythritol transcriptional regulator  33 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3224  putative transcription regulator  33.22 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.739516  normal  0.721299 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2010  DeoR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 342 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.389501 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2565  DeoR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 336 aa  156  3e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3043  DeoR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 325 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0532  transcriptional regulator  29.17 
 
 		 324 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3438  transcriptional regulator, DeoR family  29.18 
 
 		 325 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3737  transcriptional regulator, DeoR family  27.66 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2232  DeoR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3849  transcriptional regulator  28.31 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1126  DeoR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1661  DeoR family transcriptional regulator  30 
 
 		 345 aa  123  4e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4114  DeoR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 339 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3505  DeoR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 312 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4003  transcriptional regulator, DeoR family  25.25 
 
 		 319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.296305  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3150  DeoR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 312 aa  119  6e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0358  DeoR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 326 aa  118  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1990  transcriptional regulator, DeoR family  27.54 
 
 		 319 aa  116  6e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.356638  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2980  putative transcriptional regulator  25.77 
 
 		 310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2858  DeoR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.427449 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1366  DeoR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3016  transcriptional regulator, putative  24.85 
 
 		 310 aa  112  6e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.241411  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2050  transcriptional regulator, DeoR family  27.16 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0643  DeoR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 330 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3767  transcriptional regulator, DeoR family  25.42 
 
 		 321 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2979  transcriptional regulator  24.85 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0550  transcriptional regulator  28.05 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4059  DeoR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.810419  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2697  deoxyribonucleoside regulator  24.85 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2976  putative transcriptional regulator  24.85 
 
 		 310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000216017 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2767  transcriptional regulator  24.85 
 
 		 362 aa  109  5e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.872952  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2262  putative transcriptional regulator  24.77 
 
 		 316 aa  110  5e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0901188 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4738  DeoR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 339 aa  109  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4358  DeoR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 339 aa  108  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.948158  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4444  DeoR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 339 aa  108  9.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0599387 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2717  deoxyribonucleoside regulator  24.85 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3018  deoxyribonucleoside regulator  24.85 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3705  transcriptional regulator, DeoR family  26.67 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0812  transcriptional regulator, DeoR family  28.05 
 
 		 320 aa  107  4e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.336139 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6263  transcriptional regulator, DeoR family  26.09 
 
 		 334 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390293 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1403  Glycerone kinase  28.05 
 
 		 700 aa  106  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.411748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29950  transcriptional regulator with sigma factor-related N-terminal domain  26.56 
 
 		 319 aa  106  6e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4071  Glycerone kinase  28.71 
 
 		 694 aa  105  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1570  dihydroxyacetone kinase family protein  28.34 
 
 		 694 aa  105  9e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0904773  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1190  DeoR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 326 aa  104  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4404  putative sugar-binding domain-containing protein  25.08 
 
 		 319 aa  103  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.25988  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0255  DeoR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 320 aa  103  5e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.991369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4319  putative sugar-binding domain protein  24.76 
 
 		 319 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4289  putative sugar-binding domain protein  24.76 
 
 		 319 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.103227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4471  hypothetical protein  24.76 
 
 		 319 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4401  putative sugar-binding domain protein  24.76 
 
 		 319 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3131  DeoR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 316 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1816  putative sugar-binding protein  26.97 
 
 		 339 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.129993  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1790  PTS system, mannitol-specific IIBC component  26.97 
 
 		 339 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0814  putative sugar-binding protein  26.97 
 
 		 339 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2041  DeoR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 333 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.753414 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1105  putative sugar-binding protein  26.97 
 
 		 339 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0358  putative transcriptional regulator  27.54 
 
 		 339 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.217611  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2078  putative sugar-binding protein  26.97 
 
 		 339 aa  101  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2773  DeoR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0783216  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>