More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_0998 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
290 aa  577  1e-164  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  67.72 
 
 
300 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  65.73 
 
 
292 aa  386  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  66.43 
 
 
292 aa  387  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2329  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 
288 aa  373  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0985  transcriptional regulator AmpR  65.17 
 
 
296 aa  371  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0288132  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1528  transcriptional regulator, LysR family  66.2 
 
 
288 aa  370  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10800  transcriptional regulator AmpR  65.17 
 
 
296 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0253412  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2586  LysR family transcriptional regulator  63.32 
 
 
291 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3722  LysR family transcriptional regulator  64.21 
 
 
291 aa  362  3e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.78702  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4878  LysR family transcriptional regulator  62.94 
 
 
296 aa  360  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000628995  hitchhiker  0.000000000242081 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  62.89 
 
 
292 aa  359  3e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2694  transcriptional regulator, LysR family  61.86 
 
 
294 aa  357  9e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.484374  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0761  LysR family transcriptional regulator  63.35 
 
 
296 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.309741  hitchhiker  0.0000750011 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4361  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 
296 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000122892  hitchhiker  0.0000705341 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4930  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 
296 aa  355  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000411092  normal  0.050013 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3437  LysR family transcriptional regulator  62.59 
 
 
296 aa  355  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.000000000217506  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  59.79 
 
 
295 aa  353  2.9999999999999997e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5357  LysR family transcriptional regulator  63.21 
 
 
296 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000868666  normal  0.124933 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1903  LysR family transcriptional regulator  63.54 
 
 
292 aa  352  2.9999999999999997e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  61.92 
 
 
300 aa  352  5e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4575  LysR family transcriptional regulator  61.35 
 
 
285 aa  350  1e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0546566  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  59.44 
 
 
287 aa  340  1e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5369  LysR family transcriptional regulator  58.74 
 
 
294 aa  328  6e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927106  normal  0.182249 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3451  LysR family transcriptional regulator  55.83 
 
 
291 aa  323  2e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.353033  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2551  LysR family transcriptional regulator  67.03 
 
 
301 aa  318  7e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.306748  normal  0.0130656 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  53.19 
 
 
293 aa  287  1e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01945  transcriptional regulator, LysR family  59.13 
 
 
260 aa  285  5.999999999999999e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.72 
 
 
300 aa  211  1e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.58 
 
 
303 aa  208  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.58 
 
 
303 aa  205  6e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.72 
 
 
306 aa  205  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.57 
 
 
305 aa  204  1e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 
305 aa  204  1e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 
305 aa  204  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 
305 aa  204  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 
305 aa  204  1e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 
305 aa  204  1e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 
305 aa  204  1e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 
305 aa  204  1e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  38.57 
 
 
305 aa  204  1e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.44 
 
 
304 aa  204  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.58 
 
 
303 aa  203  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 
303 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 
303 aa  201  8e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 
305 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 
305 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 
305 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 
305 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 
305 aa  201  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.85 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.24 
 
 
303 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.54 
 
 
303 aa  199  3e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
307 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 
303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 
303 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 
303 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 
303 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.89 
 
 
303 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 
318 aa  199  6e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 
308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.67 
 
 
307 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.52 
 
 
314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 
310 aa  196  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
317 aa  196  3e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 
305 aa  194  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 
305 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 
305 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 
305 aa  191  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.54 
 
 
308 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.86 
 
 
308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 
314 aa  189  5e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 
305 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
309 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3951  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 
295 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
311 aa  183  3e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 
294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.18 
 
 
294 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.3 
 
 
306 aa  181  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.2 
 
 
303 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0734  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
314 aa  181  2e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 
305 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2385  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
301 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
305 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
305 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 
294 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
305 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 
294 aa  179  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.83 
 
 
294 aa  179  7e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.23 
 
 
305 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0983  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.05 
 
 
300 aa  178  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 
302 aa  178  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 
294 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1785  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 
307 aa  177  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6772  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 
296 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>