More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_0616 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_0616  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  630  1e-180  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0858  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 309 aa  90.1  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000521501  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3603  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.45 
 
 		 312 aa  86.3  7e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.835154 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3436  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.45 
 
 		 312 aa  85.9  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.716587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3433  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.45 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3507  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.45 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2673  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3540  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.45 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0279339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 320 aa  80.5  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 295 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1336  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.916876  normal  0.272272 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1401  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 302 aa  79  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  24.33 
 
 		 301 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  25.33 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2922  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4084  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1795  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 296 aa  76.6  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00491108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 307 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03179  transcription regulator protein  25.25 
 
 		 310 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.379949  normal  0.13271 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  25.37 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3416  DNA-binding transcriptional regulator CynR  21 
 
 		 288 aa  75.9  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.144678  normal  0.641219 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  26.79 
 
 		 297 aa  75.9  0.0000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 293 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0047  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 308 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1477  LysR family transcriptional regulator  22.01 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.876533  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3228  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155209 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0063  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1271  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0459918  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0026  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0036  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565587  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0045  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0044  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0400  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 306 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4520  Transcriptional regulator-like protein  31.08 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.629454 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1831  transcriptional regulator, LysR family  24.41 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  29.07 
 
 		 363 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 323 aa  73.2  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 310 aa  73.2  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1893  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.917792 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08410  transcriptional regulator  22.26 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00913981  normal  0.237754 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  26.38 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6244  transcriptional regulator, LysR family  23.68 
 
 		 296 aa  72.4  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235646  normal  0.352956 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0486  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 298 aa  72.4  0.000000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 326 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 292 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  22.55 
 
 		 301 aa  72  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  24.23 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 317 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 326 aa  72  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 295 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 326 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 326 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 303 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  24.06 
 
 		 328 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 324 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  28.5 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  23.68 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  26.34 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 		 293 aa  70.9  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 317 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 294 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 292 aa  70.5  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  23.36 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  24.87 
 
 		 283 aa  70.9  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 320 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>