More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C1330 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C1330  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  100 
 
 
282 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2658  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  89.01 
 
 
282 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1147  extracellular solute-binding protein  30.85 
 
 
280 aa  142  7e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.421653 
 
 
-
 
NC_003296  RS02131  amino-acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.18 
 
 
283 aa  135  8e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1953  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.31 
 
 
281 aa  126  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.450219  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1879  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.97 
 
 
281 aa  125  9e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4558  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 
289 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.776949 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0324  extracellular solute-binding protein  32.6 
 
 
246 aa  104  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5110  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 
279 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.539737  hitchhiker  0.00536253 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4844  extracellular solute-binding protein family 3  31.05 
 
 
275 aa  102  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  0.095648 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1064  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.72 
 
 
289 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00655066  normal  0.28594 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1819  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  31.05 
 
 
275 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309777  normal  0.651618 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5967  ABC-type amino acid transport/signal transduction periplasmic protein  30.98 
 
 
275 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.594037  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0342  extracellular solute-binding protein  31.72 
 
 
246 aa  100  3e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  37.75 
 
 
250 aa  99.8  4e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0441  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 
266 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6090  extracellular solute-binding protein  30.35 
 
 
285 aa  99.4  7e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.574363 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6445  extracellular solute-binding protein family 3  30.71 
 
 
275 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0216332 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4637  extracellular solute-binding protein family 3  31.5 
 
 
275 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.350827  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  29.53 
 
 
257 aa  98.2  1e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5024  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.5 
 
 
266 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258075  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 
277 aa  95.1  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5074  extracellular solute-binding protein  42.5 
 
 
266 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4898  extracellular solute-binding protein  42.5 
 
 
266 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.733781 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  27.5 
 
 
257 aa  94.4  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0375  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 
265 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.734058 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  31.03 
 
 
247 aa  92.8  5e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.84 
 
 
257 aa  92.8  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5536  extracellular solute-binding protein family 3  32.51 
 
 
279 aa  92.8  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.901177  normal  0.273691 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.84 
 
 
257 aa  92.8  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 
264 aa  92.8  6e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  30.67 
 
 
247 aa  92.8  6e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  26.14 
 
 
264 aa  92  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 
247 aa  91.3  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5815  putative ABC transporter binding protein subunit  38.52 
 
 
266 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.387818  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5258  extracellular solute-binding protein family 3  31.54 
 
 
279 aa  89.7  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.677856  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  28.84 
 
 
257 aa  89.7  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67050  putative binding protein component of ABC transporter  36.57 
 
 
266 aa  89  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  25.84 
 
 
264 aa  88.6  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  28.04 
 
 
270 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.12 
 
 
264 aa  87.4  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 
258 aa  87  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  29.12 
 
 
255 aa  87  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1475  extracellular solute-binding protein  27.49 
 
 
260 aa  86.7  4e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0984243  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.36 
 
 
262 aa  86.3  5e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  25.77 
 
 
270 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 
266 aa  86.3  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1295  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
292 aa  85.9  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.914061  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1150  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 
281 aa  85.9  7e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 
253 aa  85.5  8e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.63 
 
 
256 aa  85.5  9e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.12 
 
 
264 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0212  amino acid ABC transporter, substrate-binding  29.12 
 
 
260 aa  85.1  0.000000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  30.28 
 
 
265 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
264 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4924  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 
261 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00263703 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  25.79 
 
 
243 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  26.43 
 
 
243 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  26.43 
 
 
243 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  29.95 
 
 
243 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  29.95 
 
 
243 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 
260 aa  84  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2189  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 
272 aa  83.6  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.000000925831  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  26.43 
 
 
243 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3034  extracellular solute-binding protein  29.95 
 
 
311 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.181787  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0448  extracellular solute-binding protein family 3  31.86 
 
 
298 aa  83.6  0.000000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.917749  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.62 
 
 
243 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3050  extracellular solute-binding protein  29.95 
 
 
311 aa  84  0.000000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.247578 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0959  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  26.43 
 
 
243 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
264 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3093  extracellular solute-binding protein  29.95 
 
 
311 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.635892  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 
264 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  26.43 
 
 
243 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  26.48 
 
 
243 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  26.78 
 
 
265 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.91 
 
 
264 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  27.09 
 
 
260 aa  83.2  0.000000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 
259 aa  83.2  0.000000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  25.19 
 
 
257 aa  82.8  0.000000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0415  ABC transporter extracellular solute-binding protein  25.1 
 
 
276 aa  82.8  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.162998 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0210  hypothetical protein  25.75 
 
 
263 aa  82.8  0.000000000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3990  extracellular solute-binding protein  30.68 
 
 
280 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0601585  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2380  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.17 
 
 
249 aa  82.4  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0073  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.88 
 
 
267 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1924  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  25 
 
 
259 aa  82.4  0.000000000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.64 
 
 
267 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.397869 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  25.55 
 
 
243 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.55 
 
 
243 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  25.55 
 
 
243 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  25.55 
 
 
243 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  26 
 
 
264 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 
266 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.09 
 
 
266 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  25.55 
 
 
243 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  25.55 
 
 
243 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  26 
 
 
264 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  26 
 
 
264 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0295  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  27.34 
 
 
266 aa  80.9  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.874401  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  26.43 
 
 
243 aa  80.9  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>