More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0335 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0335  hydrogenase large subunit-like protein  100 
 
 		 448 aa  910    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1292  Fe-S cluster domain protein  55.23 
 
 		 443 aa  482  1e-135  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2145  Fe-S cluster domain-containing protein  54.42 
 
 		 435 aa  478  1e-133  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0178  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  48.2 
 
 		 443 aa  426  1e-118  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3798  Fe-S cluster domain-containing protein  47.29 
 
 		 427 aa  403  1e-111  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.818918  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0093  Fe-S cluster domain protein  36 
 
 		 460 aa  310  2.9999999999999997e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000835421 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0912  Fe-S cluster domain protein  39.24 
 
 		 443 aa  299  7e-80  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0692  Fe-S cluster domain protein  34.17 
 
 		 434 aa  249  1e-64  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02060  putative PAS/PAC sensor protein  28.98 
 
 		 571 aa  157  3e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1833  ferredoxin 2  28.86 
 
 		 583 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00530052  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0655  putative PAS/PAC sensor protein  28.8 
 
 		 580 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01770  putative PAS/PAC sensor protein  26.71 
 
 		 584 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3463  putative PAS/PAC sensor protein  27.75 
 
 		 576 aa  140  3e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.158169  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0556  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.93 
 
 		 542 aa  140  7e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1371  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.31 
 
 		 521 aa  139  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0752  putative PAS/PAC sensor protein  29.67 
 
 		 559 aa  138  2e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.801139  hitchhiker  0.0000000000202467 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2300  putative PAS/PAC sensor protein  27.54 
 
 		 574 aa  138  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.252887  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02950  putative PAS/PAC sensor protein  30.37 
 
 		 877 aa  138  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1315  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.65 
 
 		 521 aa  137  4e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000641444  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02090  hydrogenase large subunit domain protein  31.12 
 
 		 491 aa  136  7.000000000000001e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  28.02 
 
 		 748 aa  136  8e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1889  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.04 
 
 		 752 aa  134  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0092  putative PAS/PAC sensor protein  25.89 
 
 		 577 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0426  putative PAS/PAC sensor protein  27.15 
 
 		 556 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0318  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.19 
 
 		 550 aa  128  3e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0467  transcriptional regulator, Fis family  27.13 
 
 		 767 aa  124  5e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0750  hydrogenase large subunit  32.93 
 
 		 482 aa  123  5e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0180769  hitchhiker  0.000000000087178 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0839  putative PAS/PAC sensor protein  27.95 
 
 		 569 aa  123  7e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00192903 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1585  putative PAS/PAC sensor protein  26.29 
 
 		 573 aa  123  8e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000290099  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4176  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  26.44 
 
 		 755 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000648689  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3802  putative sigma54 specific transcriptional regulator  25.43 
 
 		 759 aa  121  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0413  hydrogenase large subunit  27.47 
 
 		 485 aa  120  4.9999999999999996e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0146308  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1277  Fe-hydrogenase large subunit family protein  29.78 
 
 		 493 aa  120  7e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000478337  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0836  hydrogenase large subunit domain protein  30.11 
 
 		 482 aa  119  7e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000619385  hitchhiker  0.000460922 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3885  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  25.43 
 
 		 759 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02870  Ferredoxin hydrogenase  29.64 
 
 		 456 aa  119  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.417058  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1846  putative PAS/PAC sensor protein  24.6 
 
 		 572 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1794  hydrogenase large subunit  27.92 
 
 		 462 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0494  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  27.53 
 
 		 519 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2900  [Fe] hydrogenase  30.08 
 
 		 490 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3465  hydrogenase large subunit domain protein  29.55 
 
 		 488 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2579  [Fe] hydrogenase  29.36 
 
 		 490 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0725  hydrogenase-like  26.47 
 
 		 483 aa  113  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000665726  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0090  ferredoxin hydrogenase  27.46 
 
 		 484 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3363  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  26.71 
 
 		 763 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0055  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  25.87 
 
 		 756 aa  111  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.928801 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0477  hydrogenase large subunit  28.74 
 
 		 478 aa  110  4.0000000000000004e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0996  hydrogenase large subunit domain protein  30 
 
 		 454 aa  109  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000195829  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2312  Fe binding transcriptional regulator FhlA  26.06 
 
 		 747 aa  107  4e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0884  hydrogenase large subunit domain protein  26.61 
 
 		 507 aa  103  5e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.139599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1371  hydrogenase large subunit domain protein  28.45 
 
 		 508 aa  101  3e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000870686  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2631  Ferredoxin hydrogenase  27.02 
 
 		 490 aa  100  5e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000219307  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  25.07 
 
 		 667 aa  100  6e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  27.76 
 
 		 601 aa  100  6e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1708  hydrogenase large subunit domain protein  27.67 
 
 		 435 aa  99.8  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1883  ferredoxin hydrogenase  23.97 
 
 		 460 aa  95.1  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  25.34 
 
 		 653 aa  92.4  1e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  26.65 
 
 		 666 aa  92.8  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  25.81 
 
 		 1150 aa  90.9  4e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0411  Ferredoxin hydrogenase  26.17 
 
 		 531 aa  89.7  1e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0687694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  27.22 
 
 		 562 aa  88.6  2e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0081  ferredoxin hydrogenase  29.05 
 
 		 421 aa  88.2  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2305  ferredoxin 2  26.67 
 
 		 500 aa  87.8  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1386  hydrogenases, Fe-only  27.23 
 
 		 421 aa  86.7  9e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.999103  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  26.2 
 
 		 594 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  23.92 
 
 		 572 aa  85.9  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  24.32 
 
 		 572 aa  86.3  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2056  hydrogenase, Fe-only  26.39 
 
 		 644 aa  85.5  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000410653  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  25.68 
 
 		 582 aa  84.7  0.000000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3250  hydrogenases, Fe-only  27.1 
 
 		 410 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.644479  hitchhiker  0.0000163586 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  27.41 
 
 		 666 aa  84.3  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0711  response regulator receiver protein  27.1 
 
 		 410 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.312278  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3920  periplasmic Fe hydrogenase, large subunit  27.1 
 
 		 410 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1503  hydrogenase, Fe-only  26.92 
 
 		 418 aa  83.2  0.000000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349556  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  24.86 
 
 		 659 aa  83.2  0.000000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  23.43 
 
 		 645 aa  83.2  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0848  hydrogenases, Fe-only  22.89 
 
 		 417 aa  82.4  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  23.43 
 
 		 645 aa  82  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  24.15 
 
 		 581 aa  81.6  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  25.75 
 
 		 579 aa  80.5  0.00000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1925  ferredoxin hydrogenase  23.31 
 
 		 387 aa  80.1  0.00000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  25.41 
 
 		 566 aa  79.7  0.00000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  27.32 
 
 		 527 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  26.46 
 
 		 569 aa  79.3  0.0000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  25.75 
 
 		 570 aa  78.2  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1040  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  27.75 
 
 		 696 aa  78.2  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3003  hydrogenase, Fe-only  22.64 
 
 		 644 aa  77.4  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  30.59 
 
 		 578 aa  77  0.0000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  25.17 
 
 		 578 aa  77  0.0000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  26.25 
 
 		 586 aa  75.9  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  27.57 
 
 		 577 aa  75.9  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1593  Fe-hydrogenase  27.81 
 
 		 596 aa  75.5  0.000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  25 
 
 		 567 aa  75.5  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0475  ferredoxin hydrogenase  22.47 
 
 		 458 aa  74.7  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2281  ferredoxin hydrogenase  21.21 
 
 		 439 aa  75.1  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  24.33 
 
 		 619 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  23.42 
 
 		 574 aa  73.9  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  25.35 
 
 		 573 aa  73.6  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1440  hydrogenase large subunit  31.66 
 
 		 429 aa  73.2  0.000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  24.38 
 
 		 576 aa  73.2  0.000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>