More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1384 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1384  hydrogenases, Fe-only  100 
 
 		 606 aa  1238    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2502  iron-containing hydrogenase, Hyd gamma  59.33 
 
 		 598 aa  713    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0137  hydrogenase, Fe-only  57.07 
 
 		 619 aa  691    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  47.89 
 
 		 581 aa  537  1e-151  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  46.84 
 
 		 582 aa  533  1e-150  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  47.51 
 
 		 579 aa  525  1e-147  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  45.64 
 
 		 582 aa  513  1e-144  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0172  hydrogenase, Fe-only  49.48 
 
 		 573 aa  506  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  49.05 
 
 		 590 aa  502  1e-141  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1781  hydrogenase, Fe-only  47.36 
 
 		 578 aa  500  1e-140  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06330  NADH dehydrogenase (ubiquinone) 75 kDa subunit  47.51 
 
 		 578 aa  500  1e-140  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00021405  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  47.51 
 
 		 583 aa  497  1e-139  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  48.96 
 
 		 573 aa  496  1e-139  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3805  hydrogenase, Fe-only  44.69 
 
 		 582 aa  492  1e-137  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  44.43 
 
 		 582 aa  480  1e-134  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  46.74 
 
 		 576 aa  482  1e-134  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  43.15 
 
 		 574 aa  477  1e-133  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0152  hydrogenase, Fe-only  46 
 
 		 580 aa  476  1e-133  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  46.37 
 
 		 593 aa  475  1e-132  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  43.25 
 
 		 666 aa  469  1.0000000000000001e-131  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  44.97 
 
 		 573 aa  466  9.999999999999999e-131  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  44.79 
 
 		 573 aa  468  9.999999999999999e-131  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1633  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  45.27 
 
 		 585 aa  466  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000469619  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  44.97 
 
 		 573 aa  467  9.999999999999999e-131  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1017  iron hydrogenase, small subunit  46.54 
 
 		 574 aa  464  1e-129  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  42.4 
 
 		 586 aa  460  9.999999999999999e-129  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1605  NAD-reducing iron-only hydrogenase large subunit  43.98 
 
 		 585 aa  457  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  41.98 
 
 		 594 aa  456  1e-127  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  45.96 
 
 		 577 aa  456  1e-127  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3829  hydrogenase, Fe-only  42.14 
 
 		 625 aa  456  1e-127  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0150  hydrogenase, Fe-only  44.71 
 
 		 585 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0723  hydrogenase, Fe-only  43.93 
 
 		 578 aa  452  1.0000000000000001e-126  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0723  hydrogenase, Fe-only  44.04 
 
 		 582 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0747  hydrogenase, Fe-only  43.74 
 
 		 582 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0625  hydrogenase, Fe-only  44.24 
 
 		 587 aa  450  1e-125  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000144729  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1548  hydrogenase, Fe-only  47.44 
 
 		 615 aa  449  1e-125  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  42.64 
 
 		 569 aa  446  1.0000000000000001e-124  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  40.86 
 
 		 601 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2436  (Fe) hydrogenase, large subunit HymC, putative  45.03 
 
 		 563 aa  444  1e-123  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000128912  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0533  hydrogenase, Fe-only  41.31 
 
 		 582 aa  434  1e-120  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0310904  normal  0.240554 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  42.88 
 
 		 570 aa  434  1e-120  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  41.03 
 
 		 572 aa  433  1e-120  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  40.86 
 
 		 572 aa  429  1e-119  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1544  hydrogenase, Fe-only  43.56 
 
 		 581 aa  429  1e-119  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557218 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3601  hydrogenase, Fe-only  42.32 
 
 		 587 aa  426  1e-118  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0290  hydrogenase, Fe-only  47.59 
 
 		 549 aa  416  9.999999999999999e-116  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.199872  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  39.54 
 
 		 562 aa  413  1e-114  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4621  hydrogenase, Fe-only  48.4 
 
 		 527 aa  414  1e-114  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  40.86 
 
 		 566 aa  413  1e-114  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  39.13 
 
 		 567 aa  410  1e-113  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0463  hydrogenases, Fe-only  47.1 
 
 		 520 aa  408  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1654  hydrogenases, Fe-only  42.66 
 
 		 659 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.357121  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2159  hydrogenase, Fe-only  41.29 
 
 		 582 aa  408  1.0000000000000001e-112  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0168  hydrogenase, Fe-only  49.1 
 
 		 513 aa  403  1e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.191335  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1593  Fe-hydrogenase  39.01 
 
 		 596 aa  397  1e-109  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0157  hydrogenase, Fe-only  50.11 
 
 		 523 aa  399  1e-109  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.434937  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  39.28 
 
 		 667 aa  390  1e-107  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16530  hydrogenase, Fe-only  40.24 
 
 		 569 aa  383  1e-105  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.143158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  38.08 
 
 		 666 aa  380  1e-104  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  38.01 
 
 		 653 aa  367  1e-100  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  38.87 
 
 		 645 aa  363  5.0000000000000005e-99  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  38.87 
 
 		 645 aa  362  9e-99  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0475  ferredoxin hydrogenase  45.11 
 
 		 458 aa  348  2e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3003  hydrogenase, Fe-only  40.62 
 
 		 644 aa  341  2e-92  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1925  ferredoxin hydrogenase  47.7 
 
 		 387 aa  335  1e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0938  periplasmic [Fe] hydrogenase 1  41.14 
 
 		 696 aa  332  2e-89  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625857  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1076  [Fe] hydrogenase  41.32 
 
 		 696 aa  331  3e-89  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.723256  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  38.29 
 
 		 1150 aa  325  2e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1883  ferredoxin hydrogenase  40.09 
 
 		 460 aa  320  5e-86  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2281  ferredoxin hydrogenase  47.33 
 
 		 439 aa  316  8e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0848  hydrogenases, Fe-only  47.19 
 
 		 417 aa  306  7e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2056  hydrogenase, Fe-only  39.31 
 
 		 644 aa  302  1e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000410653  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3250  hydrogenases, Fe-only  46.7 
 
 		 410 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.644479  hitchhiker  0.0000163586 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0711  response regulator receiver protein  46.13 
 
 		 410 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.312278  hitchhiker  0.0000873565 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1386  hydrogenases, Fe-only  43.92 
 
 		 421 aa  281  2e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.999103  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3920  periplasmic Fe hydrogenase, large subunit  45.85 
 
 		 410 aa  281  3e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0081  ferredoxin hydrogenase  41.99 
 
 		 421 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1503  hydrogenase, Fe-only  43.21 
 
 		 418 aa  262  2e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.349556  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0310  ferredoxin hydrogenase  31.34 
 
 		 462 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33837  predicted protein  30.99 
 
 		 473 aa  176  9.999999999999999e-43  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.40604 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1856  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  36.84 
 
 		 351 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.79 
 
 		 898 aa  152  1e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1861  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.09 
 
 		 978 aa  149  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2897  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.22 
 
 		 959 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3656  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.25 
 
 		 948 aa  147  6e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.480327 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.12 
 
 		 893 aa  147  6e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.73 
 
 		 893 aa  147  8.000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.25 
 
 		 948 aa  146  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3504  ferredoxin  38.97 
 
 		 312 aa  146  1e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3479  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.16 
 
 		 946 aa  145  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.389807 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.32 
 
 		 949 aa  144  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4645  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.32 
 
 		 948 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1080  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  39.38 
 
 		 960 aa  144  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2741  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.38 
 
 		 960 aa  144  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.313061 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.79 
 
 		 948 aa  144  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1473  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.53 
 
 		 947 aa  144  6e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0442327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3089  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.33 
 
 		 959 aa  143  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1888  ferredoxin  40.09 
 
 		 307 aa  142  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.79 
 
 		 948 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.92 
 
 		 959 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>