More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3122 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
294 aa  581  1.0000000000000001e-165  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.68 
 
 
265 aa  371  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.840186 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.59 
 
 
266 aa  356  2.9999999999999997e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.18 
 
 
312 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282781  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1466  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  57.96 
 
 
300 aa  279  4e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507128  normal  0.124115 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
300 aa  278  6e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.760179  normal  0.495505 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.2 
 
 
298 aa  276  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.731426  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4842  putative ABC transporter inner membrane protein  58.44 
 
 
291 aa  270  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.860771  normal  0.0587965 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.2 
 
 
298 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1541  ABC transporter, permease protein  59.16 
 
 
347 aa  262  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1408  ABC transporter, permease protein  59.16 
 
 
366 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.907459  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0656  ABC transporter, permease protein  59.23 
 
 
362 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0497  ABC transporter, permease protein  59.23 
 
 
362 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1211  ABC transporter, permease protein  59.23 
 
 
362 aa  262  6e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2833  ABC transporter, permease protein  58.78 
 
 
410 aa  261  8e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0920075  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1415  ABC transporter, permease protein  58.85 
 
 
366 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4341  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  58.7 
 
 
298 aa  260  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.801561  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.51 
 
 
265 aa  258  9e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.43 
 
 
300 aa  257  1e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.43 
 
 
300 aa  257  1e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.43 
 
 
300 aa  257  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177447  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.51 
 
 
265 aa  256  3e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.420576  normal  0.120136 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.43 
 
 
298 aa  256  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.33 
 
 
261 aa  255  8e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1793  ABC transporter permease  55.2 
 
 
265 aa  251  1e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.849444  normal  0.0352963 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3075  ABC transporter, permease protein  62.88 
 
 
243 aa  248  8e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4044  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.69 
 
 
261 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0830657  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.43 
 
 
261 aa  247  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104135  normal  0.640499 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0488  ABC transporter, permease protein  61.61 
 
 
264 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4693  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  61.61 
 
 
264 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.18 
 
 
262 aa  242  6e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147455  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.66 
 
 
268 aa  240  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939917  normal  0.176342 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5852  molybdenum ABC transporter permease  53.63 
 
 
261 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.581419  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
253 aa  133  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00110867  normal  0.885774 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.11 
 
 
304 aa  105  6e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.86 
 
 
281 aa  97.8  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.98 
 
 
272 aa  94.4  2e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.210545  normal  0.706839 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.7 
 
 
259 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
262 aa  92.8  6e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
261 aa  92  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.591991 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.78 
 
 
262 aa  90.9  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  30 
 
 
264 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30 
 
 
264 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
262 aa  89.7  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.02 
 
 
272 aa  89.4  7e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.28 
 
 
264 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  33.18 
 
 
260 aa  87.8  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.2 
 
 
262 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29435 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3161  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
259 aa  87  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  24.69 
 
 
260 aa  86.7  4e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.84 
 
 
254 aa  86.3  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.943674  normal  0.650517 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.08 
 
 
268 aa  85.9  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  30 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  29.92 
 
 
281 aa  85.5  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.67 
 
 
261 aa  84.3  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.04 
 
 
263 aa  84  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.48 
 
 
268 aa  82.8  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.52 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.87 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  29.13 
 
 
264 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.03 
 
 
264 aa  82  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.83 
 
 
271 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.87 
 
 
264 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6034  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.14 
 
 
259 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.958438 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 
265 aa  81.6  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.102499  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0820  ABC transporter, permease protein  28.33 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1822  putative ABC transporter, permease protein  28.33 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131569  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.13 
 
 
268 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2084  ABC transporter, permease protein  28.33 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.217938  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1111  ABC transporter, permease protein  28.33 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.82 
 
 
264 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.54 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.54 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.54 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.54 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.54 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1784  putative ABC transport system, membrane protein  28.33 
 
 
282 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.54 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0352  ABC transporter, permease protein  28.33 
 
 
282 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.734925  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  29.13 
 
 
287 aa  80.9  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  27.32 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  23.95 
 
 
268 aa  80.5  0.00000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  26.81 
 
 
286 aa  80.1  0.00000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.9 
 
 
264 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.9 
 
 
264 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  27.54 
 
 
266 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.54 
 
 
266 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.54 
 
 
266 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  27.31 
 
 
271 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  28.38 
 
 
256 aa  79.7  0.00000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4221  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.71 
 
 
291 aa  79  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.174626  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2851  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.8 
 
 
273 aa  78.6  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.227272  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.08 
 
 
276 aa  78.6  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.89 
 
 
271 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0446  ABC transporter, permease protein  27.39 
 
 
282 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.89 
 
 
271 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.95 
 
 
269 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  30.46 
 
 
280 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.43 
 
 
264 aa  77.8  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0498  putative sperimidine/putrescine ABC transporter (permease protein)  31.84 
 
 
265 aa  77.8  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.371454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>