More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0895 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010001  Cphy_0895  ornithine carbamoyltransferase  100 
 
 
270 aa  540  9.999999999999999e-153  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0748  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.2 
 
 
264 aa  307  1.0000000000000001e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0148885  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0891  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.98 
 
 
273 aa  304  1.0000000000000001e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0152419  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2582  Ornithine carbamoyltransferase  54.02 
 
 
263 aa  292  4e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000818626  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2225  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  54.14 
 
 
266 aa  290  1e-77  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1937  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein (potC)-like protein  53.76 
 
 
266 aa  290  2e-77  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.14 
 
 
268 aa  279  3e-74  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  44.31 
 
 
272 aa  215  8e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  41.6 
 
 
273 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  42.97 
 
 
273 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  43.43 
 
 
273 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1644  ornithine carbamoyltransferase  41.6 
 
 
272 aa  202  4e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.59 
 
 
272 aa  202  5e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  40.08 
 
 
272 aa  199  5e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
267 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1494  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  43.1 
 
 
259 aa  197  1.0000000000000001e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.968283  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  40.49 
 
 
271 aa  196  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1286  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  41.29 
 
 
266 aa  196  5.000000000000001e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0741739  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  39.75 
 
 
256 aa  194  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
272 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.15 
 
 
273 aa  193  2e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  38.34 
 
 
266 aa  193  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  38.34 
 
 
266 aa  193  3e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  38.2 
 
 
271 aa  193  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  38.34 
 
 
266 aa  193  3e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  38.34 
 
 
266 aa  193  3e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  38.34 
 
 
266 aa  193  3e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  38.34 
 
 
266 aa  193  3e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4637  Ornithine carbamoyltransferase  38.02 
 
 
266 aa  193  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.476846  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  38.34 
 
 
266 aa  192  4e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  38.34 
 
 
266 aa  192  4e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  41.49 
 
 
259 aa  192  4e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  41.49 
 
 
259 aa  192  4e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
271 aa  192  5e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
271 aa  191  9e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
272 aa  191  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  39.44 
 
 
271 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  38.34 
 
 
266 aa  190  2e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  39.44 
 
 
271 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  39.44 
 
 
271 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
271 aa  190  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
271 aa  191  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.2 
 
 
271 aa  191  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  39.44 
 
 
271 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  39.36 
 
 
257 aa  189  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component domain protein  42.68 
 
 
263 aa  190  2.9999999999999997e-47  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.683929  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  37.94 
 
 
266 aa  189  5e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  40.4 
 
 
293 aa  188  5.999999999999999e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
269 aa  186  2e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
271 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0166478  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0193  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  40.45 
 
 
276 aa  187  2e-46  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  41.82 
 
 
244 aa  186  3e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  40.16 
 
 
276 aa  186  3e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1109  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.35 
 
 
258 aa  186  4e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0200  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein and spermidine/putrescine-binding protein  37.02 
 
 
1041 aa  186  4e-46  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.585418  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  39.25 
 
 
272 aa  185  6e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  42.02 
 
 
256 aa  185  7e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0688  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein PotC  39.83 
 
 
270 aa  185  8e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4661  Ornithine carbamoyltransferase  38.25 
 
 
303 aa  185  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.535796  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.46 
 
 
264 aa  185  8e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17620  polyamine transport protein PotC  40.89 
 
 
256 aa  184  9e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1532  polyamine transport protein PotC  40.89 
 
 
256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1064  ornithine carbamoyltransferase  39.2 
 
 
275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  37.35 
 
 
271 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0325  Ornithine carbamoyltransferase  38.43 
 
 
268 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000489255  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl509  spermidine/putrescine ABC transporter permease component  37.5 
 
 
1080 aa  183  3e-45  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.637627  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  38.34 
 
 
266 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0976  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
275 aa  182  6e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  38.46 
 
 
275 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0937  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotI  37.05 
 
 
303 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.023039  normal  0.311866 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  40.66 
 
 
258 aa  181  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1244  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
272 aa  181  1e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268212  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2993  ornithine carbamoyltransferase  36.9 
 
 
279 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.47 
 
 
281 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  42.17 
 
 
256 aa  180  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1847  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  38.84 
 
 
254 aa  180  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0489966  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.47 
 
 
281 aa  181  2e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.77 
 
 
284 aa  180  2e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.47 
 
 
281 aa  180  2e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1183  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.59 
 
 
269 aa  180  2.9999999999999997e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000422774  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1015  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.83 
 
 
278 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.6 
 
 
264 aa  179  2.9999999999999997e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  42.44 
 
 
256 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1161  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.59 
 
 
269 aa  180  2.9999999999999997e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.135086  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0632  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  39.53 
 
 
268 aa  179  4e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00665545  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6348  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.9 
 
 
279 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2811  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.9 
 
 
279 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3018  ornithine carbamoyltransferase  36.9 
 
 
279 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
279 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.26863  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.9 
 
 
279 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.55 
 
 
272 aa  178  9e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1227  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
269 aa  178  9e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.000000000377122  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  37.74 
 
 
285 aa  178  1e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3046  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
279 aa  177  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2908  ornithine carbamoyltransferase  36.51 
 
 
279 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1928  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.85 
 
 
259 aa  177  2e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.420428  hitchhiker  0.000000201518 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6836  putrescine ABC transporter membrane protein  37.14 
 
 
274 aa  176  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263779  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  37.7 
 
 
256 aa  176  3e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4708  Ornithine carbamoyltransferase  40.96 
 
 
258 aa  176  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0199227 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  37.7 
 
 
256 aa  176  4e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>