More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_3290 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  57.41 
 
 		 578 aa  676    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  100 
 
 		 594 aa  1234    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1605  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  56.73 
 
 		 585 aa  671    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1633  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  55.03 
 
 		 585 aa  657    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000469619  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0625  hydrogenase, Fe-only  58.54 
 
 		 587 aa  686    Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000144729  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0150  hydrogenase, Fe-only  60.78 
 
 		 585 aa  716    Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3601  hydrogenase, Fe-only  56.39 
 
 		 587 aa  664    Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  58.86 
 
 		 577 aa  697    Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  52.32 
 
 		 582 aa  632  1e-180  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  51.37 
 
 		 581 aa  630  1e-179  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  52.06 
 
 		 579 aa  622  1e-177  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  51.97 
 
 		 582 aa  620  1e-176  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  52.23 
 
 		 573 aa  612  9.999999999999999e-175  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  52.59 
 
 		 576 aa  613  9.999999999999999e-175  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  50.95 
 
 		 578 aa  608  1e-173  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  52.08 
 
 		 583 aa  597  1e-169  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  50.69 
 
 		 573 aa  582  1.0000000000000001e-165  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  50.26 
 
 		 578 aa  578  1e-164  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  49.74 
 
 		 590 aa  570  1e-161  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  49.23 
 
 		 593 aa  564  1.0000000000000001e-159  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  48.53 
 
 		 573 aa  558  1e-158  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  49.4 
 
 		 573 aa  558  1e-158  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  48.36 
 
 		 573 aa  558  1e-157  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3829  hydrogenase, Fe-only  47.48 
 
 		 625 aa  553  1e-156  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  48.62 
 
 		 580 aa  553  1e-156  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  47.33 
 
 		 574 aa  549  1e-155  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  46.58 
 
 		 582 aa  551  1e-155  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  48.54 
 
 		 569 aa  535  1e-150  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0723  hydrogenase, Fe-only  47.59 
 
 		 582 aa  526  1e-148  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0747  hydrogenase, Fe-only  47.77 
 
 		 582 aa  526  1e-148  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  47.94 
 
 		 570 aa  523  1e-147  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  47.59 
 
 		 574 aa  521  1e-146  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  46.56 
 
 		 586 aa  514  1e-144  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  46.13 
 
 		 582 aa  511  1e-143  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1548  hydrogenase, Fe-only  47.48 
 
 		 615 aa  511  1e-143  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1544  hydrogenase, Fe-only  45.73 
 
 		 581 aa  506  9.999999999999999e-143  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557218 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  44.71 
 
 		 666 aa  504  1e-141  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2159  hydrogenase, Fe-only  44.14 
 
 		 582 aa  488  1e-136  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  43.64 
 
 		 572 aa  483  1e-135  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0533  hydrogenase, Fe-only  43.5 
 
 		 582 aa  483  1e-135  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0310904  normal  0.240554 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  43.3 
 
 		 572 aa  479  1e-134  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  42.49 
 
 		 619 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2436  (Fe) hydrogenase, large subunit HymC, putative  44.79 
 
 		 563 aa  469  1.0000000000000001e-131  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000128912  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2502  iron-containing hydrogenase, Hyd gamma  42.93 
 
 		 598 aa  468  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  42.49 
 
 		 601 aa  466  9.999999999999999e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1384  hydrogenases, Fe-only  41.98 
 
 		 606 aa  456  1e-127  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  40.9 
 
 		 562 aa  441  9.999999999999999e-123  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  41.13 
 
 		 567 aa  436  1e-121  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  42.2 
 
 		 659 aa  434  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  42.1 
 
 		 566 aa  434  1e-120  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1593  Fe-hydrogenase  40.31 
 
 		 596 aa  418  9.999999999999999e-116  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0290  hydrogenase, Fe-only  45.82 
 
 		 549 aa  414  1e-114  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0168  hydrogenase, Fe-only  45.2 
 
 		 513 aa  404  1e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.191335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0157  hydrogenase, Fe-only  48.03 
 
 		 523 aa  399  9.999999999999999e-111  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.434937  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16530  hydrogenase, Fe-only  39.27 
 
 		 569 aa  396  1e-109  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.143158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  39.11 
 
 		 667 aa  397  1e-109  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0463  hydrogenases, Fe-only  45.73 
 
 		 520 aa  396  1e-109  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  38.42 
 
 		 653 aa  394  1e-108  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  43.79 
 
 		 527 aa  387  1e-106  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3003  hydrogenase, Fe-only  42.58 
 
 		 644 aa  383  1e-105  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  38.73 
 
 		 645 aa  375  1e-103  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  38.73 
 
 		 645 aa  376  1e-103  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1883  ferredoxin hydrogenase  43.31 
 
 		 460 aa  376  1e-103  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  38.05 
 
 		 666 aa  368  1e-100  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0475  ferredoxin hydrogenase  40.73 
 
 		 458 aa  365  1e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  40.25 
 
 		 1150 aa  360  3e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1076  [Fe] hydrogenase  44.35 
 
 		 696 aa  357  3.9999999999999996e-97  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.723256  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2056  hydrogenase, Fe-only  44.62 
 
 		 644 aa  356  6.999999999999999e-97  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000410653  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0938  periplasmic [Fe] hydrogenase 1  44.27 
 
 		 696 aa  355  8.999999999999999e-97  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625857  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1925  ferredoxin hydrogenase  45.57 
 
 		 387 aa  341  2e-92  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2281  ferredoxin hydrogenase  43.83 
 
 		 439 aa  332  1e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1386  hydrogenases, Fe-only  43.92 
 
 		 421 aa  307  4.0000000000000004e-82  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.999103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0848  hydrogenases, Fe-only  44.24 
 
 		 417 aa  305  1.0000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1503  hydrogenase, Fe-only  42.86 
 
 		 418 aa  302  1e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349556  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0081  ferredoxin hydrogenase  43.86 
 
 		 421 aa  290  4e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3250  hydrogenases, Fe-only  40.51 
 
 		 410 aa  290  7e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.644479  hitchhiker  0.0000163586 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0711  response regulator receiver protein  42.74 
 
 		 410 aa  287  4e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.312278  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3920  periplasmic Fe hydrogenase, large subunit  40.25 
 
 		 410 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0310  ferredoxin hydrogenase  30.21 
 
 		 462 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.04 
 
 		 900 aa  193  8e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3504  ferredoxin  40.89 
 
 		 312 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.27 
 
 		 893 aa  181  4e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.99 
 
 		 893 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  42.22 
 
 		 351 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.91 
 
 		 898 aa  174  3.9999999999999995e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.25 
 
 		 951 aa  168  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  41.33 
 
 		 307 aa  167  5.9999999999999996e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3023  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.2 
 
 		 982 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162015  normal  0.0152175 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33837  predicted protein  29.73 
 
 		 473 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.40604 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0964  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  41.74 
 
 		 982 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3925  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.04 
 
 		 959 aa  163  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3479  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.96 
 
 		 946 aa  163  9e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.389807 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2897  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.2 
 
 		 959 aa  162  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.28 
 
 		 979 aa  161  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.33 
 
 		 948 aa  161  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.92 
 
 		 948 aa  161  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0839  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.75 
 
 		 946 aa  161  4e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.331727  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3520  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.05 
 
 		 904 aa  161  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0835  anaerobic dehydrogenase  40.89 
 
 		 305 aa  160  5e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.5 
 
 		 948 aa  160  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>