More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B0952 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B0952  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
312 aa  624  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.953475  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4677  transcriptional regulator, LysR family  89.23 
 
 
312 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3108  LysR family transcriptional regulator  67.88 
 
 
312 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12734  normal  0.186906 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
295 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3485  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 
305 aa  185  7e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.72 
 
 
306 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.86 
 
 
314 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.39 
 
 
303 aa  182  7e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.73 
 
 
303 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.52 
 
 
303 aa  179  7e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 
303 aa  176  6e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 
302 aa  175  7e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  40.65 
 
 
311 aa  175  7e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 
303 aa  175  8e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 
303 aa  175  8e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.79 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 
303 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.86 
 
 
303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.58 
 
 
304 aa  173  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 
307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 
306 aa  173  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.91 
 
 
294 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.47 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  171  1e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  34.47 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.47 
 
 
305 aa  171  1e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
305 aa  171  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1005  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 
307 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187099  normal  0.59249 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.72 
 
 
294 aa  169  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 
305 aa  169  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_003296  RS00893  transcription regulator protein  37.97 
 
 
304 aa  169  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0257134  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
317 aa  169  5e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.72 
 
 
294 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.38 
 
 
294 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4049  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
290 aa  169  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.769313  normal  0.721068 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
311 aa  168  9e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
308 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
308 aa  167  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.67 
 
 
303 aa  168  1e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
306 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  38.44 
 
 
312 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 
312 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 
294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.1 
 
 
294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.38 
 
 
294 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 
305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0661  transcriptional regulator AmpR, putative  37.46 
 
 
294 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.36 
 
 
305 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0695  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
294 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0125106 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.28 
 
 
293 aa  166  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
315 aa  166  5.9999999999999996e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
323 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1246  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
290 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 
305 aa  166  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 
305 aa  166  6.9999999999999995e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.13 
 
 
305 aa  166  6.9999999999999995e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
299 aa  165  8e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0117  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 
302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.476103  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
318 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.81 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5573  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 
311 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4598  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
290 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.343369 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 
293 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 
293 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.84 
 
 
293 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4486  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 
290 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.978726 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5707  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
290 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0403331 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3770  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
290 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4028  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
290 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.348942  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4299  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.544326  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 
311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.15 
 
 
300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 
310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
318 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1994  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 
311 aa  162  7e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.576839 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 
312 aa  162  7e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>