More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2058 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  91.58 
 
 		 299 aa  556  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  48.28 
 
 		 292 aa  249  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 298 aa  249  5e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 293 aa  243  3e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 295 aa  242  5e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  46.34 
 
 		 302 aa  238  8e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 		 310 aa  238  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 		 300 aa  238  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 291 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  43.15 
 
 		 297 aa  235  6e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 290 aa  235  6e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  44.26 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 290 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 290 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 291 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  41.98 
 
 		 300 aa  232  5e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1250  transcriptional regulator, LysR family  45.76 
 
 		 311 aa  225  7e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0513927 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  48.11 
 
 		 295 aa  223  2e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  43.21 
 
 		 292 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  43.21 
 
 		 292 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  43.21 
 
 		 292 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 296 aa  223  4e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 292 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  43.55 
 
 		 292 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  42.86 
 
 		 292 aa  215  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 301 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  41.72 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  43.55 
 
 		 292 aa  210  3e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 300 aa  209  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 296 aa  209  4e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 300 aa  209  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  35.59 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 299 aa  209  5e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  35.59 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  35.59 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 299 aa  209  5e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  35.25 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 302 aa  208  1e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  35.25 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  43.57 
 
 		 296 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  40.52 
 
 		 312 aa  205  6e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 305 aa  205  6e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  43.21 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2025  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 293 aa  204  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.639957  normal  0.141261 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  38.82 
 
 		 309 aa  202  4e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 298 aa  200  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  42.16 
 
 		 310 aa  197  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 292 aa  197  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 298 aa  195  6e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 302 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.01 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 295 aa  193  3e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 299 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 297 aa  192  4e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 308 aa  192  5e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3509  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 319 aa  192  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633276 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 299 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 289 aa  190  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  186  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  37.33 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 315 aa  180  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 308 aa  180  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.02 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 302 aa  175  6e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  36.49 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  36.49 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 307 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  35.96 
 
 		 302 aa  172  7.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5074  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.507053 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1190  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 292 aa  169  6e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>