More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3003 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_3003  hydrogenase, Fe-only  100 
 
 		 644 aa  1331    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  70.57 
 
 		 1150 aa  965    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  44.1 
 
 		 666 aa  418  9.999999999999999e-116  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  48.2 
 
 		 578 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  46.12 
 
 		 581 aa  402  1e-111  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  43.22 
 
 		 579 aa  392  1e-108  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  47.25 
 
 		 583 aa  389  1e-107  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  42.68 
 
 		 582 aa  386  1e-106  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  44.8 
 
 		 580 aa  383  1e-105  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  40.34 
 
 		 574 aa  384  1e-105  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  42.58 
 
 		 594 aa  383  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  41.94 
 
 		 582 aa  376  1e-103  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  45.4 
 
 		 569 aa  373  1e-102  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  41.77 
 
 		 582 aa  375  1e-102  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  45.24 
 
 		 578 aa  375  1e-102  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  42.32 
 
 		 582 aa  373  1e-102  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  40.71 
 
 		 572 aa  369  1e-101  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  43.35 
 
 		 573 aa  369  1e-100  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  40.29 
 
 		 572 aa  366  1e-100  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  44.62 
 
 		 586 aa  365  2e-99  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  42.92 
 
 		 601 aa  365  2e-99  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  44.49 
 
 		 590 aa  363  6e-99  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  43.3 
 
 		 578 aa  363  7.0000000000000005e-99  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  45.37 
 
 		 576 aa  363  7.0000000000000005e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  42.86 
 
 		 573 aa  358  1.9999999999999998e-97  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  39.71 
 
 		 577 aa  357  2.9999999999999997e-97  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  41.01 
 
 		 562 aa  357  3.9999999999999996e-97  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0747  hydrogenase, Fe-only  45.16 
 
 		 582 aa  356  6.999999999999999e-97  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  39.18 
 
 		 659 aa  356  6.999999999999999e-97  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0723  hydrogenase, Fe-only  44.7 
 
 		 582 aa  355  2e-96  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2436  (Fe) hydrogenase, large subunit HymC, putative  41.04 
 
 		 563 aa  351  3e-95  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000128912  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  44.51 
 
 		 570 aa  350  5e-95  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0290  hydrogenase, Fe-only  41.53 
 
 		 549 aa  350  6e-95  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0150  hydrogenase, Fe-only  41.49 
 
 		 585 aa  349  1e-94  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1633  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  43.15 
 
 		 585 aa  348  3e-94  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000469619  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0463  hydrogenases, Fe-only  42.8 
 
 		 520 aa  345  1e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  38.6 
 
 		 566 aa  344  2.9999999999999997e-93  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  42.82 
 
 		 567 aa  341  2.9999999999999998e-92  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1384  hydrogenases, Fe-only  40.62 
 
 		 606 aa  341  2.9999999999999998e-92  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  43.84 
 
 		 574 aa  340  5.9999999999999996e-92  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  39.24 
 
 		 573 aa  338  1.9999999999999998e-91  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0625  hydrogenase, Fe-only  40.53 
 
 		 587 aa  337  3.9999999999999995e-91  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000144729  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1605  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  40.12 
 
 		 585 aa  336  5.999999999999999e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  40.09 
 
 		 619 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1544  hydrogenase, Fe-only  39.41 
 
 		 581 aa  335  2e-90  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557218 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  42.47 
 
 		 593 aa  334  2e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  39.45 
 
 		 573 aa  335  2e-90  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  38.42 
 
 		 667 aa  333  4e-90  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3601  hydrogenase, Fe-only  37.74 
 
 		 587 aa  333  5e-90  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0168  hydrogenase, Fe-only  41.3 
 
 		 513 aa  332  1e-89  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.191335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  38.82 
 
 		 573 aa  331  2e-89  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  41.34 
 
 		 527 aa  331  2e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1548  hydrogenase, Fe-only  38.83 
 
 		 615 aa  329  1.0000000000000001e-88  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16530  hydrogenase, Fe-only  40.93 
 
 		 569 aa  327  5e-88  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.143158  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1593  Fe-hydrogenase  40.12 
 
 		 596 aa  323  6e-87  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  37.32 
 
 		 653 aa  317  3e-85  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0475  ferredoxin hydrogenase  40.04 
 
 		 458 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  35.51 
 
 		 666 aa  314  2.9999999999999996e-84  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0157  hydrogenase, Fe-only  40.76 
 
 		 523 aa  312  1e-83  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.434937  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3829  hydrogenase, Fe-only  36.22 
 
 		 625 aa  310  4e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0533  hydrogenase, Fe-only  39.16 
 
 		 582 aa  310  4e-83  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0310904  normal  0.240554 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2502  iron-containing hydrogenase, Hyd gamma  39.91 
 
 		 598 aa  306  7e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2159  hydrogenase, Fe-only  36.47 
 
 		 582 aa  301  3e-80  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  35.22 
 
 		 645 aa  300  6e-80  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  35.22 
 
 		 645 aa  300  7e-80  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1076  [Fe] hydrogenase  39.96 
 
 		 696 aa  295  2e-78  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.723256  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1883  ferredoxin hydrogenase  36.97 
 
 		 460 aa  291  3e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0938  periplasmic [Fe] hydrogenase 1  39.43 
 
 		 696 aa  289  9e-77  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625857  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2056  hydrogenase, Fe-only  40.2 
 
 		 644 aa  272  1e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000410653  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0711  response regulator receiver protein  41.46 
 
 		 410 aa  270  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.312278  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3920  periplasmic Fe hydrogenase, large subunit  41.74 
 
 		 410 aa  270  7e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3250  hydrogenases, Fe-only  41.46 
 
 		 410 aa  269  8.999999999999999e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.644479  hitchhiker  0.0000163586 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2281  ferredoxin hydrogenase  39.95 
 
 		 439 aa  265  2e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1925  ferredoxin hydrogenase  43.07 
 
 		 387 aa  265  2e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1386  hydrogenases, Fe-only  39.3 
 
 		 421 aa  249  1e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.999103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1503  hydrogenase, Fe-only  37.08 
 
 		 418 aa  241  2.9999999999999997e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349556  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0848  hydrogenases, Fe-only  36.36 
 
 		 417 aa  241  2.9999999999999997e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0081  ferredoxin hydrogenase  38.71 
 
 		 421 aa  234  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33837  predicted protein  32.41 
 
 		 473 aa  196  8.000000000000001e-49  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.40604 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0310  ferredoxin hydrogenase  27.16 
 
 		 462 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2579  [Fe] hydrogenase  32.92 
 
 		 490 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2900  [Fe] hydrogenase  33.24 
 
 		 490 aa  139  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02090  hydrogenase large subunit domain protein  27.79 
 
 		 491 aa  137  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1249  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  37.43 
 
 		 1073 aa  133  1.0000000000000001e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0309731 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33268  nuclear architecture related protein  24.75 
 
 		 545 aa  130  7.000000000000001e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1371  hydrogenase large subunit domain protein  30.53 
 
 		 508 aa  127  6e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000870686  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0884  hydrogenase large subunit domain protein  29.57 
 
 		 507 aa  127  8.000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.139599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02870  Ferredoxin hydrogenase  26.01 
 
 		 456 aa  122  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.417058  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03632  iron-sulfur cluster assembly associated protein Nar1, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G11960)  24.64 
 
 		 590 aa  119  1.9999999999999998e-25  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.436133 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1794  hydrogenase large subunit  27.89 
 
 		 462 aa  117  8.999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1708  hydrogenase large subunit domain protein  28.18 
 
 		 435 aa  115  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0813  hydrogenase large subunit domain protein  30.17 
 
 		 424 aa  113  9e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.128167  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0413  hydrogenase large subunit  27.09 
 
 		 485 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0146308  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0838  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.26 
 
 		 1440 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1277  Fe-hydrogenase large subunit family protein  28.91 
 
 		 493 aa  110  6e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000478337  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1440  hydrogenase large subunit  32.51 
 
 		 429 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0725  hydrogenase-like  27.91 
 
 		 483 aa  110  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000665726  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  32.46 
 
 		 1385 aa  109  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0411  Ferredoxin hydrogenase  30.03 
 
 		 531 aa  109  2e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0687694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06362  oxidoreductase  35.38 
 
 		 1412 aa  108  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>