167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1585 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_1585  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
573 aa  1178    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000290099  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0655  putative PAS/PAC sensor protein  39.75 
 
 
580 aa  414  1e-114  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02060  putative PAS/PAC sensor protein  38.19 
 
 
571 aa  386  1e-106  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3463  putative PAS/PAC sensor protein  37.74 
 
 
576 aa  379  1e-104  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.158169  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2300  putative PAS/PAC sensor protein  36 
 
 
574 aa  363  6e-99  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.252887  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01770  putative PAS/PAC sensor protein  37.44 
 
 
584 aa  361  3e-98  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0092  putative PAS/PAC sensor protein  37.52 
 
 
577 aa  344  2e-93  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0839  putative PAS/PAC sensor protein  33.74 
 
 
569 aa  322  1.9999999999999998e-86  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00192903 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0752  putative PAS/PAC sensor protein  35.31 
 
 
559 aa  319  7e-86  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.801139  hitchhiker  0.0000000000202467 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0426  putative PAS/PAC sensor protein  33.57 
 
 
556 aa  310  2.9999999999999997e-83  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0318  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.47 
 
 
550 aa  284  2.0000000000000002e-75  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0556  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.75 
 
 
542 aa  273  5.000000000000001e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1846  putative PAS/PAC sensor protein  32.6 
 
 
572 aa  273  6e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0494  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.68 
 
 
519 aa  271  2e-71  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.22 
 
 
748 aa  263  6e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0467  transcriptional regulator, Fis family  37.32 
 
 
767 aa  260  5.0000000000000005e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1833  ferredoxin 2  30.57 
 
 
583 aa  253  1e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00530052  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1889  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  35.51 
 
 
752 aa  246  9e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0055  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.86 
 
 
756 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.928801 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1315  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.82 
 
 
521 aa  239  6.999999999999999e-62  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000641444  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3363  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.17 
 
 
763 aa  239  1e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1371  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.07 
 
 
521 aa  238  2e-61  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.370984  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3885  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  31.92 
 
 
759 aa  232  1e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3802  putative sigma54 specific transcriptional regulator  31.7 
 
 
759 aa  232  2e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02950  putative PAS/PAC sensor protein  34.01 
 
 
877 aa  229  8e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4176  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.54 
 
 
755 aa  226  6e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000648689  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2312  Fe binding transcriptional regulator FhlA  32.64 
 
 
747 aa  200  6e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2305  ferredoxin 2  29.08 
 
 
500 aa  184  5.0000000000000004e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2900  [Fe] hydrogenase  35 
 
 
490 aa  144  4e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2579  [Fe] hydrogenase  34.77 
 
 
490 aa  143  9.999999999999999e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0836  hydrogenase large subunit domain protein  33.33 
 
 
482 aa  140  4.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000619385  hitchhiker  0.000460922 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1794  hydrogenase large subunit  33.44 
 
 
462 aa  131  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0884  hydrogenase large subunit domain protein  29.9 
 
 
507 aa  129  1.0000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.139599  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0411  Ferredoxin hydrogenase  30.65 
 
 
531 aa  129  1.0000000000000001e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0687694  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1040  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  27.21 
 
 
696 aa  129  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02870  Ferredoxin hydrogenase  32.26 
 
 
456 aa  127  6e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.417058  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0090  ferredoxin hydrogenase  29.52 
 
 
484 aa  126  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1292  Fe-S cluster domain protein  25.28 
 
 
443 aa  125  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0335  hydrogenase large subunit-like protein  26.29 
 
 
448 aa  123  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0750  hydrogenase large subunit  33.11 
 
 
482 aa  122  9.999999999999999e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0180769  hitchhiker  0.000000000087178 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1371  hydrogenase large subunit domain protein  29.15 
 
 
508 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000870686  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3465  hydrogenase large subunit domain protein  30.36 
 
 
488 aa  121  3e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0178  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  26.08 
 
 
443 aa  121  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1708  hydrogenase large subunit domain protein  29.8 
 
 
435 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02090  hydrogenase large subunit domain protein  30.96 
 
 
491 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0093  Fe-S cluster domain protein  26.52 
 
 
460 aa  116  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000835421 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2145  Fe-S cluster domain-containing protein  26.96 
 
 
435 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0725  hydrogenase-like  27.67 
 
 
483 aa  109  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000665726  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0413  hydrogenase large subunit  30.07 
 
 
485 aa  107  4e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0146308  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0996  hydrogenase large subunit domain protein  27.38 
 
 
454 aa  105  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000195829  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0912  Fe-S cluster domain protein  21.79 
 
 
443 aa  104  4e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0813  hydrogenase large subunit domain protein  32.33 
 
 
424 aa  102  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.128167  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1440  hydrogenase large subunit  30.23 
 
 
429 aa  103  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3798  Fe-S cluster domain-containing protein  24.34 
 
 
427 aa  100  1e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.818918  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2631  Ferredoxin hydrogenase  28.92 
 
 
490 aa  99.4  2e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000219307  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0225  hydrogenase, Fe-only  25.76 
 
 
667 aa  97.4  6e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0477  hydrogenase large subunit  27.59 
 
 
478 aa  97.4  6e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1277  Fe-hydrogenase large subunit family protein  29.68 
 
 
493 aa  94.7  4e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000478337  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0270  [Fe] hydrogenase  28.67 
 
 
449 aa  93.2  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1490  hydrogenases, Fe-only  27.4 
 
 
601 aa  93.2  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0261  hydrogenase subunit (ferredoxin)  29.69 
 
 
449 aa  92.8  2e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.578609  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0430  hydrogenase, Fe-only  27.4 
 
 
566 aa  92  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.735126  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4048  putative PAS/PAC sensor protein  34.21 
 
 
168 aa  89.7  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.606719  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0490  hydrogenase large subunit  31.18 
 
 
653 aa  89.7  1e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1367  hydrogenase large subunit  27.36 
 
 
645 aa  84.3  0.000000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1319  hydrogenase large subunit  27.36 
 
 
645 aa  84  0.000000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0560  hydrogenase, Fe-only  30.04 
 
 
666 aa  83.6  0.00000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00291892  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0517  PAS domain-containing protein  32.67 
 
 
166 aa  82.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00238145  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0844  hydrogenases, Fe-only  27.46 
 
 
576 aa  82.8  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1651  hydrogenases, Fe-only  28.83 
 
 
593 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.556328  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3290  hydrogenases, Fe-only  26.81 
 
 
594 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2138  hydrogenase, Fe-only  26.47 
 
 
581 aa  82.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000865974  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1601  hydrogenase, Fe-only  29.25 
 
 
582 aa  82  0.00000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02980  NADH dehydrogenase I subunit G  28.82 
 
 
570 aa  80.9  0.00000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1299  hydrogenase, Fe-only  26.45 
 
 
579 aa  80.5  0.00000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.130328  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0087  hydrogenase, Fe-only  26.68 
 
 
567 aa  79.7  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3003  hydrogenase, Fe-only  28.78 
 
 
644 aa  79.3  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0342  hydrogenase, Fe-only  26.5 
 
 
582 aa  78.2  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1085  hydrogenase, Fe-only  29.17 
 
 
577 aa  78.2  0.0000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2341  iron hydrogenase  26.13 
 
 
572 aa  76.6  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2232  hydrogenase, Fe-only  25.96 
 
 
582 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0236  hydrogenase, Fe-only  28.84 
 
 
586 aa  76.6  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.660897  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1717  Iron hydrogenase, small subunit  27.67 
 
 
573 aa  75.9  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.118526  normal  0.410336 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1076  [Fe] hydrogenase  25 
 
 
696 aa  75.9  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.723256  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2655  iron hydrogenase  25.67 
 
 
572 aa  75.5  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1337  hydrogenase, Fe-only  29.43 
 
 
590 aa  75.9  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2467  hydrogenase, Fe-only  26.8 
 
 
574 aa  75.5  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  28.41 
 
 
1150 aa  75.5  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0224  hydrogenase, Fe-only  28.72 
 
 
573 aa  74.7  0.000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_155  [Fe] hydrogenase, Hym C subunit  28.86 
 
 
573 aa  74.3  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01810  NADH dehydrogenase I subunit G  29.41 
 
 
666 aa  74.3  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000616939  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1925  ferredoxin hydrogenase  24.93 
 
 
387 aa  74.3  0.000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0147  [Fe] hydrogenase, large subunit HymC, putative  28.01 
 
 
573 aa  73.9  0.000000000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0938  periplasmic [Fe] hydrogenase 1  24.3 
 
 
696 aa  73.9  0.000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0625857  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1149  hydrogenase, Fe-only  27.6 
 
 
569 aa  73.6  0.000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000253121  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2436  (Fe) hydrogenase, large subunit HymC, putative  28.87 
 
 
563 aa  73.2  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000128912  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1548  hydrogenase, Fe-only  26.77 
 
 
615 aa  73.2  0.00000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1783  hydrogenase, Fe-only  27.55 
 
 
583 aa  72  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2303  hydrogenase, Fe-only  25.14 
 
 
562 aa  72.4  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0692  Fe-S cluster domain protein  19.86 
 
 
434 aa  72.8  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>