More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1490 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0138  peptide chain release factor 3  62.29 
 
 		 526 aa  663    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1990  peptide chain release factor 3  60.27 
 
 		 526 aa  661    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.919735  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1662  peptide chain release factor 3  59.32 
 
 		 533 aa  639    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.828617  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0935  peptide chain release factor 3  58.02 
 
 		 526 aa  642    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0905  peptide chain release factor 3  57.44 
 
 		 526 aa  637    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1821  peptide chain release factor 3  59.08 
 
 		 536 aa  640    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2730  peptide chain release factor 3  59.05 
 
 		 524 aa  654    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.426753  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0414  peptide chain release factor 3  62.4 
 
 		 531 aa  696    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2146  peptide chain release factor 3  60.23 
 
 		 531 aa  655    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2019  peptide chain release factor 3  59.77 
 
 		 542 aa  663    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3872  peptide chain release factor 3  58.95 
 
 		 531 aa  635    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0583  peptide chain release factor 3  64.11 
 
 		 528 aa  706    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.704110000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3935  peptide chain release factor 3  62.88 
 
 		 526 aa  675    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.582283  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0192  peptide chain release factor 3  62.48 
 
 		 527 aa  667    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000119387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3649  peptide chain release factor 3  63.57 
 
 		 528 aa  697    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0970  peptide chain release factor 3  59.01 
 
 		 524 aa  647    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00550606  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4412  peptide chain release factor 3  63.05 
 
 		 527 aa  661    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000888652  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0266  peptide chain release factor 3  62.62 
 
 		 529 aa  681    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.580519  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3761  peptide chain release factor 3  58.95 
 
 		 531 aa  635    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.106529 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01678  peptide chain release factor 3  60.27 
 
 		 534 aa  657    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.790822  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0435  peptide chain release factor 3  63.84 
 
 		 531 aa  719    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0147  peptide chain release factor 3  58.89 
 
 		 534 aa  640    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1490  peptide chain release factor 3  100 
 
 		 535 aa  1103    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000251643  hitchhiker  0.00000000120572 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2819  peptide chain release factor 3  62.48 
 
 		 528 aa  662    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2372  peptide chain release factor 3  61.32 
 
 		 529 aa  660    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4019  peptide chain release factor 3  62.5 
 
 		 526 aa  672    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.5160199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1393  peptide chain release factor 3  58.4 
 
 		 524 aa  644    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.263078  normal  0.346403 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2642  peptide chain release factor 3  64.74 
 
 		 528 aa  696    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.495995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0882  peptide chain release factor 3  62.29 
 
 		 527 aa  670    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3053  peptide chain release factor 3  60.08 
 
 		 534 aa  657    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0130  peptide chain release factor 3  58.7 
 
 		 534 aa  638    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.174893  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0877  peptide chain release factor 3  57.6 
 
 		 525 aa  633  1e-180  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5334  peptide chain release factor 3  58.24 
 
 		 533 aa  631  1e-180  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.490929  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1774  peptide chain release factor 3  57.36 
 
 		 530 aa  634  1e-180  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.119545  normal  0.691586 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1140  peptide chain release factor 3  57.6 
 
 		 525 aa  633  1e-180  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2514  peptide chain release factor 3  58.43 
 
 		 539 aa  628  1e-179  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2144  peptide chain release factor 3  58.43 
 
 		 539 aa  628  1e-179  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.280372  hitchhiker  0.00257154 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1737  peptide chain release factor 3  58.43 
 
 		 524 aa  630  1e-179  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000804887 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1828  peptide chain release factor 3  56.17 
 
 		 544 aa  631  1e-179  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5808  peptide chain release factor 3  57.82 
 
 		 530 aa  626  1e-178  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0384  peptide chain release factor 3  55.73 
 
 		 526 aa  625  1e-178  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2474  peptide chain release factor 3  56.17 
 
 		 526 aa  627  1e-178  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3382  peptide chain release factor 3  56.21 
 
 		 526 aa  622  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00211559  hitchhiker  0.00272137 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0652  peptide chain release factor 3  55.7 
 
 		 529 aa  624  1e-177  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0917468 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0997  peptide chain release factor 3  55.26 
 
 		 526 aa  623  1e-177  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0156098  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3554  peptide chain release factor 3  56.21 
 
 		 526 aa  621  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.93604  decreased coverage  0.000001078 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04250  peptide chain release factor 3  55.73 
 
 		 529 aa  618  1e-176  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.631503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3624  peptide chain release factor 3  55.73 
 
 		 529 aa  618  1e-176  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04216  hypothetical protein  55.73 
 
 		 529 aa  618  1e-176  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.659942  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4968  peptide chain release factor 3  56.11 
 
 		 529 aa  621  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4881  peptide chain release factor 3  56.11 
 
 		 529 aa  621  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.180345  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5887  peptide chain release factor 3  55.73 
 
 		 529 aa  618  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.397514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3053  peptide chain release factor 3  55.83 
 
 		 526 aa  620  1e-176  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00432214  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2519  peptide chain release factor 3  57.69 
 
 		 527 aa  620  1e-176  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4974  peptide chain release factor 3  56.11 
 
 		 529 aa  621  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.219451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4922  peptide chain release factor 3  55.73 
 
 		 529 aa  618  1e-176  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.55632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4916  peptide chain release factor 3  56.11 
 
 		 529 aa  621  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.996004  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0453  peptide chain release factor 3  55.51 
 
 		 529 aa  619  1e-176  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.267512  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3586  peptide chain release factor 3  54.77 
 
 		 529 aa  620  1e-176  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4813  peptide chain release factor 3  56.11 
 
 		 529 aa  621  1e-176  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3504  peptide chain release factor 3  54.39 
 
 		 529 aa  615  1e-175  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4918  peptide chain release factor 3  55.73 
 
 		 529 aa  617  1e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.100391  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3633  peptide chain release factor 3  54.39 
 
 		 529 aa  615  1e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3682  peptide chain release factor 3  55.73 
 
 		 529 aa  617  1e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.297475  hitchhiker  0.00075439 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0534  peptide chain release factor 3  54.77 
 
 		 529 aa  617  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.319663  hitchhiker  0.0098421 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0837  peptide chain release factor 3  54.39 
 
 		 529 aa  615  1e-175  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4971  peptide chain release factor 3  55.73 
 
 		 529 aa  617  1e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00185733  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4609  peptide chain release factor 3  55.73 
 
 		 529 aa  617  1e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00121865  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1033  peptide chain release factor 3  54.68 
 
 		 526 aa  617  1e-175  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00526307  hitchhiker  0.0000000642839 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1098  peptide chain release factor 3  54.68 
 
 		 526 aa  617  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00192369  unclonable  0.0000319314 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03381  peptide chain release factor 3  56.21 
 
 		 529 aa  616  1e-175  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1037  peptide chain release factor 3  54.68 
 
 		 526 aa  617  1e-175  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00294724  unclonable  0.000000000176372 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0015  peptide chain release factor 3  57.74 
 
 		 517 aa  612  9.999999999999999e-175  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3371  peptide chain release factor 3  54.3 
 
 		 523 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0198312  hitchhiker  0.00795059 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1135  peptide chain release factor 3  54.3 
 
 		 526 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000115855  unclonable  0.00000000000672446 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0968  peptide chain release factor 3  57.69 
 
 		 543 aa  613  9.999999999999999e-175  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.977047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0551  peptide chain release factor 3  55.26 
 
 		 529 aa  614  9.999999999999999e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2820  peptide chain release factor 3  55.07 
 
 		 526 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0200081  hitchhiker  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2827  peptide chain release factor 3  54.3 
 
 		 526 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000333993  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3235  peptide chain release factor 3  54.11 
 
 		 523 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.458258  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3232  peptide chain release factor 3  54.3 
 
 		 526 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0110977  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3466  peptide chain release factor 3  54.39 
 
 		 529 aa  608  1e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0190  peptide chain release factor 3  55.64 
 
 		 531 aa  611  1e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2330  peptide chain release factor 3  56.3 
 
 		 535 aa  609  1e-173  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0806  peptide chain release factor 3  54.25 
 
 		 528 aa  611  1e-173  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0794725  hitchhiker  0.00323143 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1111  peptide chain release factor 3  53.71 
 
 		 526 aa  607  9.999999999999999e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0147  peptide chain release factor 3  56.07 
 
 		 535 aa  606  9.999999999999999e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002625  peptide chain release factor 3  55.45 
 
 		 529 aa  607  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.203993  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2092  peptide chain release factor 3  54.18 
 
 		 528 aa  607  9.999999999999999e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.429177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1011  peptide chain release factor 3  55.14 
 
 		 528 aa  607  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02787  peptide chain release factor 3  54.21 
 
 		 529 aa  603  1.0000000000000001e-171  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1021  peptide chain release factor 3  54.11 
 
 		 527 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000101004  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1358  peptide chain release factor 3  53.82 
 
 		 528 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0968  peptide chain release factor 3  54.72 
 
 		 528 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.463155  decreased coverage  0.000218803 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1678  peptide chain release factor 3  54.05 
 
 		 533 aa  600  1e-170  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0068133  normal  0.55837 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2968  peptide chain release factor 3  54.68 
 
 		 533 aa  596  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.720802 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2046  peptide chain release factor 3  54.17 
 
 		 531 aa  595  1e-169  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.840556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2497  peptide chain release factor 3  54.56 
 
 		 530 aa  592  1e-168  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0613  peptide chain release factor 3  54.01 
 
 		 526 aa  593  1e-168  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3808  peptide chain release factor 3  54.27 
 
 		 538 aa  593  1e-168  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>