More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_0090 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_0090  ferredoxin hydrogenase  100 
 
 		 484 aa  999    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3465  hydrogenase large subunit domain protein  51.45 
 
 		 488 aa  488  1e-136  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2579  [Fe] hydrogenase  43.78 
 
 		 490 aa  398  9.999999999999999e-111  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2900  [Fe] hydrogenase  43.36 
 
 		 490 aa  394  1e-108  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0884  hydrogenase large subunit domain protein  41.15 
 
 		 507 aa  373  1e-102  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.139599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0750  hydrogenase large subunit  43.54 
 
 		 482 aa  359  5e-98  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0180769  hitchhiker  0.000000000087178 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0836  hydrogenase large subunit domain protein  42.83 
 
 		 482 aa  359  8e-98  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000619385  hitchhiker  0.000460922 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0477  hydrogenase large subunit  42.7 
 
 		 478 aa  345  2e-93  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02090  hydrogenase large subunit domain protein  38.52 
 
 		 491 aa  330  3e-89  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0413  hydrogenase large subunit  40.3 
 
 		 485 aa  324  3e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0146308  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1277  Fe-hydrogenase large subunit family protein  38.68 
 
 		 493 aa  318  1e-85  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000478337  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1794  hydrogenase large subunit  39.83 
 
 		 462 aa  306  6e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1371  hydrogenase large subunit domain protein  36.42 
 
 		 508 aa  299  7e-80  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000870686  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0996  hydrogenase large subunit domain protein  38.48 
 
 		 454 aa  298  2e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000195829  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0411  Ferredoxin hydrogenase  36.34 
 
 		 531 aa  291  2e-77  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0687694  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2631  Ferredoxin hydrogenase  35.56 
 
 		 490 aa  281  2e-74  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000219307  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0725  hydrogenase-like  35.23 
 
 		 483 aa  279  6e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000665726  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02870  Ferredoxin hydrogenase  32.29 
 
 		 456 aa  225  1e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.417058  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1708  hydrogenase large subunit domain protein  39 
 
 		 435 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1440  hydrogenase large subunit  39.58 
 
 		 429 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0813  hydrogenase large subunit domain protein  38.03 
 
 		 424 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.128167  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0261  hydrogenase subunit (ferredoxin)  34.78 
 
 		 449 aa  162  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.578609  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0270  [Fe] hydrogenase  34.45 
 
 		 449 aa  159  8e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  30.16 
 
 		 667 aa  145  1e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0655  putative PAS/PAC sensor protein  32.59 
 
 		 580 aa  140  3e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.06 
 
 		 748 aa  140  3.9999999999999997e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02060  putative PAS/PAC sensor protein  31.42 
 
 		 571 aa  140  7.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  31.85 
 
 		 645 aa  139  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  31.85 
 
 		 645 aa  139  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  31.63 
 
 		 653 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0752  putative PAS/PAC sensor protein  33.56 
 
 		 559 aa  135  1.9999999999999998e-30  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.801139  hitchhiker  0.0000000000202467 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0426  putative PAS/PAC sensor protein  31.83 
 
 		 556 aa  133  6e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  33.23 
 
 		 666 aa  132  9e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1889  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.85 
 
 		 752 aa  130  4.0000000000000003e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0839  putative PAS/PAC sensor protein  30.79 
 
 		 569 aa  131  4.0000000000000003e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00192903 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0848  hydrogenases, Fe-only  28.91 
 
 		 417 aa  130  5.0000000000000004e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  27.88 
 
 		 572 aa  130  6e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  29.25 
 
 		 601 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  27.88 
 
 		 572 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1585  putative PAS/PAC sensor protein  29.82 
 
 		 573 aa  128  3e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000290099  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3463  putative PAS/PAC sensor protein  30.4 
 
 		 576 aa  128  3e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.158169  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1833  ferredoxin 2  33 
 
 		 583 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00530052  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0467  transcriptional regulator, Fis family  31.46 
 
 		 767 aa  126  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0318  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.13 
 
 		 550 aa  125  2e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4176  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  30.2 
 
 		 755 aa  125  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000648689  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0055  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.9 
 
 		 756 aa  124  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.928801 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  26.86 
 
 		 566 aa  124  4e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2281  ferredoxin hydrogenase  28.46 
 
 		 439 aa  123  9e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2300  putative PAS/PAC sensor protein  29.75 
 
 		 574 aa  123  9e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.252887  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1846  putative PAS/PAC sensor protein  30.23 
 
 		 572 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  28.36 
 
 		 574 aa  122  1.9999999999999998e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2305  ferredoxin 2  31.22 
 
 		 500 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  25.58 
 
 		 581 aa  121  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2145  Fe-S cluster domain-containing protein  29.15 
 
 		 435 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3885  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  29.9 
 
 		 759 aa  120  6e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  27.64 
 
 		 582 aa  120  7.999999999999999e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3802  putative sigma54 specific transcriptional regulator  29.9 
 
 		 759 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  28.61 
 
 		 582 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02950  putative PAS/PAC sensor protein  31.39 
 
 		 877 aa  119  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0290  hydrogenase, Fe-only  28.16 
 
 		 549 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1292  Fe-S cluster domain protein  30.67 
 
 		 443 aa  118  3e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3363  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.15 
 
 		 763 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  28.86 
 
 		 562 aa  117  3.9999999999999997e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0335  hydrogenase large subunit-like protein  27.46 
 
 		 448 aa  116  6.9999999999999995e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1593  Fe-hydrogenase  34.4 
 
 		 596 aa  116  7.999999999999999e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  28.61 
 
 		 586 aa  116  8.999999999999998e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  27.41 
 
 		 582 aa  116  8.999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  26.56 
 
 		 619 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  32.21 
 
 		 578 aa  115  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3920  periplasmic Fe hydrogenase, large subunit  27.59 
 
 		 410 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  28.22 
 
 		 573 aa  114  3e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1040  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  30.27 
 
 		 696 aa  114  4.0000000000000004e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1548  hydrogenase, Fe-only  28.52 
 
 		 615 aa  114  5e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  29.81 
 
 		 578 aa  114  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  27.82 
 
 		 579 aa  114  6e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  27.95 
 
 		 573 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0081  ferredoxin hydrogenase  29.59 
 
 		 421 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0556  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.9 
 
 		 542 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  28.07 
 
 		 573 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1371  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.14 
 
 		 521 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1315  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.79 
 
 		 521 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000641444  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  27.78 
 
 		 569 aa  112  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3250  hydrogenases, Fe-only  27.06 
 
 		 410 aa  111  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.644479  hitchhiker  0.0000163586 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0463  hydrogenases, Fe-only  28.66 
 
 		 520 aa  111  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1925  ferredoxin hydrogenase  29.72 
 
 		 387 aa  110  4.0000000000000004e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  31.4 
 
 		 666 aa  110  5e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  26.7 
 
 		 567 aa  110  6e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0711  response regulator receiver protein  26.53 
 
 		 410 aa  110  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.312278  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  27.07 
 
 		 582 aa  109  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2056  hydrogenase, Fe-only  30.43 
 
 		 644 aa  108  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000410653  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1503  hydrogenase, Fe-only  31 
 
 		 418 aa  108  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349556  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  27.06 
 
 		 527 aa  108  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0723  hydrogenase, Fe-only  29.07 
 
 		 582 aa  108  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0747  hydrogenase, Fe-only  29.07 
 
 		 582 aa  108  3e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  30.79 
 
 		 659 aa  108  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0168  hydrogenase, Fe-only  27.55 
 
 		 513 aa  107  5e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.191335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01770  putative PAS/PAC sensor protein  30.36 
 
 		 584 aa  107  6e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0533  hydrogenase, Fe-only  28.69 
 
 		 582 aa  106  9e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0310904  normal  0.240554 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3003  hydrogenase, Fe-only  27.76 
 
 		 644 aa  105  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0092  putative PAS/PAC sensor protein  28.99 
 
 		 577 aa  105  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>