More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3920 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3920  periplasmic Fe hydrogenase, large subunit  100 
 
 
410 aa  855    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3250  hydrogenases, Fe-only  98.05 
 
 
410 aa  840    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.644479  hitchhiker  0.0000163586 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0711  response regulator receiver protein  97.32 
 
 
410 aa  835    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.312278  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1925  ferredoxin hydrogenase  51.41 
 
 
387 aa  388  1e-107  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1386  hydrogenases, Fe-only  48.45 
 
 
421 aa  335  7e-91  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.999103  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0463  hydrogenases, Fe-only  45.66 
 
 
520 aa  334  2e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  47.03 
 
 
527 aa  333  4e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0848  hydrogenases, Fe-only  42.86 
 
 
417 aa  328  8e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1503  hydrogenase, Fe-only  47.84 
 
 
418 aa  325  7e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349556  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  46.38 
 
 
573 aa  323  3e-87  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  44.97 
 
 
572 aa  322  7e-87  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  46.35 
 
 
573 aa  322  8e-87  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2281  ferredoxin hydrogenase  43.97 
 
 
439 aa  320  3e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0475  ferredoxin hydrogenase  43.27 
 
 
458 aa  320  3.9999999999999996e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  44.47 
 
 
572 aa  318  7e-86  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0290  hydrogenase, Fe-only  43.98 
 
 
549 aa  318  9e-86  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0081  ferredoxin hydrogenase  44.85 
 
 
421 aa  317  2e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  45.39 
 
 
573 aa  317  2e-85  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  44.33 
 
 
581 aa  314  9.999999999999999e-85  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  43.07 
 
 
582 aa  311  9e-84  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0168  hydrogenase, Fe-only  43.42 
 
 
513 aa  311  1e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.191335  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  44.47 
 
 
579 aa  309  5.9999999999999995e-83  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  43.58 
 
 
582 aa  307  2.0000000000000002e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  43.07 
 
 
574 aa  306  6e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  45.87 
 
 
573 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0157  hydrogenase, Fe-only  45.05 
 
 
523 aa  301  1e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.434937  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1883  ferredoxin hydrogenase  38.52 
 
 
460 aa  298  9e-80  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  48.71 
 
 
573 aa  298  1e-79  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  45.08 
 
 
583 aa  297  2e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  45.31 
 
 
578 aa  296  5e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  48.45 
 
 
578 aa  296  6e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  43 
 
 
582 aa  294  2e-78  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  46.89 
 
 
580 aa  291  2e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0533  hydrogenase, Fe-only  43.42 
 
 
582 aa  290  2e-77  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0310904  normal  0.240554 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2159  hydrogenase, Fe-only  42.64 
 
 
582 aa  288  1e-76  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  43.27 
 
 
569 aa  286  5.999999999999999e-76  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  40.25 
 
 
594 aa  285  9e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  43.42 
 
 
578 aa  285  1.0000000000000001e-75  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2436  (Fe) hydrogenase, large subunit HymC, putative  43.88 
 
 
563 aa  282  6.000000000000001e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000128912  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  46.42 
 
 
593 aa  281  2e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1605  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  41.56 
 
 
585 aa  281  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  42.37 
 
 
570 aa  280  2e-74  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1384  hydrogenases, Fe-only  45.85 
 
 
606 aa  281  2e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1544  hydrogenase, Fe-only  42.68 
 
 
581 aa  281  2e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.557218 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  44.44 
 
 
586 aa  280  3e-74  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  44.78 
 
 
574 aa  280  3e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  42.5 
 
 
590 aa  279  7e-74  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0723  hydrogenase, Fe-only  43.04 
 
 
582 aa  276  5e-73  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0747  hydrogenase, Fe-only  43.04 
 
 
582 aa  276  5e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  40.44 
 
 
582 aa  275  8e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1076  [Fe] hydrogenase  40.87 
 
 
696 aa  275  9e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.723256  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  44.35 
 
 
576 aa  275  9e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3003  hydrogenase, Fe-only  41.74 
 
 
644 aa  270  4e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0938  periplasmic [Fe] hydrogenase 1  40.78 
 
 
696 aa  270  5e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625857  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0625  hydrogenase, Fe-only  39.71 
 
 
587 aa  267  2e-70  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000144729  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1548  hydrogenase, Fe-only  40.31 
 
 
615 aa  267  2.9999999999999995e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  40.05 
 
 
619 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  39.9 
 
 
601 aa  266  5e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0150  hydrogenase, Fe-only  42.68 
 
 
585 aa  265  8e-70  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1633  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  41.08 
 
 
585 aa  265  8.999999999999999e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000469619  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2056  hydrogenase, Fe-only  40.48 
 
 
644 aa  264  2e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000410653  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3601  hydrogenase, Fe-only  40.1 
 
 
587 aa  262  1e-68  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3829  hydrogenase, Fe-only  37.89 
 
 
625 aa  261  1e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  39.78 
 
 
1150 aa  261  2e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  41.52 
 
 
666 aa  259  5.0000000000000005e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2502  iron-containing hydrogenase, Hyd gamma  42.17 
 
 
598 aa  258  1e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  40.76 
 
 
577 aa  257  2e-67  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  40.44 
 
 
659 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  37.28 
 
 
567 aa  246  6.999999999999999e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  37.34 
 
 
562 aa  245  9.999999999999999e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  38.6 
 
 
566 aa  242  7.999999999999999e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1593  Fe-hydrogenase  38.55 
 
 
596 aa  241  2e-62  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16530  hydrogenase, Fe-only  38.85 
 
 
569 aa  226  6e-58  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.143158  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  38.31 
 
 
666 aa  226  8e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  35.09 
 
 
667 aa  218  1e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  35.16 
 
 
653 aa  215  9e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  35.7 
 
 
645 aa  204  3e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  35.7 
 
 
645 aa  204  3e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0310  ferredoxin hydrogenase  31.68 
 
 
462 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33837  predicted protein  29.83 
 
 
473 aa  145  9e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.40604 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2579  [Fe] hydrogenase  30.17 
 
 
490 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2900  [Fe] hydrogenase  29.93 
 
 
490 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03632  iron-sulfur cluster assembly associated protein Nar1, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G11960)  27.93 
 
 
590 aa  123  6e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.436133 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33268  nuclear architecture related protein  30.94 
 
 
545 aa  114  3e-24  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1277  Fe-hydrogenase large subunit family protein  25.56 
 
 
493 aa  112  2.0000000000000002e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000478337  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0411  Ferredoxin hydrogenase  27.39 
 
 
531 aa  111  2.0000000000000002e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0687694  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0836  hydrogenase large subunit domain protein  25.25 
 
 
482 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000619385  hitchhiker  0.000460922 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0090  ferredoxin hydrogenase  27.59 
 
 
484 aa  107  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0413  hydrogenase large subunit  27.41 
 
 
485 aa  106  6e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0146308  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02870  Ferredoxin hydrogenase  26.9 
 
 
456 aa  105  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.417058  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1708  hydrogenase large subunit domain protein  26.25 
 
 
435 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03410  iron hydrogenase, putative  36.72 
 
 
650 aa  100  5e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.255006  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1371  hydrogenase large subunit domain protein  27.39 
 
 
508 aa  99.8  8e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000870686  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0477  hydrogenase large subunit  24.82 
 
 
478 aa  99  2e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1794  hydrogenase large subunit  26.22 
 
 
462 aa  98.6  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0725  hydrogenase-like  24.69 
 
 
483 aa  96.3  9e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000665726  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0750  hydrogenase large subunit  27.09 
 
 
482 aa  95.1  2e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0180769  hitchhiker  0.000000000087178 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0884  hydrogenase large subunit domain protein  25.6 
 
 
507 aa  94.4  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.139599  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3465  hydrogenase large subunit domain protein  26.13 
 
 
488 aa  94  5e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2631  Ferredoxin hydrogenase  24.75 
 
 
490 aa  94  5e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000219307  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>