More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_01800 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_01800  transcriptional regulator  100 
 
 		 341 aa  678    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4675  transcriptional regulator, LacI family  41.98 
 
 		 335 aa  229  4e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1322  transcriptional regulator, LacI family  39.29 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1083  transcriptional regulator, LacI family  40.42 
 
 		 335 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0310257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4934  transcriptional regulator, LacI family  37.91 
 
 		 336 aa  210  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.129155  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10110  transcriptional regulator  39.04 
 
 		 342 aa  209  8e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.625648 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1766  transcriptional regulator, LacI family  36.76 
 
 		 340 aa  197  1.0000000000000001e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0293304  normal  0.0298236 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2405  LacI family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 333 aa  195  7e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.475476 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2988  transcriptional regulator, LacI family  40.13 
 
 		 328 aa  195  8.000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.922053  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1191  transcriptional regulator, LacI family  38.69 
 
 		 336 aa  194  3e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.218553  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1296  LacI family transcription regulator  38.21 
 
 		 334 aa  192  1e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2169  transcriptional regulator, LacI family  36.95 
 
 		 337 aa  190  2e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3464  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 340 aa  186  5e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1317  transcriptional regulator, LacI family  36.29 
 
 		 353 aa  182  7e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5557  transcriptional regulator, LacI family  37.17 
 
 		 327 aa  181  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.687181  normal  0.634318 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0414  regulatory protein LacI  38.15 
 
 		 333 aa  176  4e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.265718 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1842  transcriptional regulator, LacI family  36.14 
 
 		 323 aa  172  7.999999999999999e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0384  regulatory protein LacI  34.93 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.899866  normal  0.153938 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4931  transcriptional regulator, LacI family  34.38 
 
 		 340 aa  154  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.699714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2612  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.109106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1242  LacI family transcription regulator  31.41 
 
 		 340 aa  146  5e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3594  transcriptional regulator, LacI family  34.86 
 
 		 339 aa  141  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4925  transcriptional regulator, LacI family  33.72 
 
 		 358 aa  141  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.344925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6905  transcriptional regulator, LacI family  30.88 
 
 		 334 aa  139  7e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00908765  hitchhiker  0.00367965 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13620  transcriptional regulator  32.27 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3601  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 358 aa  134  3e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0229751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17790  transcriptional regulator  36.41 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.255976  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1061  LacI family response repressor  27.69 
 
 		 328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.023904  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01470  transcriptional regulator  30.29 
 
 		 351 aa  114  3e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  27.16 
 
 		 333 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  28.08 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  29.41 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  26.32 
 
 		 338 aa  106  4e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2275  transcriptional regulator, LacI family  31.89 
 
 		 342 aa  106  5e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.995394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  27.56 
 
 		 334 aa  105  9e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0183  transcriptional regulator, LacI family  25.81 
 
 		 344 aa  105  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  27.84 
 
 		 333 aa  103  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  27.8 
 
 		 340 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  28.53 
 
 		 338 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  27.43 
 
 		 333 aa  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04940  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 363 aa  101  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  23.77 
 
 		 341 aa  99.4  7e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  28.08 
 
 		 340 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0032  Alanine racemase  33.43 
 
 		 329 aa  99.4  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.19154  normal  0.0639211 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  24.56 
 
 		 333 aa  99.4  8e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3896  LacI family transcription regulator  28.86 
 
 		 339 aa  99.4  8e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 		 337 aa  99  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2575  transcriptional regulator, LacI family  26.74 
 
 		 340 aa  98.2  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000166441  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  26.01 
 
 		 340 aa  98.2  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2982  transcriptional regulator, LacI family  29.27 
 
 		 353 aa  97.8  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000384304  hitchhiker  0.00495072 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  27.05 
 
 		 337 aa  97.4  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  30.32 
 
 		 330 aa  97.4  3e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  32.29 
 
 		 362 aa  97.4  3e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3659  transcriptional regulator, LacI family  28.48 
 
 		 343 aa  97.1  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.346093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002440  transcriptional regulator LacI family  28.3 
 
 		 332 aa  96.7  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0100228  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0544  LacI family transcription regulator  26.25 
 
 		 335 aa  96.7  5e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3330  transcriptional regulator, LacI family  28.08 
 
 		 343 aa  96.7  5e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.451729  normal  0.198785 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  29.03 
 
 		 330 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  29.03 
 
 		 330 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  25.15 
 
 		 333 aa  96.3  8e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  29.03 
 
 		 330 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  27.01 
 
 		 338 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  29.03 
 
 		 330 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  28.74 
 
 		 330 aa  95.5  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  27.44 
 
 		 340 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  25 
 
 		 341 aa  95.1  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  28.7 
 
 		 331 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  27.32 
 
 		 343 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0309  LacI family transcription regulator  27.76 
 
 		 342 aa  95.1  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.543523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.1 
 
 		 335 aa  94.4  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  27.32 
 
 		 343 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  27.22 
 
 		 353 aa  94.4  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  26.61 
 
 		 334 aa  94.4  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1359  LacI family transcription regulator  30.41 
 
 		 350 aa  94  3e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.343694 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5637  LacI family transcription regulator  28.37 
 
 		 338 aa  94  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.339737  normal  0.425271 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  25.81 
 
 		 336 aa  94  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01740  transcriptional regulator  30.45 
 
 		 355 aa  93.2  6e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.42091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  27.84 
 
 		 332 aa  93.2  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  29.85 
 
 		 339 aa  93.2  6e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  27.14 
 
 		 353 aa  93.2  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  27.44 
 
 		 340 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4888  LacI family transcription regulator  29.75 
 
 		 336 aa  92.8  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.630665  normal  0.338127 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  28.74 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  28.74 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 339 aa  92  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  27.35 
 
 		 335 aa  91.7  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  35.56 
 
 		 342 aa  91.7  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.19 
 
 		 335 aa  91.3  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  27.88 
 
 		 346 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3312  LacI family transcription regulator  26.36 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  25.3 
 
 		 334 aa  90.9  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0909  LacI family transcription regulator  26.17 
 
 		 338 aa  90.5  4e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  27.54 
 
 		 338 aa  90.5  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  26 
 
 		 336 aa  90.5  4e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3703  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.15 
 
 		 338 aa  90.5  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3367  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.9 
 
 		 330 aa  90.1  4e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00871192 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  27.03 
 
 		 334 aa  90.5  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0372  transcriptional regulator, LacI family  31.36 
 
 		 325 aa  90.1  5e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3383  LacI family transcription regulator  29.33 
 
 		 342 aa  90.1  5e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  26.93 
 
 		 335 aa  90.1  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>