145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1440 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_1440  hydrogenase large subunit  100 
 
 
429 aa  875    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0813  hydrogenase large subunit domain protein  62.03 
 
 
424 aa  552  1e-156  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.128167  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02870  Ferredoxin hydrogenase  45.91 
 
 
456 aa  360  3e-98  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.417058  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0270  [Fe] hydrogenase  40.13 
 
 
449 aa  296  4e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0261  hydrogenase subunit (ferredoxin)  39.91 
 
 
449 aa  291  2e-77  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.578609  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1708  hydrogenase large subunit domain protein  43.24 
 
 
435 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0884  hydrogenase large subunit domain protein  40.62 
 
 
507 aa  253  7e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.139599  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1371  hydrogenase large subunit domain protein  39.63 
 
 
508 aa  220  3.9999999999999997e-56  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000870686  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0411  Ferredoxin hydrogenase  39.45 
 
 
531 aa  208  2e-52  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0687694  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2900  [Fe] hydrogenase  39.16 
 
 
490 aa  206  9e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2579  [Fe] hydrogenase  39.06 
 
 
490 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0750  hydrogenase large subunit  37.65 
 
 
482 aa  201  1.9999999999999998e-50  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0180769  hitchhiker  0.000000000087178 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0836  hydrogenase large subunit domain protein  34.99 
 
 
482 aa  201  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000619385  hitchhiker  0.000460922 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0413  hydrogenase large subunit  38.31 
 
 
485 aa  195  1e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0146308  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0996  hydrogenase large subunit domain protein  37.12 
 
 
454 aa  194  3e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000195829  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3465  hydrogenase large subunit domain protein  38.72 
 
 
488 aa  194  3e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0090  ferredoxin hydrogenase  39.13 
 
 
484 aa  192  9e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1794  hydrogenase large subunit  35.62 
 
 
462 aa  182  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02090  hydrogenase large subunit domain protein  32.91 
 
 
491 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1277  Fe-hydrogenase large subunit family protein  35.15 
 
 
493 aa  171  2e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000478337  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2631  Ferredoxin hydrogenase  35.38 
 
 
490 aa  167  4e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000219307  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0725  hydrogenase-like  31.96 
 
 
483 aa  158  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000665726  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0477  hydrogenase large subunit  31.96 
 
 
478 aa  159  1e-37  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.21 
 
 
748 aa  140  4.999999999999999e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0467  transcriptional regulator, Fis family  34.01 
 
 
767 aa  133  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0655  putative PAS/PAC sensor protein  34.71 
 
 
580 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  28.53 
 
 
582 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2300  putative PAS/PAC sensor protein  28.71 
 
 
574 aa  127  5e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.252887  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0839  putative PAS/PAC sensor protein  32.25 
 
 
569 aa  126  9e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00192903 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  26.27 
 
 
667 aa  124  2e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1883  ferredoxin hydrogenase  27.32 
 
 
460 aa  123  8e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  28.31 
 
 
581 aa  122  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  29.13 
 
 
572 aa  121  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0752  putative PAS/PAC sensor protein  32.86 
 
 
559 aa  122  1.9999999999999998e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.801139  hitchhiker  0.0000000000202467 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3463  putative PAS/PAC sensor protein  28.48 
 
 
576 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.158169  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  30.19 
 
 
601 aa  120  6e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  27.79 
 
 
582 aa  119  7e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  28.83 
 
 
572 aa  119  7.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4176  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  31.33 
 
 
755 aa  119  9e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000648689  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  30.5 
 
 
562 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02060  putative PAS/PAC sensor protein  27.89 
 
 
571 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3363  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.87 
 
 
763 aa  117  5e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3885  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.46 
 
 
759 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2305  ferredoxin 2  32.34 
 
 
500 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1585  putative PAS/PAC sensor protein  30.71 
 
 
573 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000290099  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1503  hydrogenase, Fe-only  30.82 
 
 
418 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349556  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1386  hydrogenases, Fe-only  27.78 
 
 
421 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.999103  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0092  putative PAS/PAC sensor protein  29.93 
 
 
577 aa  114  3e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3003  hydrogenase, Fe-only  28.92 
 
 
644 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3802  putative sigma54 specific transcriptional regulator  31.23 
 
 
759 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  30.32 
 
 
666 aa  114  5e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  29.78 
 
 
594 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2312  Fe binding transcriptional regulator FhlA  28.21 
 
 
747 aa  111  3e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  28.65 
 
 
574 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0426  putative PAS/PAC sensor protein  30.74 
 
 
556 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0055  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.77 
 
 
756 aa  110  5e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.928801 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  26.56 
 
 
582 aa  110  5e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  26.47 
 
 
570 aa  108  2e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0556  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.09 
 
 
542 aa  108  2e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1384  hydrogenases, Fe-only  27.78 
 
 
606 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  28.77 
 
 
578 aa  108  3e-22  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1889  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  29.71 
 
 
752 aa  107  5e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1846  putative PAS/PAC sensor protein  27.67 
 
 
572 aa  107  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  26.7 
 
 
653 aa  106  6e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  27.07 
 
 
582 aa  106  6e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  27.27 
 
 
645 aa  106  7e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  27.27 
 
 
645 aa  106  7e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01770  putative PAS/PAC sensor protein  28 
 
 
584 aa  105  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  28.66 
 
 
566 aa  105  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0848  hydrogenases, Fe-only  27.39 
 
 
417 aa  104  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  30.04 
 
 
580 aa  104  3e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2281  ferredoxin hydrogenase  27.51 
 
 
439 aa  103  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  32.37 
 
 
573 aa  103  4e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  28.16 
 
 
593 aa  104  4e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  26.49 
 
 
619 aa  104  4e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1833  ferredoxin 2  29.51 
 
 
583 aa  103  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00530052  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  27.1 
 
 
573 aa  103  5e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1925  ferredoxin hydrogenase  27.32 
 
 
387 aa  103  6e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  27.59 
 
 
1150 aa  103  6e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  27.74 
 
 
577 aa  103  6e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  27.65 
 
 
578 aa  103  7e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0475  ferredoxin hydrogenase  26.92 
 
 
458 aa  102  9e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  30.71 
 
 
573 aa  102  9e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  26.53 
 
 
527 aa  102  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0318  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.9 
 
 
550 aa  101  2e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  28.96 
 
 
567 aa  101  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2502  iron-containing hydrogenase, Hyd gamma  26.1 
 
 
598 aa  100  4e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  26.77 
 
 
573 aa  100  5e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16530  hydrogenase, Fe-only  27.64 
 
 
569 aa  100  5e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.143158  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  29.67 
 
 
578 aa  100  6e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  26.07 
 
 
579 aa  100  6e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  25.48 
 
 
573 aa  100  7e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0463  hydrogenases, Fe-only  26.39 
 
 
520 aa  99.8  9e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  32.22 
 
 
666 aa  99.4  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0081  ferredoxin hydrogenase  29.62 
 
 
421 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  26.87 
 
 
576 aa  97.8  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0625  hydrogenase, Fe-only  28.71 
 
 
587 aa  98.2  3e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000144729  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  29.92 
 
 
583 aa  97.8  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  27.38 
 
 
586 aa  97.1  6e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  29.17 
 
 
569 aa  94.7  2e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>