More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2502 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1384  hydrogenases, Fe-only  59.33 
 
 		 606 aa  732    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  56.06 
 
 		 619 aa  690    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2502  iron-containing hydrogenase, Hyd gamma  100 
 
 		 598 aa  1238    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  48.29 
 
 		 582 aa  556  1e-157  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  48.36 
 
 		 579 aa  546  1e-154  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  47.14 
 
 		 581 aa  542  1e-153  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  46.21 
 
 		 582 aa  539  9.999999999999999e-153  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  47.15 
 
 		 582 aa  534  1e-150  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  50.09 
 
 		 573 aa  531  1e-149  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  48.63 
 
 		 590 aa  528  1e-148  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1633  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  46.96 
 
 		 585 aa  527  1e-148  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000469619  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  49.05 
 
 		 573 aa  525  1e-148  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  45.77 
 
 		 578 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  44.71 
 
 		 574 aa  514  1e-144  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  47.4 
 
 		 593 aa  512  1e-144  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  46.02 
 
 		 578 aa  507  9.999999999999999e-143  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  48.03 
 
 		 580 aa  506  9.999999999999999e-143  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  45.06 
 
 		 583 aa  504  1e-141  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  48.53 
 
 		 574 aa  501  1e-140  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  46.37 
 
 		 576 aa  498  1e-139  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1605  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  44.67 
 
 		 585 aa  493  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  43.72 
 
 		 666 aa  485  1e-136  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  42.93 
 
 		 594 aa  488  1e-136  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  44.91 
 
 		 573 aa  482  1e-135  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  44.91 
 
 		 573 aa  481  1e-134  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  44.73 
 
 		 573 aa  480  1e-134  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0150  hydrogenase, Fe-only  44.76 
 
 		 585 aa  476  1e-133  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  45.34 
 
 		 569 aa  474  1e-132  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  43.45 
 
 		 582 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  41.06 
 
 		 586 aa  471  1.0000000000000001e-131  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1548  hydrogenase, Fe-only  45.19 
 
 		 615 aa  470  1.0000000000000001e-131  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3601  hydrogenase, Fe-only  44.65 
 
 		 587 aa  466  9.999999999999999e-131  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0747  hydrogenase, Fe-only  42.42 
 
 		 582 aa  465  1e-129  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3829  hydrogenase, Fe-only  43.44 
 
 		 625 aa  465  1e-129  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0723  hydrogenase, Fe-only  41.92 
 
 		 582 aa  462  9.999999999999999e-129  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0625  hydrogenase, Fe-only  44.82 
 
 		 587 aa  461  9.999999999999999e-129  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000144729  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2436  (Fe) hydrogenase, large subunit HymC, putative  45.55 
 
 		 563 aa  461  9.999999999999999e-129  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000128912  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  43.79 
 
 		 577 aa  459  9.999999999999999e-129  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  44.58 
 
 		 570 aa  453  1.0000000000000001e-126  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  40.48 
 
 		 601 aa  450  1e-125  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  43.52 
 
 		 578 aa  446  1.0000000000000001e-124  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1544  hydrogenase, Fe-only  42.28 
 
 		 581 aa  438  1e-121  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557218 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0533  hydrogenase, Fe-only  40.75 
 
 		 582 aa  437  1e-121  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0310904  normal  0.240554 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  42.2 
 
 		 572 aa  436  1e-121  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  40.18 
 
 		 562 aa  432  1e-120  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  42.02 
 
 		 572 aa  434  1e-120  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0290  hydrogenase, Fe-only  45.89 
 
 		 549 aa  431  1e-119  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2159  hydrogenase, Fe-only  40.07 
 
 		 582 aa  417  9.999999999999999e-116  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  42.32 
 
 		 659 aa  418  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  45.93 
 
 		 527 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  37.52 
 
 		 567 aa  409  1e-113  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  38.65 
 
 		 566 aa  406  1.0000000000000001e-112  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0157  hydrogenase, Fe-only  44.57 
 
 		 523 aa  404  1e-111  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.434937  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0463  hydrogenases, Fe-only  45.51 
 
 		 520 aa  398  1e-109  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0168  hydrogenase, Fe-only  46.41 
 
 		 513 aa  397  1e-109  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.191335  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1593  Fe-hydrogenase  38.55 
 
 		 596 aa  385  1e-105  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16530  hydrogenase, Fe-only  37.72 
 
 		 569 aa  370  1e-101  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.143158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  36.58 
 
 		 667 aa  361  2e-98  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  35.48 
 
 		 666 aa  357  5e-97  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  35.33 
 
 		 653 aa  347  3e-94  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1076  [Fe] hydrogenase  42.92 
 
 		 696 aa  346  8.999999999999999e-94  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.723256  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1925  ferredoxin hydrogenase  46.63 
 
 		 387 aa  344  2.9999999999999997e-93  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0938  periplasmic [Fe] hydrogenase 1  43.33 
 
 		 696 aa  343  5e-93  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625857  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  36.19 
 
 		 645 aa  337  2.9999999999999997e-91  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  36.19 
 
 		 645 aa  337  5e-91  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  41.52 
 
 		 1150 aa  323  5e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3003  hydrogenase, Fe-only  39.91 
 
 		 644 aa  323  7e-87  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0475  ferredoxin hydrogenase  40.52 
 
 		 458 aa  318  2e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2281  ferredoxin hydrogenase  43.24 
 
 		 439 aa  307  4.0000000000000004e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1883  ferredoxin hydrogenase  39.68 
 
 		 460 aa  305  2.0000000000000002e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2056  hydrogenase, Fe-only  38.55 
 
 		 644 aa  297  3e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000410653  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0848  hydrogenases, Fe-only  42.03 
 
 		 417 aa  297  5e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3250  hydrogenases, Fe-only  41.67 
 
 		 410 aa  278  3e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.644479  hitchhiker  0.0000163586 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3920  periplasmic Fe hydrogenase, large subunit  42.17 
 
 		 410 aa  276  5e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0711  response regulator receiver protein  41.67 
 
 		 410 aa  276  5e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.312278  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1386  hydrogenases, Fe-only  43.09 
 
 		 421 aa  267  5e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.999103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1503  hydrogenase, Fe-only  41.11 
 
 		 418 aa  259  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349556  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0081  ferredoxin hydrogenase  40.44 
 
 		 421 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0310  ferredoxin hydrogenase  30.02 
 
 		 462 aa  196  9e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  37.94 
 
 		 351 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.98 
 
 		 898 aa  157  5.0000000000000005e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33837  predicted protein  27.51 
 
 		 473 aa  157  7e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.40604 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.76 
 
 		 949 aa  156  9e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.81 
 
 		 984 aa  156  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.81 
 
 		 983 aa  156  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.81 
 
 		 983 aa  156  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.81 
 
 		 983 aa  156  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 		 983 aa  154  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.91 
 
 		 967 aa  154  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.78 
 
 		 984 aa  154  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  37.78 
 
 		 984 aa  154  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4144  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 		 983 aa  154  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110494  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.86 
 
 		 984 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.86 
 
 		 984 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.86 
 
 		 984 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 		 983 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.86 
 
 		 984 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.78 
 
 		 984 aa  153  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 		 983 aa  153  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2274  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.91 
 
 		 956 aa  152  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.217783 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>