More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A1466 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A1466  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
300 aa  592  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0507128  normal  0.124115 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  92.33 
 
 
300 aa  544  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.760179  normal  0.495505 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1503  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.57 
 
 
312 aa  488  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.282781  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.91 
 
 
298 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.731426  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.55 
 
 
298 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4341  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  79.36 
 
 
298 aa  392  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.801561  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2833  ABC transporter, permease protein  81.13 
 
 
410 aa  391  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0920075  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.08 
 
 
300 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177447  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0751  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.43 
 
 
300 aa  391  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1232  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.43 
 
 
300 aa  391  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1408  ABC transporter, permease protein  77.86 
 
 
366 aa  387  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.907459  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0497  ABC transporter, permease protein  81.44 
 
 
362 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1541  ABC transporter, permease protein  81.06 
 
 
347 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2076  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.75 
 
 
298 aa  387  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1415  ABC transporter, permease protein  80.68 
 
 
366 aa  387  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0656  ABC transporter, permease protein  81.44 
 
 
362 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1211  ABC transporter, permease protein  81.44 
 
 
362 aa  387  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3075  ABC transporter, permease protein  81.82 
 
 
243 aa  352  4e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70 
 
 
265 aa  334  1e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1416  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.6 
 
 
265 aa  331  1e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.420576  normal  0.120136 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4842  putative ABC transporter inner membrane protein  58.03 
 
 
291 aa  317  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.860771  normal  0.0587965 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1793  ABC transporter permease  70 
 
 
265 aa  311  9e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.849444  normal  0.0352963 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4044  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  65.45 
 
 
261 aa  308  8e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0830657  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.94 
 
 
268 aa  307  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0939917  normal  0.176342 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1665  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.45 
 
 
261 aa  306  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.9 
 
 
261 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.104135  normal  0.640499 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3314  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.93 
 
 
262 aa  301  7.000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.147455  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5852  molybdenum ABC transporter permease  59.14 
 
 
261 aa  293  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.581419  normal  0.526214 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.5 
 
 
266 aa  275  7e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.17 
 
 
265 aa  266  4e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.840186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.96 
 
 
294 aa  265  5.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4693  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.85 
 
 
264 aa  263  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0488  ABC transporter, permease protein  60.43 
 
 
264 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1911  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.95 
 
 
253 aa  125  9e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00110867  normal  0.885774 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.78 
 
 
304 aa  104  2e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.13 
 
 
272 aa  103  2e-21  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.210545  normal  0.706839 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6717  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.95 
 
 
280 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00799546  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.02 
 
 
262 aa  97.8  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
262 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29435 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  30.35 
 
 
281 aa  93.2  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  28.77 
 
 
266 aa  89  8e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.85 
 
 
266 aa  89  9e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.85 
 
 
266 aa  89  9e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  27.85 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1684  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  29.81 
 
 
300 aa  87.8  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4966  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
295 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.102355  normal  0.118273 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.4 
 
 
266 aa  87  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  27.4 
 
 
266 aa  87  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.65 
 
 
280 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.596153  normal  0.412675 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.4 
 
 
266 aa  87  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.4 
 
 
266 aa  87  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  27.4 
 
 
266 aa  87  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  27.4 
 
 
266 aa  87  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  29.96 
 
 
288 aa  87  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.52 
 
 
263 aa  87  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.512625  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.26 
 
 
262 aa  85.9  8e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4199  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  32.52 
 
 
263 aa  85.5  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.853944  normal  0.687216 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1723  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.91 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.807091  normal  0.0105558 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0352  ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
282 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.734925  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1822  putative ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
282 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.131569  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1784  putative ABC transport system, membrane protein  29.11 
 
 
282 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0446  ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
282 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1111  ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
282 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.9 
 
 
263 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.037786  normal  0.544332 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2651  NifC-like ABC-type porter  29.23 
 
 
279 aa  84.7  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3996  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.91 
 
 
264 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0900077  normal  0.096722 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0820  ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
282 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2084  ABC transporter, permease protein  29.11 
 
 
282 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.217938  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  30.05 
 
 
260 aa  84  0.000000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1527  NifC-like ABC-type porter  29.07 
 
 
266 aa  83.2  0.000000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00122012 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.24 
 
 
281 aa  82.8  0.000000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  29.65 
 
 
264 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.65 
 
 
264 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.02 
 
 
254 aa  82.4  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.943674  normal  0.650517 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1315  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.45 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.954078 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1063  ornithine carbamoyltransferase  27.27 
 
 
293 aa  82.4  0.000000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.12 
 
 
269 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.12 
 
 
268 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7601  ABC transporter membrane spanning protein  31.97 
 
 
273 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.57 
 
 
272 aa  82  0.00000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.51 
 
 
257 aa  81.6  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1445  NifC-like ABC-type porter  30.65 
 
 
266 aa  81.6  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.452382  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
269 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0385  NifC-like ABC-type porter  29.69 
 
 
266 aa  80.9  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2156  ABC transporter, inner membrane subunit  29.41 
 
 
265 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.12 
 
 
268 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.41 
 
 
265 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.225733  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.39 
 
 
606 aa  80.9  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.9 
 
 
268 aa  81.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6311  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.34 
 
 
266 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103333  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.86 
 
 
264 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.58 
 
 
276 aa  80.5  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.88 
 
 
259 aa  80.1  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3161  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
259 aa  80.1  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.96 
 
 
273 aa  80.1  0.00000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  28.91 
 
 
287 aa  80.5  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12427  sulfate-transport integral membrane protein ABC transporter cysT  35.62 
 
 
283 aa  80.1  0.00000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.709467  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.54 
 
 
284 aa  79.7  0.00000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  26.81 
 
 
256 aa  79.7  0.00000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  29.51 
 
 
265 aa  79.7  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>